| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 234,557 | A→C | 12.2% | intergenic (‑65/‑84) | PP_0182 ← / → PP_0183 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 234,557 | 0 | A | C | 12.2% | 68.5 / 3.4 | 32 | intergenic (‑65/‑84) | PP_0182/PP_0183 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/15); new base C (2/2); total (15/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
GATCTGGTTTTCGATGGCTTGGGTCAGCGTTGCCTCGGCGAAGGCTTCGTCGTCGTCATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGAGGCTGTTTCGTCATGCTCAAGCTTTATGGATTCTCGGTCAGCAACTACTACAACATGGTCAAGCTGGCC > NC_002947/234409‑234697 | gATCTGGTTTTCGATGGCTTGGGTCAGCGTTGCCTCGGCGAAGGCTTCGTCGTCGTCATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGAc < 2:712429/150‑1 (MQ=255)gATCTGGTTTTCGATGGCTTGGGTCAGCGTTGCCTCGGCGAAGGCTTCGTCGTCGTCATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGAc > 2:28404/1‑150 (MQ=255) tCTGGTTTTCGATGGCTTGGGTCAGCGTTGCCTCGGCGAAGGCTTCGTCGTCGTCATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGTCAATGCCCGGGCATTGCCgc < 1:59153/150‑2 (MQ=255) tCTGGTTTTCGATGGCTTGGGTCAGCGTTGCCTCGGCGAAGGCTTCGTCGTCGTCATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACgg > 2:307482/1‑150 (MQ=255) ttttCGATGGCTTGGGTCAGCGTTGCCTCGGCGAAGGCTTCGTCGTCGTCATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGCTGCAATAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGc > 1:250967/1‑150 (MQ=255) gTCAGCGTTGCCTCGGCGAAGGCTTCGTCGTCGTCATTGTCGATGTCGGTGGGCTTGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGt < 2:317101/150‑1 (MQ=255) tCAGCGTTGCCTCGGCGAAGGCTTCGTCGTCGTCATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTg < 1:329247/133‑1 (MQ=255) tCAGCGTTGCCTCGGCGAAGGCTTCGTCGTCGTCATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTg > 2:329247/1‑133 (MQ=255) tCAGCGTTGCCTCGGCGAAGGCTTCGTCGTCGTCATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTg < 1:28404/150‑1 (MQ=255) gCGTTGCCTCGGCGAAGGCTTCGTCGTCGTCATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCa < 1:357507/150‑1 (MQ=255) tcgtcgtcgTCATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTTGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGc < 1:307482/150‑1 (MQ=255) gtcgtcgtcATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTgg < 2:360179/126‑1 (MQ=255) gtcgtcgtcATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTgg > 1:360179/1‑126 (MQ=255) tcgtcATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAGCAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGcc > 2:468090/1‑150 (MQ=255) tcgtcATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGcc > 2:412983/1‑150 (MQ=255) gctcgctcATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGCCCGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGAGGCt < 2:110872/150‑1 (MQ=255) gatgggatgCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGAg > 1:658145/1‑123 (MQ=255) gatgggatgCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGAg < 2:658145/123‑1 (MQ=255) gatgCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGATACGTTGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGAGGCTGTTTCGTCATGCTCAAGCTTTATGGATtc < 1:412983/150‑1 (MQ=255) gatgCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGACAATGACCGGGTTTTGACGGGATGCATGACGCTGGGCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTCCGGCCTGGCGACTGTTTCGTCTTGCTCAAGCTTTAGTGATtc < 2:250967/150‑1 (MQ=255) cAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGTATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGAGGCTGTTTCGTCATGCTCAAGCTTTATGGATTCTCgg < 1:698358/150‑1 (MQ=255) aTGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAg > 2:513229/1‑58 (MQ=255) aTGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAg < 1:513229/58‑1 (MQ=255) tATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGAGGCTGTTTCGTCATGCTCAAGCTTTATGGATTCTCGGTCAGCAACTACTacaac > 2:770782/1‑150 (MQ=255) tGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGAGGCTGTTTCGTCATGCTCAAGCTTTATGGATTCTCGGTCAGCAACTACTACAACAt < 1:317659/150‑1 (MQ=255) ggcggcAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGAGGCTGTTTCGTCATGCTCAAGCTTTATGGATTCTCGGTCAGCAACTACTACAACATg < 1:729586/150‑1 (MQ=255) gcAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGAGGCTGTTTCGTCATGCTCAAGCTTTATGGATTCTCGGTCAGCAACTACTACAACATGGTCa > 1:101444/1‑150 (MQ=255) tGCCCGGGCATTGCCGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGAGGCTGTTTCGTCATGCTCAAGCTTTATGGATTCTCGGTCAGCAACTACTACAACATGGTCAAGCt > 1:621300/1‑150 (MQ=255) cGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGAGGCTGTTTCGTCATGCTCAAGCTTTATGGATTCTCGGTCAGCAACTACTACAACATGGTCAAGCTGGcc > 2:359891/1‑150 (MQ=255) cGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGAGGCTGTTTCGTCATGCTCAAGCTTTATGGATTCTCGGTCAGCAACTACTACAACATGGTCAAGCTGGcc > 1:423616/1‑150 (MQ=255) aggCATTGCCGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGa < 1:717051/79‑1 (MQ=255) aggCATTGCCGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGa > 2:717051/2‑80 (MQ=255) | GATCTGGTTTTCGATGGCTTGGGTCAGCGTTGCCTCGGCGAAGGCTTCGTCGTCGTCATTGTCGATGTCGGTGGGCTCGCTCATCGCGGTACTCCTAGGATGGGATGCAACAGTGTGCCATGGCTATGGCGGCAATGCCCGGGCATTGACGGGGTGCATGACGCTGGTCAGTGGCAGGTGTTCAGTCTATAAAGGCCACGCCAACCCCTTACGGCCTGGAGGCTGTTTCGTCATGCTCAAGCTTTATGGATTCTCGGTCAGCAACTACTACAACATGGTCAAGCTGGCC > NC_002947/234409‑234697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |