| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,902,717 | T→C | 10.5% | V196A (GTG→GCG) ‡ | PP_4310 → | hydantoin racemase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,902,717 | 0 | T | C | 10.5% | 99.8 / 3.5 | 38 | V196A (GTG→GCG) ‡ | PP_4310 | hydantoin racemase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/20); new base C (2/2); total (16/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
TGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGCTA > NC_002947/4902570‑4902858 | tggaactggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGc > 2:53075/1‑150 (MQ=255) ggaactggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGcc > 2:453572/1‑150 (MQ=255) ggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtggt < 1:522390/150‑1 (MQ=255) ggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtggt 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TGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGCTA > NC_002947/4902570‑4902858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |