| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,120,021 | C→T | 11.4% | A95T (GCC→ACC) | PP_4506 ← | nitroreductase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,120,021 | 0 | C | T | 11.4% | 85.6 / 3.9 | 35 | A95T (GCC→ACC) | PP_4506 | nitroreductase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/10); new base T (2/2); total (23/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
ATGGGCATCGAAGGCCATGTCACCGGTACGCCACACCGCGCCGATCCCCTGCGCGTGCGCAGCAATCAGAATACCGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAA > NC_002947/5119878‑5120166 | aTGGGCATCGAAGGCCATGTCACCGGTACGCCACACCGCGCCGATCCCCTGCGCGTGCGCAGCAATCAGAATACCGTGCGCCGCACATCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGccaccac < 2:317788/150‑1 (MQ=255) ggCATCGAAGGCCATGTCAACGGTACGCCACACCGCGCCGATCCCCTGCGCGTGCGCAGCAATCAGAATACCGTGCGTCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCcaccaccac < 2:625519/150‑1 (MQ=255) aaGGCCATGTCACCGGTACGCCACACCGCGCCGATCCCCTGCGCGTGCGCAGCAATCAGAATACCGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGc > 1:738140/1‑150 (MQ=255) tACGCCACACCGCGCCGATCCCCTGCGCGTGCGCAGCAATCAGAATACCGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCg > 2:421428/1‑150 (MQ=255) gCCACACCGCGCCGATCCCCTGCGCGTGCGCAGCAATCAGAATACCGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACAAAGCCGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCa > 1:599537/1‑150 (MQ=255) cGATCCCCTGCGCGTGCGCAGCAATCAGAATACCGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCt > 1:221309/1‑150 (MQ=255) ccTGCGCGTGCGCAGCAACCCGAATAACGTGCGTCGCACAGCGCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCa < 2:41465/150‑1 (MQ=255) gcagcaATCAGAATACCGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCa < 2:233961/139‑1 (MQ=255) gcagcaATCAGAATACCGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCAGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGGCCa > 1:233961/1‑139 (MQ=255) tCAGAATACCGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCAt > 2:177651/1‑150 (MQ=255) gAATACCGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGc > 2:591814/1‑150 (MQ=255) aaTACCGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGTCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGcc > 1:489663/1‑150 (MQ=255) aaTACCGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGTCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGcc > 1:489406/1‑150 (MQ=255) tACCGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGTCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCt < 2:489663/150‑1 (MQ=255) tACCGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGTCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCt < 2:489406/150‑1 (MQ=255) gccgcACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGtgctgc > 1:348122/1‑150 (MQ=255) gcACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACg < 1:634403/150‑1 (MQ=255) ccgccgCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCgg > 2:623121/1‑150 (MQ=255) ccAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACa > 2:583122/1‑150 (MQ=255) ttGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACg > 1:547601/1‑120 (MQ=255) ttGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACg < 2:547601/120‑1 (MQ=255) gCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCCAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGc < 2:221309/150‑1 (MQ=255) aCCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGccc > 1:798989/1‑150 (MQ=255) cTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCt > 2:304873/1‑101 (MQ=255) cTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCt < 1:304873/101‑1 (MQ=255) gTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTc > 2:414971/1‑69 (MQ=255) gTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTc < 1:414971/69‑1 (MQ=255) gTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGAt > 1:236176/1‑150 (MQ=255) cTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGt > 2:150096/1‑150 (MQ=255) tGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGAGCCGTCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCTCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTa > 1:662388/1‑150 (MQ=255) gCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGGACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTaa > 2:293634/1‑150 (MQ=255) gCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTaa > 1:673295/1‑150 (MQ=255) aCCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGaa > 2:228415/1‑150 (MQ=255) cTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTaa > 2:249919/1‑145 (MQ=255) cTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTaa < 1:249919/145‑1 (MQ=255) cTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGaaaa < 2:798989/150‑1 (MQ=255) | ATGGGCATCGAAGGCCATGTCACCGGTACGCCACACCGCGCCGATCCCCTGCGCGTGCGCAGCAATCAGAATACCGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAA > NC_002947/5119878‑5120166 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |