Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,168,846 | T→C | 9.5% | V139A (GTG→GCG) | PP_4547 → | glutamine synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,168,846 | 0 | T | C | 9.5% | 106.5 / 3.1 | 42 | V139A (GTG→GCG) | PP_4547 | glutamine synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/19); new base C (2/2); total (21/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.97e-01 |
CCTGGTGCGCCTGCCCTGGCGCCGGGTGCCCACCGCCGCAGTGCAGGTGAGCATGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATGGCGGCCGCCCCCGCAGCACCCAGGTCTATGGCCTGCGCGAACTGGAGCAGATCGAACCGTTC > NC_002947/5168697‑5168991 | ccTGGTGCGCCTGCCCTGGCGCCGGGTGCCCACCGCCGCAGTGCAGGTGAGCATGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGt > 1:448621/1‑150 (MQ=255) ggTGCGCCTGCCCTGGCGCCGGGTGCCCACCGCCGCAGTGCAGGTGAGCATGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGAt > 2:1478/1‑150 (MQ=255) gTGCGCCTGCCCTGGCGCCGGGTGCCCACCGCCGCAGTGCAGGTGAGCATGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATg < 2:279968/150‑1 (MQ=255) acctgcactgcggcggtgggcacccggcgccagggcaggTGAGCATGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCTAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCt > 2:139528‑M2/40‑150 (MQ=255) acctgcactgcggcggtgggcacccggcgccagggcaggTGAGCATGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCAGCTAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCt < 1:139528‑M2/111‑1 (MQ=255) ccTGGCGCCGGGTGCCCACCGCCGCAGTGCAGGTGAGCATGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGCGATGGCCTGCGAGc > 2:719076/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGCCGGGTGCCCACCGCCGCAGTGCAGGTGAGCATGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGCGATGGCCTGCGAGc > 2:719139/1‑150 (MQ=255) tGGCGCCGGGTGCCCACCGCCGCAGTGCAGGTGAGCATGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTg > 1:554703/1‑150 (MQ=255) gTGCCCACCGCCGCAGTGCAGGTGAGCATGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCAAGCAATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTAc < 1:297329/150‑1 (MQ=255) aCCGCCGCAGTGCAGGTGAGCATGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTc > 1:135197/1‑150 (MQ=255) gcAGTGCAGGTGAGCATGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACcag < 1:1478/150‑1 (MQ=255) gcAGTGCAGGTGAGCATGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACcag < 2:448621/150‑1 (MQ=255) tGAGCATGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATg < 2:501695/150‑1 (MQ=255) tGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGAACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATTGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTAGACCAGCAGCGTGATGCCCAgg < 2:587799/150‑1 (MQ=255) cccAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGgccgc > 2:60182/1‑150 (MQ=255) ccAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGgccgcc > 2:413104/1‑150 (MQ=255) cAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCCGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGccc < 2:242754/150‑1 (MQ=255) gggTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAAcc < 1:60182/150‑1 (MQ=255) gTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCgg > 1:106210/1‑150 (MQ=255) tGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCAc > 1:437984/1‑150 (MQ=255) tGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTACGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCAc > 2:394836/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGa > 1:733081/1‑150 (MQ=255) cAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCGGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACaa > 1:520526/1‑150 (MQ=255) tCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTc < 1:197776/98‑1 (MQ=255) tCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTc > 2:197776/1‑98 (MQ=255) tCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATg < 2:106210/150‑1 (MQ=255) ccACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATggc < 2:605049/144‑1 (MQ=255) ccACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATggc > 1:605049/1‑144 (MQ=255) gctgctgcGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATGGCGGCCGCCCCCGCAGCAc > 1:189875/1‑150 (MQ=255) ctgcGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGCGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATGGCGGCCGCCCCCGCAGCACCCAg < 1:719139/150‑1 (MQ=255) ctgcGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGCGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATGGCGGCCGCCCCCGCAGCACCCAg < 1:719076/150‑1 (MQ=255) cATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATg < 2:155973/119‑1 (MQ=255) cATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATg > 1:155973/1‑119 (MQ=255) cGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATGGCGGCCGCCCCCGCAGCACCCAGGTCTATGGCCt < 2:189875/150‑1 (MQ=255) ggCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCCACCTGCTCGAACAGAAAACCGATGCTCAAAGCCGTCCTCAGCCATTACCTTTCTGCGGTGGCGGCCGCGTCCGCGTCACCCTGTTCTATGGCCTGCGCGAACTGGa < 2:90211/150‑1 (MQ=255) ccGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATGGCGGCCGCCCCCGCAGCACCCAGGTCTATg > 1:658752/1‑132 (MQ=255) ccGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATGGCGGCCGCCCCCGCAGCACCCAGGTCTATg < 2:658752/132‑1 (MQ=255) ccGATGGAAATCACCAGGTGATGGCCGGGGATCTGCAGTGCTACATGCTCGAGCAGCAGAGTGCATCACGGCGTCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATGGCGGCCGCCCCCGCAGCACCCAGGTCTATGGCCTGCGCGAACTGGAGc < 1:413104/150‑1 (MQ=255) gTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATGGCGGCCGCCCCCGCAGCACCCAGGTCTATGGCCTGCGCGAACTGGAGCAGATCg > 2:166167/1‑150 (MQ=255) aTCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATGGCGGCCGCCCCCGCAGCACCCAGGTCTATGGCCTGCGCGAACTGGAGCAGATCGAAc > 1:153961/1‑150 (MQ=255) cccGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATGGCGGCCGCCCCCGCAGCACCCAGGTCTATGGCCt > 1:47077/1‑123 (MQ=255) cccGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATGGCGGCCGCCCCCGCAGCACCCAGGTCTATGGCCt < 2:47077/123‑1 (MQ=255) ccGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATGGCGGCCGCCCCCGCAGCACCCAGGTCTATGGCCTGCGCGAACTGGAGCAGATCGAACCGTTc < 2:153961/150‑1 (MQ=255) | CCTGGTGCGCCTGCCCTGGCGCCGGGTGCCCACCGCCGCAGTGCAGGTGAGCATGCACCCCAGCGAGGGTCTGCCGGCCAGCATCGCGGACCCACGCCATGTGCTGCTGCGCACCATCGAAGCGTTGAAGGCCGATGGTTATCACCCGGTGATGGCCTGCGAGCTGGAGTTCTACCTGCTCGACCAGCAGCGTGATGCCCAGGGCCGCCCACAACCGGCACTGGACAACGATGGCGGCCGCCCCCGCAGCACCCAGGTCTATGGCCTGCGCGAACTGGAGCAGATCGAACCGTTC > NC_002947/5168697‑5168991 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |