| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,182,113 | T→G | 22.8% | intergenic (‑123/+31) | PP_4560 ← / ← csbD | ribonuclease BN/stress response protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,182,113 | 0 | T | G | 22.8% | 58.5 / 20.1 | 39 | intergenic (‑123/+31) | PP_4560/csbD | ribonuclease BN/stress response protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/11); new base G (5/4); total (24/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
CCGCGCAGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACC > NC_002947/5181968‑5182249 | ccGCGCAGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCAcc < 1:442455/150‑1 (MQ=255) cGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCtcaa < 1:592318/150‑1 (MQ=255) cGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCAGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCtcaa > 2:592318/1‑150 (MQ=255) cTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGCACCCGAGAAGAGGCCGGCATCGCCtcaggtcaag > 1:552404/1‑150 (MQ=255) gccgcTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCAccc < 1:127779/115‑1 (MQ=255) gccgcTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCAccc > 2:127779/1‑115 (MQ=255) gcTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGcc < 2:726829/123‑1 (MQ=255) gcTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGcc > 1:726829/1‑123 (MQ=255) cTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGc < 2:459368/121‑1 (MQ=255) cTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGc > 1:459368/1‑121 (MQ=255) 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gAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTc > 2:385879/1‑150 (MQ=255) aTAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCATCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGt < 2:552404/150‑1 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTc > 2:51672/1‑150 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCa > 1:429449/1‑150 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCAcc > 2:438816/1‑150 (MQ=255) 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CCGCGCAGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACC > NC_002947/5181968‑5182249 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |