Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,239,932 | G→A | 13.0% | A144V (GCG→GTG) | ldh ← | leucine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,239,932 | 0 | G | A | 13.0% | 108.5 / 8.6 | 46 | A144V (GCG→GTG) | ldh | leucine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/21); new base A (3/3); total (22/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.91e-01 |
CCCACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCAAAGGC > NC_002947/5239794‑5240077 | cccACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGAt < 1:451849/150‑1 (MQ=255) cccACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACACTAGTACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGAt < 1:250751/150‑1 (MQ=255) ccGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGt > 2:74448/1‑150 (MQ=255) ccGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCACATGCGGCGATgggg < 2:485808/150‑2 (MQ=255) cGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTc > 2:355513/1‑150 (MQ=255) tGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGccc < 2:508790/150‑1 (MQ=255) aaTTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACTAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGAt < 2:661192/150‑1 (MQ=255) aaTTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGAt < 1:540095/150‑1 (MQ=255) tGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCa < 1:355513/150‑1 (MQ=255) gCTGCGGCAGGGCATAACCAACATTGCACAACGCCTCGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAg < 2:647254/150‑1 (MQ=255) cTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTGGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTTGCCATGTGTCATCCGATGCAgt > 1:164057/1‑150 (MQ=255) tCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAgtg < 2:735863/150‑1 (MQ=255) tCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAgtg < 2:31784/150‑1 (MQ=255) cGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCCCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAgtggt > 2:389962/1‑150 (MQ=255) gCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAgtggtg > 1:450200/1‑150 (MQ=255) cAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCt < 2:450200/150‑1 (MQ=255) ccAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCatctgg > 1:375342/1‑145 (MQ=255) ccAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCACATGCGGCGATgggg > 2:309313/1‑120 (MQ=255) ccAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCACATGCGGCGATgggg < 1:309313/121‑2 (MQ=255) aTTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGt > 1:483905/1‑150 (MQ=255) cccTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATCTGGCGATGGGTGGCGCGATCGAGTGGTGCTGGTCCCGTGGGGCGTGCTGTGGGCa > 2:481496/1‑150 (MQ=255) cGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTc < 1:74448/150‑1 (MQ=255) gCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACCCCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGCGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTcc > 2:52819/1‑150 (MQ=255) cTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCa < 2:483905/150‑1 (MQ=255) cccGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGt < 2:198322/150‑1 (MQ=255) gCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCa > 1:353311/1‑150 (MQ=255) ccTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTc > 2:485931/1‑150 (MQ=255) tcAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAgg > 2:38895/1‑150 (MQ=255) gTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATg < 1:665240/86‑1 (MQ=255) gTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATg > 2:665240/1‑86 (MQ=255) gTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTGACAGAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGcc > 1:647153/1‑150 (MQ=255) cATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGAt < 2:785259/71‑1 (MQ=255) cATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGAt > 1:785259/1‑71 (MQ=255) gCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTc < 2:353311/150‑1 (MQ=255) ccAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACgg > 2:282721/1‑150 (MQ=255) cAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATACCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGCCCATGTCCAAGGTCGATGTGCTACTGTCTACGGc > 2:110152/1‑150 (MQ=255) cGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCgatg < 1:305875/150‑1 (MQ=255) gTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAgcgc < 1:323278/150‑1 (MQ=255) tgGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATg < 2:184608/104‑1 (MQ=255) tgGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATg > 1:184608/1‑104 (MQ=255) cccGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCg > 1:650362/1‑150 (MQ=255) ccGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGa < 2:650362/150‑1 (MQ=255) ccATCGCCACATGCGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGt < 2:639597/102‑1 (MQ=255) ccATCGCCACATGCGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGt > 1:639597/1‑102 (MQ=255) ccATCGCCACATGCGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCaa > 1:537519/1‑150 (MQ=255) cATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGATCGCGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCaaa < 2:647153/150‑1 (MQ=255) cgccgcATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCAAAGGc < 1:25639/150‑1 (MQ=255) | CCCACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCAAAGGC > NC_002947/5239794‑5240077 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |