| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,641,506 | C→G | 12.8% | S373C (TCC→TGC) | PP_4951 → | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,641,506 | 0 | C | G | 12.8% | 109.0 / 8.6 | 39 | S373C (TCC→TGC) | PP_4951 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/14); new base G (3/2); total (23/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.28e-01 | |||||||||||
GCTGATCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTA > NC_002947/5641360‑5641652 | gCTGATCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAt < 1:59329/150‑1 (MQ=255) aTCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGc > 2:289607/1‑148 (MQ=255) aTCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGc < 1:289607/148‑1 (MQ=255) gTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGc > 1:449656/1‑150 (MQ=255) cGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCGTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGAt < 1:686205/150‑1 (MQ=255) tcCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTCCCCGGTGCTGTTGGTGCAACTTGTTCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGc < 1:495432/150‑1 (MQ=255) ccGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAAcaca < 2:471274/137‑1 (MQ=255) ccGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAAcaca > 1:471274/1‑137 (MQ=255) gTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGAtc > 1:273810/1‑150 (MQ=255) ccTTGCTGCTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCa < 2:186697/114‑1 (MQ=255) ccTTGCTGCTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCa > 1:186697/1‑114 (MQ=255) tGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGAcgcca > 1:500782/1‑150 (MQ=255) tgctgGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCg < 2:436233/150‑1 (MQ=255) tgGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGc > 1:530917/1‑97 (MQ=255) tgGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGc < 2:530917/97‑1 (MQ=255) aaGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAg > 2:292119/1‑150 (MQ=255) cGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTcgc < 1:660357/150‑1 (MQ=255) gAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCa < 1:472195/61‑1 (MQ=255) gAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCa > 2:472195/1‑61 (MQ=255) gccccTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTg > 2:535565/2‑150 (MQ=255) cccTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCACCTGTc > 2:281314/1‑150 (MQ=255) ttGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAg > 1:727057/1‑150 (MQ=255) gctgctGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCt > 1:327467/1‑150 (MQ=255) tgTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGgtg > 2:675225/1‑150 (MQ=255) gTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGgtgt > 1:551564/1‑150 (MQ=255) ttGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGAcgccagcgcc < 1:754144/93‑1 (MQ=255) ttGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGAcgccagcgcc > 2:754144/1‑93 (MQ=255) ttGGTGCAACGGGGCCGTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGtgtg < 2:126775/150‑1 (MQ=255) ttCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCct > 1:724594/1‑94 (MQ=255) ttCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCct < 2:724594/94‑1 (MQ=255) ttCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCAc > 1:758775/1‑150 (MQ=255) aGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGGTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGCGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGggcgg > 1:762039/1‑150 (MQ=255) gTGAACTCCTTGCAGTTCACTGCGAGGAACACAGTGACGGTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGggcggc < 2:273810/150‑1 (MQ=255) tGAACTGCATGGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTc > 2:219052/1‑41 (MQ=18) tGAACTGCATGGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTc < 1:219052/41‑1 (MQ=18) tGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCt > 2:687241/1‑150 (MQ=255) gAACTGCATGGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTgg > 2:457576/1‑116 (MQ=255) gAACTGCATGGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTgg < 1:457576/116‑1 (MQ=255) aCTGCATGGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTa > 2:64554/1‑150 (MQ=255) | GCTGATCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTA > NC_002947/5641360‑5641652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |