| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,672,863 | G→A | 13.8% | A19T (GCG→ACG) | rhlE‑II → | ATP‑dependent RNA helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,672,863 | 0 | G | A | 13.8% | 66.8 / 4.4 | 29 | A19T (GCG→ACG) | rhlE‑II | ATP‑dependent RNA helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/13); new base A (2/2); total (14/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 | |||||||||||
TGGACCGGACGCGATCGCATTTCACCGATGCCCGTCGCGCCAGGCAGAACATCCCAACGGGCCCAGCCCACACGAGAACAGGATCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGCCGCGACCTGATGGTTGCCGCACAGACAGGTACGGGTAAAACCGGCGGCTTTGCCCTGCCGATTCTCGAGCGCCTGTTCCCGGCCGGC > NC_002947/5672720‑5673009 | tGGACCGGACGCGATCGCATTTCACCGATGCCCGTCGCGCCAGGCAGAACATCCCAACGGGCCCAGCCCACACGAGAACAGGATCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCt < 1:327580/150‑1 (MQ=255) cGGACGCGATCGCATTTCACCGATGCCCGTCGCGCCAGGCAGAACATCCCAACGGGCCCAGCCCACACGAGAACAGGATCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACAcc < 1:218029/150‑1 (MQ=255) aCGCGATCGCATTTCACCGATGCCCGTCGCGCCAGGCAGAACATCCCAACGGGCCCAGCCCACACGAGAACAGGATCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCac > 1:685698/1‑149 (MQ=255) cATTTCACCGATGCCCGTCGCGCCAGGCAGAACATCCCAACGGGCCCAGCCCACACGAGAACAGGATCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGAccccc < 1:470015/150‑1 (MQ=255) aCCGATGCCCGTCGCGCCAGGCAGAACATCCCAACGGGCCCAGCCCACACGAGAACAGGATCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCaa < 2:449770/150‑1 (MQ=255) gAACATCCCAACGGGCCCAGCCCACACGAGAACAGGATCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTg < 2:672269/124‑1 (MQ=255) gAACATCCCAACGGGCCCAGCCCACACGAGAACAGGATCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTg > 1:672269/1‑124 (MQ=255) ccAACGGGCCCAGCCCACACGAGAACAGGATCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGc < 2:703540/150‑1 (MQ=255) aCGGGCCCAGCCCACACGAGAACAGGATCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGCcgc < 2:383782/150‑1 (MQ=255) cccagcccaCACGAGAACAGGATCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCg > 2:426579/1‑117 (MQ=255) cccagcccaCACGAGAACAGGATCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCg < 1:426579/117‑1 (MQ=255) tCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTACGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCaa < 1:645329/90‑1 (MQ=255) tCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTACGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCaa > 2:645413/1‑90 (MQ=255) tCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTACGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCaa > 2:645329/1‑90 (MQ=255) tCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTACGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCaa < 1:645413/90‑1 (MQ=255) cccATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCaa < 2:187189/114‑1 (MQ=255) cccATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCaa > 1:187189/1‑114 (MQ=255) ccATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGCCGCGACCTGATGGTTGCCGCACAGACAGGTACgg > 2:105525/1‑150 (MQ=255) aTGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGCCGCGACCTGATGGTTGCCGCACAGACAGGTACGGGt < 1:105525/150‑1 (MQ=255) cTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGCCGCGGCCTGATGGTTGcc > 2:353622/1‑122 (MQ=255) cTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGCCGCGGCCTGATGGTTGcc < 1:353622/122‑1 (MQ=255) ggTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGCCGCGACCTGATGGTTGCCGCACAGACAGGTACGGGTAAAACCGGCGGCTTTGcc < 1:290815/150‑1 (MQ=255) tcCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGCCGCGACCTGATGGTTGCCGCACAGACAGGTACGGGTAAAACCGGCGGCTTTGCCCTGCCg > 1:522240/1‑150 (MQ=255) cGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGCCGCGACCTGATGGTTGCCGCACAGACAGGTACGGGTAAAACCGGCGGCTTTGCCCTGCCGAt > 2:648471/1‑150 (MQ=255) tCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGCCGCGACCTGATGGTTGCCGCACAGACAGGTACGGGTAAAACCGGCGGCTTTGCCCTGCCGATTCTCGAGCGCCTGTTccc > 2:796203/1‑148 (MQ=255) tCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGCCGCGACCTGATGGTTGCCGCACAGACAGGTACGGGTAAAACCGGCGGCTTTGCCCTGCCGATTCTCGAGCGCCTGTTccc < 1:796203/148‑1 (MQ=255) tCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGCCGCGACCTGATGGTTGCCGCACAGACAGGTACGGGTAAAACCGGCGGCTTTGCCCTGCCGATTCTCGAGCGCCTGTTCccgg > 1:545049/1‑150 (MQ=255) gAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGCCGCGACCTGATGGTTGCCGCACAGACAGGTACGGGTAAAACCGGCGGCTTTGCCCTGCCGATTCTCGAGCGCCTGTTCccggcc > 1:161391/1‑150 (MQ=255) gCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGCCGCGACCTGATGGTTGCCGCACAGACAGGTACGGGTAAAACCGGCGGCTTTGCCCTGCCGATTCTCGAGCGCCTGTTCCcggccggc > 1:424354/1‑150 (MQ=255) | TGGACCGGACGCGATCGCATTTCACCGATGCCCGTCGCGCCAGGCAGAACATCCCAACGGGCCCAGCCCACACGAGAACAGGATCGCCCATGTCCTTTGCTTCCCTCGGTCTCTCCGAGGCTCTTGTCCGCGCTATCGAGGCTGCGGGCTACACCCAGCCGACCCCCGTGCAACAGCGGGCTATTCCCGCCGTGTTGCAAGGCCGCGACCTGATGGTTGCCGCACAGACAGGTACGGGTAAAACCGGCGGCTTTGCCCTGCCGATTCTCGAGCGCCTGTTCCCGGCCGGC > NC_002947/5672720‑5673009 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |