| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 291,890 | C→A | 14.1% | P91T (CCT→ACT) | ssuA → | aliphatic sulfonatesABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 291,890 | 0 | C | A | 14.1% | 71.1 / 2.3 | 28 | P91T (CCT→ACT) | ssuA | aliphatic sulfonatesABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/15); new base A (2/2); total (11/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
CTCAAGGCCAAGGGCACGCTGGAGAAGCGTCTGGCCGAGCAGGGAGTACAGGTGCAATGGACCGAATTCCCCGGCGGCCCGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATCCTGGTGCCCAAGGGCTCGCCGATCCAGTCGGTGAAGGACCTCAAGGGTAAAAAGGTCGTCCTCAA > NC_002947/291749‑292032 | ctCAAGGCCAAGGGCACGCTGGAGAAGCGTCTGGCCGAGCAGGGAGTACAGGTGCAATGGACCGAATTCCCCGGCGGCCCGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTc < 1:126149/150‑1 (MQ=255) aaGGCCAAGGGCACGCTGGAGAAGCGTCTGGCCGAGCAGGGAGTACAGGTGCAATGGACCGAATTCCCCGGCGGCCCGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCt > 1:676492/1‑150 (MQ=255) aCGCTGGAGAAGCGTCTGGCCGAGCAGGGAGTACAGGTGCAATGGACCGAATTCCCCGGCGGCCCGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGGAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGgc < 1:108699/150‑1 (MQ=255) aGCGTCTGGCCGAGCAGGGAGTACAGGTGGCATGGATGGTGCTCGCCGCGGGCTCGTTGCTGCTTGAAGGGCGGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCCCCTGTGTTCGTTCAGCCCGCTGGCGCCTACCTGc < 2:174958/150‑1 (MQ=255) gCCGAGCAGGGAGTACAGGTGCAATGGACCGAATTCCCCGGCGGCCCGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTg < 2:566549/150‑1 (MQ=255) cGAGCAGGGAGTACAGGTGCAATGGACCGAATTCCCCGGCGGCCCGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGc > 1:305258/1‑150 (MQ=255) gCAGGGAGTACAGGTGCAATGGACCGAATTCCCCGGCGGCCCGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTa < 2:793994/150‑1 (MQ=255) aGTACAGGTGCAATGGACCGAATTCCCCGGCGGCCCGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAgcc < 2:505537/150‑1 (MQ=255) aTGGACCGAATTCCCCGGCGGCCCGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGca > 1:58052/1‑150 (MQ=255) ggACCGAATTCCCCGGCGGCCCGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGcaca < 1:602268/150‑1 (MQ=255) aaTTCCCCGGCGGCCCGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCa < 2:76008/134‑1 (MQ=255) aaTTCCCCGGCGGCCCGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCa > 1:76008/1‑134 (MQ=255) ccGGCGGCCCGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATcc > 2:523619/1‑150 (MQ=255) ccGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTACTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATCCTGGTGccc > 1:136133/1‑150 (MQ=255) ccGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTACTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATCCTGGTGccc > 1:136213/1‑150 (MQ=255) cAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGCCCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATCCTGGTGCCCAAg < 1:523619/150‑1 (MQ=255) gAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATCCTGGTGCCCaa < 2:734127/140‑1 (MQ=255) gAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATCCTGGTGCCCaa > 1:734127/1‑140 (MQ=255) cGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTACTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATCCTGGTGCCCAAGGGCTCGCCGATCCAGTCGGt < 2:136213/150‑1 (MQ=255) cGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTACTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATCCTGGTGCCCAAGGGCTCGCCGATCCAGTCGGt < 2:136133/150‑1 (MQ=255) ggTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATCCTGGTGCCCAAGGGCTCGCCGATCCAGTCGGTGAAg > 2:559209/1‑150 (MQ=255) gTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATCCTGGTGCCCAAGGGCTCGCCGATCCAGTCGGTGAAGGACCTCAAGGGTAAAAAg < 2:305258/150‑1 (MQ=255) gTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATCCTGGTGCCCAAGGGCTCGCCGATCCAGTCGGTGAAGGACCTCAAGGGTAAAAAg < 1:674702/150‑1 (MQ=255) aCCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATCCTGGTGCCCAAGGGCTCGCCGATCCAGTCGGTGAAGGACCTCAAGGGTAAAAAGgtc < 1:508925/150‑1 (MQ=255) gCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATCCTGGTGCCCAAGGGCTCGCCGATCCAGTCGGTGAAGGACCTCAAGGGTAAAAAGGTCGTcc > 1:313134/1‑150 (MQ=255) gagaCCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGaa > 2:531839/1‑81 (MQ=255) gagaCCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGaa < 1:531839/81‑1 (MQ=255) gaCCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATCCTGGTGCCCAAGGGCTCGCCGATCCAGTCGGTGAAGGACCTCAAGGGTAAAAAGGTCGTCCTcaa < 2:676492/150‑1 (MQ=255) | CTCAAGGCCAAGGGCACGCTGGAGAAGCGTCTGGCCGAGCAGGGAGTACAGGTGCAATGGACCGAATTCCCCGGCGGCCCGCAGCTGCTTGAAGGGCTGAACGTCGGTTCCATCGATTTCGGCGTAACCGGCGAGACCCCTCCTGTGTTCGCTCAGGCCGCTGGCGCCGACCTGCTCTACGTGGCCTACGAGCCGCCAGCGCCGCACAGCGAAGCTATCCTGGTGCCCAAGGGCTCGCCGATCCAGTCGGTGAAGGACCTCAAGGGTAAAAAGGTCGTCCTCAA > NC_002947/291749‑292032 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |