| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,793,945 | C→T | 13.3% | K1337K (AAG→AAA) | gltB ← | L‑glutamate synthase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,793,945 | 0 | C | T | 13.3% | 69.3 / 4.2 | 30 | K1337K (AAG→AAA) | gltB | L‑glutamate synthase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/10); new base T (2/2); total (18/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.89e-01 | |||||||||||
TCTTGCCCAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGTTGGCGTCGCCTTCCAGGTG > NC_002947/5793815‑5794091 | tCTTGCCCAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTg > 1:240560/1‑134 (MQ=255)tCTTGCCCAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTg < 2:240560/134‑1 (MQ=255)tCTTGCCCAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGGCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGt > 1:598184/1‑150 (MQ=255) gCCCAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTAcag > 2:16979/1‑150 (MQ=255) cAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTAcaggca > 2:583288/1‑150 (MQ=255) aCAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCcg > 2:66748/1‑150 (MQ=255) cgGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGACAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGTAGTTAGGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGgcgc > 2:47571/1‑150 (MQ=255) ggTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAGCTGTTTgccgcag > 2:735809/1‑110 (MQ=255) ggTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAGCTGTTTgccgcag > 2:735804/1‑110 (MQ=255) ggTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAGCTGTTTgccgcag < 1:735804/112‑3 (MQ=255) ggTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAGCTGTTTgccgcag < 1:735809/112‑3 (MQ=255) gTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCAAGCTGTAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTg > 1:20601/1‑150 (MQ=255) acaGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTgcc > 2:105455/1‑96 (MQ=255) acaGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTgcc < 1:105455/96‑1 (MQ=255) gcagTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTCGCACCGTACACGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGaa < 2:598184/150‑1 (MQ=255) tCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTg > 1:371968/1‑150 (MQ=255) ccAGTGCCCTCGACAACAGCATGGACGGTGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCg > 1:222857/1‑150 (MQ=255) aGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGt > 1:312336/1‑150 (MQ=255) gCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTg < 2:312336/150‑1 (MQ=255) gcCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGcc > 1:790249/1‑150 (MQ=255) aGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCttt < 1:16979/150‑1 (MQ=255) cTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCtt < 2:112510/123‑1 (MQ=255) cTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCtt > 1:112510/1‑123 (MQ=255) cGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGTCGTTGTTTCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGtt < 2:222857/150‑1 (MQ=255) aGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGAc < 1:71817/111‑1 (MQ=255) aGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGAc > 2:71817/1‑111 (MQ=255) tGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGTTGGCGTCGcc < 1:66748/150‑1 (MQ=255) gCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGTTGGCGTCGCCTTcc > 2:617391/1‑150 (MQ=255) aaCAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGTTGGCGTCGCCTTCCAgg < 2:371968/150‑1 (MQ=255) cAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGTTGGCGTCGCCTTCCAGGTg > 1:628831/1‑150 (MQ=255) | TCTTGCCCAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGTTGGCGTCGCCTTCCAGGTG > NC_002947/5793815‑5794091 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |