Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,839,742 | T→A | 10.0% | intergenic (+63/+40) | yheT → / ← sseA | putative hydrolase/3‑mercaptopyruvate sulfurtransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,839,742 | 0 | T | A | 10.0% | 117.0 / 4.3 | 40 | intergenic (+63/+40) | yheT/sseA | putative hydrolase/3‑mercaptopyruvate sulfurtransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/17); new base A (2/2); total (21/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 |
TCGATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGGGGTTCAACCCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGGTTGTTGATCCACTCACTCCACGACCCCGCATACAGCTTGCCCAGCGGGTACCCCGCCAGCGCCAGCGCAAACAG > NC_002947/5839606‑5839886 | tCGATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAATGCCg > 1:238033/1‑142 (MQ=255) tCGATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAATGCCg < 2:238033/142‑1 (MQ=255) gATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAATGCCGGTgtccgcgg < 2:555322/150‑8 (MQ=255) tGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGTCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGGGGt < 1:744052/150‑1 (MQ=255) tCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGGGGTTCAAccc > 1:684843/1‑150 (MQ=255) gTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGGGGTTCAACCCGGTcag > 1:676784/1‑148 (MQ=255) actactTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGGGGTTCAACCCGGTCTGCt < 1:299515/150‑1 (MQ=255) tactTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCgg < 1:290167/129‑1 (MQ=255) tactTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCgg > 2:290167/1‑129 (MQ=255) 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2:340971/1‑150 (MQ=255) gacgGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGGGGTTCAACCCGGTCTGCTTACTCGCCGGTg < 2:351373/150‑1 (MQ=255) ttCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCACGCTGGCACCCGCATTACCGGTGCCACCCACCGCGGGGGTTCAACCCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCAcc > 1:412874/1‑150 (MQ=255) ggACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGGGGTTCAACCCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGgttgt < 2:684843/150‑1 (MQ=255) ggACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGGGGTTCAACCCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGgttgt < 2:330411/150‑1 (MQ=255) gACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGGGGTTCAACCCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGgttgtt > 1:302078/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |