Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 322,878 | C→T | 8.5% | L455L (CTG→CTA) ‡ | PP_0267 ← | ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 322,878 | 0 | C | T | 8.5% | 126.6 / 3.5 | 47 | L455L (CTG→CTA) ‡ | PP_0267 | ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/22); new base T (2/2); total (23/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 |
CCGGGTCTCTTCCGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTGGTCCTGCAGATAAACC > NC_002947/322737‑323019 | ccGGGTCTCTTCCGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTgg < 1:537820/150‑1 (MQ=255) cGGGTCTCTTCCGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTggg > 1:796643/1‑150 (MQ=255) tctTCCGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGtg > 2:431532/1‑150 (MQ=255) cGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGtgctgtt > 1:38271/1‑150 (MQ=255) gTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGtgctgttgct > 2:758331/1‑150 (MQ=255) gTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGtg < 2:334587/142‑1 (MQ=255) gTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGtg > 1:334587/1‑142 (MQ=255) ggTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGAAGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTc < 1:130660/150‑1 (MQ=255) cagttgcccTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGcc > 2:596028/7‑150 (MQ=255) 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aaaGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCg > 1:63153/1‑150 (MQ=255) tCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCga < 2:796643/150‑1 (MQ=255) tCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCCGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCga < 1:245496/150‑1 (MQ=255) cTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAAcc < 1:596028/150‑1 (MQ=255) cACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGc < 2:38271/150‑1 (MQ=255) ggCGTAGATCGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCCGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTg < 1:431532/150‑1 (MQ=255) gCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGa > 1:168560/1‑150 (MQ=255) tAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCg > 1:372250/1‑150 (MQ=255) aCGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCa < 2:168560/150‑1 (MQ=255) ggTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGaa < 2:220589/150‑1 (MQ=255) 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cagcccACGCCTGGGCGTGGTCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATc > 1:459139/5‑122 (MQ=255) cagcccACGCCTGGGCGTGGTCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATc < 2:459139/118‑1 (MQ=255) aCCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTAGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTGGTCCTGCAGATAAAcc > 2:578068/1‑150 (MQ=255) aCGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGaa > 2:115199/1‑103 (MQ=255) aCGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGaa < 1:115199/103‑1 (MQ=255) | CCGGGTCTCTTCCGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGCCATCCTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTGGTCCTGCAGATAAACC > NC_002947/322737‑323019 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |