| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,000,483 | A→T | 9.0% | Q321L (CAG→CTG) | PP_5256 → | cyclic nucleotide‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,000,483 | 0 | A | T | 9.0% | 125.3 / 5.0 | 45 | Q321L (CAG→CTG) | PP_5256 | cyclic nucleotide‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/21); new base T (2/2); total (22/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.35e-01 | |||||||||||
GGAGTACGAGGCCAGCGGCTTCGTGGCCGATGCGGGCGCCAAGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGTCGAGTACCTGGCGGACCAGGTGATCCTGGGGGTGGGCGAGCATTCCGATCATCTGCTGGTGATTG > NC_002947/6000340‑6000632 | ggAGTACGAGGCCAGCGGCTTCGTGGCCGATGCGGGCGCCAAGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTCCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGa > 2:403274/1‑150 (MQ=255) aGGCCAGCGGCTTAGCGCCCGATGCGGGCGCCAAGGGCGATGCACGTAACCACCTCTT‑TCCCCGGTACATCGCGCACCTGGAGGCCATCCTGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGTCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTgg < 1:379787/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCGGCTTCGTGGCCGATGCGGGCGCCAAGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGa < 1:329311/150‑1 (MQ=255) cAGCGGCTTCGTGGCCGATGCGGGCGCCAAGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGAAGGATGa > 2:220142/1‑150 (MQ=255) ttCGTGGCCGATGCGGGCGCCAAGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTg > 1:177380/1‑138 (MQ=255) ttCGTGGCCGATGCGGGCGCCAAGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTg < 2:177380/138‑1 (MQ=255) cGTGGCCGATGCGGGCGCCAAGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAgt < 2:636533/150‑1 (MQ=255) tGGCCGATGCGGGCGCCAAGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCa > 1:10305/1‑121 (MQ=255) tGGCCGATGCGGGCGCCAAGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCa < 2:10305/121‑1 (MQ=255) gCCGATGCGGGCGCCAAGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGCGCGAGTGTTc < 2:196288/150‑1 (MQ=255) gggCGCCAAGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCcgctcgct > 1:445250/1‑150 (MQ=255) ggCGCCAAGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGTCCGAGGTAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCcgctcgcta > 1:7805/1‑149 (MQ=255) gcgcCAAGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGa < 1:22836/150‑1 (MQ=255) gcCAAGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTCGACGAGGTGAGAGTGTTCAGCTCGCTGAGt < 2:71417/150‑1 (MQ=255) aaGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGAc > 2:117881/1‑150 (MQ=255) ggCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGaa > 2:51077/1‑150 (MQ=255) cGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAaga < 1:602189/150‑1 (MQ=255) tAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGc > 1:246775/1‑150 (MQ=255) aCCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGt > 1:595008/1‑150 (MQ=255) aGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTCCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGa < 2:754469/150‑1 (MQ=255) ttCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAg > 1:467637/1‑99 (MQ=255) ttCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAg < 2:467637/99‑1 (MQ=255) tCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAgc < 2:783447/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCAt > 1:766138/1‑150 (MQ=255) gcACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGc > 2:746841/1‑150 (MQ=255) cACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCa < 2:595008/150‑1 (MQ=255) ccG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGt > 2:643632/1‑150 (MQ=255) aCCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCcgc > 1:257312/1‑95 (MQ=255) aCCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCcgc < 2:257312/95‑1 (MQ=255) gggTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGTCGAGTACCTGGCGGACCAgg < 1:452172/150‑1 (MQ=255) tGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGTCGAGTACCTGGCGGACCAGGTGa > 2:442012/1‑150 (MQ=255) tgGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAaga > 2:693645/1‑89 (MQ=255) tgGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAaga < 1:693645/89‑1 (MQ=255) aaCGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGTCGAGTACCTGGCGGACCAGGTGATCCTgggg < 2:445250/150‑1 (MQ=255) gTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGTCGAGTACCTGGCGGACCAGGTGATCCTggg < 2:197471/146‑1 (MQ=255) gTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGTCGAGTACCTGGCGGACCAGGTGATCCTggg > 1:197471/1‑146 (MQ=255) tCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGTCGAGTACCTGGCGGACCAGGTGATCCTGGGGGTgg < 1:442012/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGTCGAGTACCTGGCGGACCAGGTGATCCTGGGGGTGGGCGa < 1:643632/150‑1 (MQ=255) tGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGACGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGTCGAGTACATGGCGGACCAGGTGATCCTGGGGGTGGGCGAGc > 2:52514/1‑150 (MQ=255) gTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGTCGAGTACCTGGCGGACCAGGTGATCCTGGGGGTGGGCGAGCATTcc < 1:117881/150‑1 (MQ=255) agcacctCGCGCTGGCGGCTGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCg < 2:351359‑M1/74‑1 (MQ=255) agcacctCGCGCTGGCGGCTGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCg > 1:351359‑M1/8‑81 (MQ=255) gcacctCGCGCTGGCGGCTGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGAc > 2:190820‑M1/7‑65 (MQ=255) gcacctCGCGCTGGCGGCTGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGAc < 1:190820‑M1/59‑1 (MQ=255) ccgccAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGATTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGTCGAGTACCTGGCGGACCAGGTGATCCTGGGGGTGGGCGAGCATTCCGATCATCTGCTGGt < 1:403274/150‑1 (MQ=255) gccAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGTCGAGTACCTGGCGGACCAGGTGATCCTGGGGGTGGGCGAGCATTCCGATCATCTGCTGGTGa > 2:786785/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGTCGAGTACCTGGCGGACCAGGTGATCCTGGGGGTGGGCGAGCATTCCGATCATCTGCTGGTGAt > 1:738595/1‑150 (MQ=255) aGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGTCGAGTACCTGGCGGACCAGGTGATCCTGGGGGTGGGCGAGCATTCCGATCATCTGCTGGTGATTg < 1:786785/150‑1 (MQ=255) | GGAGTACGAGGCCAGCGGCTTCGTGGCCGATGCGGGCGCCAAGGGCGATGCACGTAACCAGCTGTTCGACCTGGCGCACCG‑GCACCTGGAGGCCAGCGGGGTGATGTGGAACGTCGACCTGGCCGTGCCGCCGCGCAGCCGCCAGCGCGAGGTGCTGGATGAGGTGCGAGTGTTCCGCTCGCTGAGTGACGAAGAGCGCGATGCGTTGAGCCAGCGCATGACTGCAGTCGAGTACCTGGCGGACCAGGTGATCCTGGGGGTGGGCGAGCATTCCGATCATCTGCTGGTGATTG > NC_002947/6000340‑6000632 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |