| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 352,583 | C→G | 21.2% | A106A (GCC→GCG) | hisF → | imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 352,583 | 0 | C | G | 21.2% | 41.8 / 7.0 | 23 | A106A (GCC→GCG) | hisF | imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/8); new base G (2/3); total (12/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
TGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGTGAAGCGCCGCGCTGGGAGATTTTCACTCACGGCGGGCGCAAGCCGACC > NC_002947/352439‑352730 | tGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCATGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCGGCGgt > 1:358496/1‑150 (MQ=255)tGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGgt < 2:62138/150‑1 (MQ=255) gcgcGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGtt < 1:546213/150‑1 (MQ=255) gACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCATGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCGGCGGTGttgatc < 2:358496/150‑5 (MQ=255) caccacGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCGGCGGTGttgatcga < 1:198376/150‑7 (MQ=255) cacGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCaga < 2:310209/150‑1 (MQ=255) acGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCCCAACGGGTACCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCagag > 2:619875/1‑150 (MQ=255) cATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACAACGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTc < 1:307281/150‑1 (MQ=255) aCGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTc > 1:223463/1‑150 (MQ=255) gtggtggCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCg > 2:673447/1‑150 (MQ=255) ggtggCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGAt < 1:275738/150‑1 (MQ=255) ggCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGcc > 1:143848/1‑150 (MQ=255) aCCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTc > 1:282610/1‑113 (MQ=255) aCCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTc < 2:282610/113‑1 (MQ=255) aTCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCTGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCCCGCTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTAGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGt > 2:174420/1‑150 (MQ=255) cGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAg > 1:623390/1‑145 (MQ=255) cGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGGTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAg < 2:623390/145‑1 (MQ=255) tGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGTGAAGcgccgc > 1:45914/1‑150 (MQ=255) tCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGTGAAGCGCCGCGCt > 2:686674/1‑150 (MQ=255) tGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGTGAAGCGCCGCGCTGGga < 1:139712/144‑1 (MQ=255) tGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGTGAAGCGCCGCGCTGGga > 2:139712/1‑144 (MQ=255) ggttgaaCACCGCGGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGTGAAGCGCCGCGCTGGGAGAtttt > 2:131868/6‑136 (MQ=255) ggttgaaCACCGCGGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGTGAAGCGCCGCGCTGGGAGAtttt < 1:131868/131‑1 (MQ=255) gccgcGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGTGAAGCGCCGCGCTGGGAGATTTTCACTCACGGCGGGCGCAAGCCGAcc < 2:143848/150‑1 (MQ=255) | TGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGTGAAGCGCCGCGCTGGGAGATTTTCACTCACGGCGGGCGCAAGCCGACC > NC_002947/352439‑352730 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |