Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,080,204 | A→T | 8.3% | Q31L (CAG→CTG) | PP_5332 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,080,204 | 0 | A | T | 8.3% | 142.2 / 4.7 | 48 | Q31L (CAG→CTG) | PP_5332 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/19); new base T (2/2); total (27/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.85e-01 |
CTCATTGCATCTGCCCGGGTCCAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGGTGTGCTGGCCATGGTTTGGCAACCTGCAGCGCAACCC > NC_002947/6080059‑6080348 | cTCATTGCATCTGCCCGGGTCCAAGTCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGgc > 2:167171/1‑150 (MQ=255) aTCTGCCCGGGTCCAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGTGCGCCCTGCTGGGCGATCAgga < 1:440938/150‑2 (MQ=255) cAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACcag > 1:450404/1‑150 (MQ=255) aaGGCCCCCTGGTCACCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTTGCTCTTCCGATCTGTCG‑‑CTCATAGTTCTGGCGTATCATCAGTGCCCGTACCGCACTCCTTTTCGCTCACCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACcagc < 1:779613/150‑1 (MQ=255) cACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAgg < 1:703040/120‑1 (MQ=255) cACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAgg > 2:703040/1‑120 (MQ=255) cACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAg < 2:13246/150‑1 (MQ=255) cTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGc < 2:80394/150‑1 (MQ=255) aatcaatGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAgg > 2:79663/1‑122 (MQ=255) aatcaatGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAgg < 1:79663/122‑1 (MQ=255) gaagaaCGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCgctgct > 1:157102/1‑150 (MQ=255) gaagaaCGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCgctgct < 1:167171/150‑1 (MQ=255) gaagaaCGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCgctgct > 2:754391/1‑150 (MQ=255) gCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCATGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTg > 2:85331/1‑150 (MQ=255) gCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGAc < 2:620535/150‑1 (MQ=255) tACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCTGCTGGgcgatc > 2:588044/1‑92 (MQ=255) tACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCTGCTGGgcgatc < 1:588044/95‑4 (MQ=255) tACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAAccgc > 1:723601/1‑128 (MQ=255) tACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAAccgc < 2:723601/128‑1 (MQ=255) tttCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGcc > 1:637743/1‑150 (MQ=255) ggTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGt > 1:160684/1‑90 (MQ=255) ggTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGt < 2:160684/90‑1 (MQ=255) gTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTACTGTGGCTGAGCGACCAGGCCGTCTTCCGc > 1:371199/1‑150 (MQ=255) aC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGc > 1:240451/1‑147 (MQ=255) aC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGc < 2:240451/147‑1 (MQ=255) c‑cGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAgg > 2:89098/1‑150 (MQ=255) c‑cGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAgg > 1:4212/1‑150 (MQ=255) cGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAAGTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAggg > 2:592527/1‑150 (MQ=255) cGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAggg < 1:485756/150‑1 (MQ=255) aCATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTc > 1:522381/1‑150 (MQ=255) tgGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCg > 2:39640/1‑150 (MQ=255) gCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACTggg < 1:229462/150‑2 (MQ=255) gCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGgt > 2:159046/1‑150 (MQ=255) gTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGGTGTGCTGGCCAt > 1:445140/1‑150 (MQ=255) tGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGGTGTGCTGGCCATg < 2:450404/150‑1 (MQ=255) tGACCGTGCCGAACTACTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGGTGTGCTGGCCATg > 1:424938/1‑150 (MQ=255) cGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGGTGTGCTGGCCATGGttt < 1:389413/150‑1 (MQ=255) gTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGGTGTGCTGGCCATGGTTTg < 1:156219/150‑1 (MQ=255) gTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGGTGTGCTGGCCATGGTTTg < 1:39640/150‑1 (MQ=255) tCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCGGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGAACCGGTGTGCTGGCCATGGTTTGGCAACCTGc > 2:783362/1‑150 (MQ=255) ccTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGGTGTGCTGGCCATGGTTTGGCAACCTGCa < 2:637743/150‑1 (MQ=255) ctgtgcGCCCTGCTGGGCGATCAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGGTGTGCTGGCCATGGTTTGGCAACCTGCAg > 1:515625/6‑150 (MQ=255) tGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGGTGTGCTGGCCATGGTTTGGCAACCTGCAgc > 1:714743/1‑150 (MQ=255) aTCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCgg < 1:616656/110‑1 (MQ=255) aTCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCgg > 2:616656/1‑110 (MQ=255) gCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGGTGTGCTGGCCATGGTTTGGCAACCTGCAGCGCAAc < 2:157102/150‑1 (MQ=255) cccAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGGTGTGCTGGCCATGGTTTGGCAACCTGCAGCGCAAcc > 1:549652/1‑150 (MQ=255) ccAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGGTGTGCTGGCCATGGTTTGGCAACCTGCAGCGCAAccc > 1:412366/1‑150 (MQ=255) cagGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCgggg > 2:691440/1‑103 (MQ=255) cagGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCgggg > 2:691388/1‑103 (MQ=255) cagGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCgggg < 1:691440/103‑1 (MQ=255) cagGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCgggg < 1:691388/103‑1 (MQ=255) | CTCATTGCATCTGCCCGGGTCCAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAAC‑CGAGCAACATGGCGAACTCA‑ACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGGTGTGCTGGCCATGGTTTGGCAACCTGCAGCGCAACCC > NC_002947/6080059‑6080348 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |