| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,084,141 | C→A | 7.3% | L212F (TTG→TTT) | PP_5337 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,084,141 | 0 | C | A | 7.3% | 163.7 / 3.2 | 55 | L212F (TTG→TTT) | PP_5337 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/28); new base A (2/2); total (25/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
AGTTCACCGCGTTCGAGCTCGCCACGCATGGACAGACGCGGCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATCCACAGCGCACACCGGCAGCATTTCAGTGGTGCCCATGTGCAGCGACGGGA > NC_002947/6083998‑6084289 | aGTTCACCGCGTTCGAGCTCGCCACGCATGGACAGACGCGGCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTg > 1:114633/1‑150 (MQ=255) gTTCACCGCGTTCGAGCTCGCCACGCATGGACAGACGCGGCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGa < 1:200488/150‑1 (MQ=255) aCCGCGTTCGAGCTCGCCACGCATGGACAGACGCGGCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGa > 2:202372/1‑150 (MQ=255) ccGCGTTCGAGCTCGCCACGCATGGACAGACGCGGCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAg < 2:504150/150‑1 (MQ=255) cGAGCGCGCCACGCATGGACAGACGCGGCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGa < 1:732770/150‑1 (MQ=255) aGCTCGCCACGCATGGACAGACGCGGCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAgg > 2:722394/1‑150 (MQ=255) aGCTCGCCACGCATGGACAGACGCGGCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAgg < 2:354082/150‑1 (MQ=255) aCAGACGCGGCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAg > 2:350578/1‑133 (MQ=255) aCAGACGCGGCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAg < 1:350578/133‑1 (MQ=255) aGACGCGGCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAg > 1:637889/1‑150 (MQ=255) aGACGCGGCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAg > 2:140027/1‑150 (MQ=255) aCGCGGCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGtt > 1:589902/1‑114 (MQ=255) aCGCGGCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGtt < 2:589902/114‑1 (MQ=255) ggCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCaa > 2:149720/1‑107 (MQ=255) ggCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCaa < 1:149720/107‑1 (MQ=255) ggCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGc > 2:32670/1‑150 (MQ=255) aCCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAAc < 1:432968/150‑1 (MQ=255) cAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGc < 2:637889/150‑1 (MQ=255) gCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACTGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGcaca > 2:307665/1‑150 (MQ=255) gATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGACCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGAACACt < 2:114633/150‑1 (MQ=255) aTCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTgccctcg < 2:336668/150‑1 (MQ=255) aTCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGAGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTgccctcg > 1:336668/1‑150 (MQ=255) cTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTgccctcgccct > 2:641233/1‑150 (MQ=255) cTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTgccctcgccct < 1:148303/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTgccctcgccctc > 1:598773/1‑150 (MQ=255) aGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAgg < 1:393154/150‑1 (MQ=255) gggCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGt > 1:755970/1‑150 (MQ=255) ggCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTc > 2:138362/1‑150 (MQ=255) tccATGCTCTTGAGGCTGTCGGCTATAGCAGTTTCATAAACGGTTGTATACCGCAGGTTGCTCTGGCGCAACAGCAAGTTGGCCGAGCGGCCGCGGAACTCGCCTGCGGTGTAGGCTGGCAACGGCACACTGCGCTCGCGCTCCAGGTCg < 2:207660/149‑1 (MQ=255) cATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGaa < 1:307665/150‑1 (MQ=255) aTGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGaa < 2:359609/149‑1 (MQ=255) aTGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGaa > 1:359609/1‑149 (MQ=255) tGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTCTACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGTCCTCCAGGTCGAACa > 2:379002/1‑150 (MQ=255) tctTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATg > 1:603409/1‑150 (MQ=255) tctTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATg < 1:373609/150‑1 (MQ=255) ctTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTcc > 1:738491/1‑136 (MQ=255) ctTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTcc < 2:738491/136‑1 (MQ=255) gAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCtt < 2:23958/150‑1 (MQ=255) ggCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGgt < 1:114696/97‑1 (MQ=255) ggCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGgt > 2:114696/1‑97 (MQ=255) cATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATc < 1:140027/150‑1 (MQ=255) tGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAg < 2:782415/89‑1 (MQ=255) tGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAg > 1:782415/1‑89 (MQ=255) cAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATCCACAg < 1:722394/150‑1 (MQ=255) aGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATCCACAgc < 1:247471/150‑1 (MQ=255) tttCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGAAAGTTGACCGAGCGGCCGa > 2:302577/1‑63 (MQ=255) tttCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGAAAGTTGACCGAGCGGCCGa < 1:302519/63‑1 (MQ=255) tttCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGAAAGTTGACCGAGCGGCCGa < 1:302577/63‑1 (MQ=255) tttCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGAAAGTTGACCGAGCGGCCGa > 2:302519/1‑63 (MQ=255) aaaCGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATCCACAGCGCACACCg > 2:733848/1‑150 (MQ=255) cGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATCCACAGCGCACACCGgca < 2:635427/150‑1 (MQ=255) tataCCGCCAGTTGCGCTGGCGTCGCAGCACCTTGATCGATCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTCCTGGATCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATCCACAGCGCACACCGGCAGCAttt < 1:138362/150‑1 (MQ=255) ccGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATCCACAGCGCACACCGGCAGCATTTCAgt < 2:675680/150‑1 (MQ=255) gTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATCcaca < 1:708947/121‑1 (MQ=255) gTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATCcaca > 2:708947/1‑121 (MQ=255) gcagcagcaAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATCCACAGCGCACACCGGCAGCATTTCAGTGGTGCCCATGTGCAGCg > 2:565621/1‑150 (MQ=255) cagcaAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATCCACAGCGCACACCGGCAGCATTTCAGTGGTGCCCATGTGCAGCGACgg < 2:598773/150‑1 (MQ=255) cagcaAGTTGACCGAGCGGCCGACGAATGAGGCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATCCACAGCGCACACCGGCAGCATTTCAGTGGTGCCCATGTGCAGCGACgg < 1:202372/150‑1 (MQ=255) agcaAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCtt > 1:783203/1‑89 (MQ=255) agcaAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCtt < 2:783203/89‑1 (MQ=255) agcaAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATCCACAGCGCACACCGGCAGCATTTCAGTGGTGCCCATGTGCAGCGACggg > 1:545948/1‑150 (MQ=255) gcaAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATCCACAGCGCACACCGGCAGCATTTCAGTGGTGCCCATGTGCAGCGACGGGa < 1:322361/150‑1 (MQ=255) | AGTTCACCGCGTTCGAGCTCGCCACGCATGGACAGACGCGGCACCCAAGCGATGCCCATCCCTTCCAGGGCCATGCTCTTGAGGCTGTCGGCCATGGCAGTTTCATAAACGGTGGTATACCGCAGGTTGCGCTGGCGCAGCAGCAAGTTGACCGAGCGGCCGAGGAACGCGCCGGCGGTGTAGGCTAGCAACGGCACACTGCCCTCGCCCTCCAGGTCGAACAATGGCTTGCCATCGGCATCCACAGCGCACACCGGCAGCATTTCAGTGGTGCCCATGTGCAGCGACGGGA > NC_002947/6083998‑6084289 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |