Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 362,694 | C→T | 9.3% | L264L (CTG→CTA) | lcdH ← | L‑carnitine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 362,694 | 0 | C | T | 9.3% | 110.7 / 3.3 | 44 | L264L (CTG→CTA) | lcdH | L‑carnitine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/21); new base T (2/2); total (21/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 |
TGGCCTTGCTGGACTTCACCGCTTCCAGTACCGCCAGCAGGGTGTCGTCACGGTAGCGCTCCAGTGCAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTC > NC_002947/362546‑362834 | tGGCCTTGCTGGACTTCACCGCTTCCAGTACCGCCAGCAGGGTGTCGTCACGGTAGCGCTCCAGTGCAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCa < 2:531545/150‑1 (MQ=255) gCTGGACTTCACCGCTTCCAGTACCGCTAGCAGGGTGTCGTCACGGTAGCGCTCCAGTGCAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGt < 1:131178/150‑1 (MQ=255) ggACTTCACCGCTTCCAGTACCGCCAGCAGGGTGTCGTCACGGTAGCGCTCCAGTGCAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCa > 1:777975/1‑150 (MQ=255) gACTTCACCGCTTCCAGTACCGCCAGCAGGGTGTCGTCACGGTAGCGCTCCAGTGCAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAg < 2:777975/150‑1 (MQ=255) gACTTCACCGCTTCCAGTACCGCCAGCAGGGTGTCGTCACGGTAGCGCTCCAGTGCAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAg < 2:381408/150‑1 (MQ=255) gCTTCCAGTACCGCCAGCAGGGTGTCGTGACGGTAGCGCTCCAGTGCAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGGAGGTACGTCCAGGGCAGG‑TTc > 2:202158/1‑150 (MQ=255) cAGTACCGCCAGCAGGGTGTCGTCACGGTAGCGCTCCAGTGCAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑ttgatacc < 2:360338/150‑7 (MQ=255) aGTACCGCCAGCAGGGTGTCGTCACGGTAGCGCTCCAGTGCAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAggg < 1:103732/148‑1 (MQ=255) aGTACCGCCAGCAGGGTGTCGTCACGGTAGCGCTCCAGTGCAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAggg > 2:103732/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGGGTGTCGTCACGGTAGCGCTCCAGTGCAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGACCAGCTCGTTGGCCAGGTCCGGTTCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGa > 2:419483/1‑150 (MQ=255) gggTAGCGCTCCAGTGCAGCGATGCTGCGCTCGCTCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTgg < 1:137642/149‑1 (MQ=255) gcTCCAGTGCAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGgcg > 2:511933/1‑145 (MQ=255) gcTCCAGTGCAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGgcg < 1:511933/145‑1 (MQ=255) aGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCTAACTGTGACATGAAGTGACGCATGCCGGCATCGcc > 1:286284/1‑150 (MQ=255) cgcTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAgg < 2:673375/150‑1 (MQ=255) cgcTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAgg < 1:25797/150‑1 (MQ=255) cgcTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGGGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGACGTGGGGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAgg < 1:419483/150‑1 (MQ=255) gcTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAggg > 2:161774/1‑150 (MQ=255) cTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGt > 2:649997/1‑150 (MQ=255) cccTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGTATAg < 1:649997/150‑1 (MQ=255) ccTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACACGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGTATAgg > 1:725851/1‑150 (MQ=255) cTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAg > 1:162081/1‑81 (MQ=255) cTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAg < 2:162081/81‑1 (MQ=255) ggAAGTGCCGCTCACCACATCGTCTATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAAtgt > 2:447518/1‑150 (MQ=255) ggAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAgg > 2:449175/1‑133 (MQ=255) ggAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAgg < 1:449175/133‑1 (MQ=255) tGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGTATAGGTaa > 1:416613/1‑138 (MQ=255) tGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGTATAGGTaa < 2:416613/138‑1 (MQ=255) ccGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGTAGGt > 1:748039/1‑52 (MQ=255) ccGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGTAGGt < 2:748034/52‑1 (MQ=255) ccGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGTAGGt < 2:748039/52‑1 (MQ=255) ccGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGTAGGt > 1:748034/1‑52 (MQ=255) ccGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGc < 1:524155/145‑1 (MQ=255) ccGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGc > 2:524155/1‑145 (MQ=255) cacaTCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCG‑ATGCCg < 2:99548/99‑1 (MQ=255) cacaTCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCG‑ATGCCg > 1:99548/1‑99 (MQ=255) caTCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGaa < 2:7982/73‑1 (MQ=255) caTCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGaa > 1:7982/1‑73 (MQ=255) gATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGa > 2:519815/1‑138 (MQ=255) gATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGa < 1:519815/138‑1 (MQ=255) gATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGcc > 2:318773/1‑150 (MQ=255) cGGTGCTGGCAGGTACGTCAAGGG‑AGCAGGTAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAACTGGCGCAGGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGcgtc < 1:202158/150‑1 (MQ=255) tGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGc < 1:272714/134‑1 (MQ=255) tGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGc > 2:272714/1‑134 (MQ=255) | TGGCCTTGCTGGACTTCACCGCTTCCAGTACCGCCAGCAGGGTGTCGTCACGGTAGCGCTCCAGTGCAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGC‑TTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCATCGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTC > NC_002947/362546‑362834 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |