Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 524,175 | G→T | 7.7% | intergenic (+39/‑777) | tyrS → / → PP_16SC | tyrosine‑‑tRNA ligase/16S ribosomal RNA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 524,175 | 0 | G | T | 7.7% | 163.2 / 3.0 | 52 | intergenic (+39/‑777) | tyrS/PP_16SC | tyrosine‑‑tRNA ligase/16S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/25); new base T (2/2); total (25/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.79e-01 |
ATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGA > NC_002947/524033‑524322 | aTGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGcc > 2:72234/1‑150 (MQ=255) tGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTccc < 1:481590/150‑1 (MQ=255) aGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGc > 1:307579/1‑150 (MQ=255) tGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCtt > 2:780755/1‑150 (MQ=255) ttGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGtt < 2:574749/150‑1 (MQ=255) ttGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGttttt > 1:217760/1‑130 (MQ=255) ttGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGttttt < 2:217760/130‑1 (MQ=255) ttGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCtgtt < 2:776112/150‑1 (MQ=255) gTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTa < 1:72234/150‑1 (MQ=255) aCCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTaggggg < 2:467552/150‑1 (MQ=255) gggCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTgaga < 1:780755/150‑1 (MQ=255) gggCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTgaga < 2:307579/150‑1 (MQ=255) gCAAGAAGTCGTTTGGCAGGGTTATCCTCAAGGCTGAGTTATTGCCTTGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTgcagat < 1:425853/150‑6 (MQ=38) cAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCgg > 1:356403/1‑80 (MQ=255) cAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCgg < 2:356403/80‑1 (MQ=255) tCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGc < 1:526865/150‑1 (MQ=255) gCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGGAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTgaga < 2:251757/150‑1 (MQ=255) gggTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGAt < 1:557225/148‑1 (MQ=255) gggTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGAt > 2:557225/1‑148 (MQ=255) ttACCCTCAAGGCTGAGTGATTGACTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTGGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTc < 2:155776/150‑1 (MQ=255) ccTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGcc > 1:593797/1‑150 (MQ=255) cTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGt > 1:424603/1‑115 (MQ=255) cTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGt < 2:424603/115‑1 (MQ=255) tCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGttttt > 1:755981/1‑76 (MQ=255) tCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGttttt < 2:755981/76‑1 (MQ=255) tCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCcac > 1:764549/1‑150 (MQ=255) ggCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCgg > 2:516167/1‑129 (MQ=255) ggCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCgg < 1:516167/129‑1 (MQ=255) tGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTcc < 1:600440/134‑1 (MQ=255) tGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTcc > 2:600440/1‑134 (MQ=255) aTTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAgcg > 2:165955/1‑150 (MQ=255) cTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGAtgt > 1:757535/1‑123 (MQ=255) cTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGAtgt < 2:757535/123‑1 (MQ=255) cTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCtgt < 2:575282/150‑1 (MQ=255) cTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCtgt > 2:256792/1‑150 (MQ=255) cTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGATGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCtgt > 2:217743/1‑150 (MQ=255) ggATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTtg > 2:553201/1‑64 (MQ=255) ggATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTtg < 1:553201/64‑1 (MQ=255) gATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTgag > 2:280865/1‑150 (MQ=255) aTGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGCCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTgaga < 2:12317/150‑1 (MQ=255) gtgtAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCg > 1:131685/1‑150 (MQ=255) tAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGt > 2:482706/1‑106 (MQ=255) tAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGt < 1:482706/106‑1 (MQ=255) tAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAgc > 1:95589/1‑150 (MQ=255) gCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGtt > 1:720185/1‑98 (MQ=255) gCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGtt < 2:720185/98‑1 (MQ=255) aaaGCGGGGAGGCCTACCGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTga < 2:159458/97‑1 (MQ=25) aaaGCGGGGAGGCCTACCGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTga > 1:159458/2‑98 (MQ=25) aaGCGGGGAGGCCTACCGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGAt > 2:199147/1‑100 (MQ=25) aaGCGGGGAGGCCTACCGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGAt < 1:199147/100‑1 (MQ=25) ggggAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATATATCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCgg > 1:446943/1‑150 (MQ=255) ggCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTga < 1:165955/150‑1 (MQ=255) gCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTgag > 1:114953/1‑150 (MQ=255) ccGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTgaga < 1:280865/150‑1 (MQ=255) | ATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGA > NC_002947/524033‑524322 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |