Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 677,954 | C→T | G356D (GGC→GAC) | PP_0581 ← | 3‑oxoacyl‑ACP reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 677,954 | 0 | C | T | 97.4% | 113.8 / NA | 38 | G356D (GGC→GAC) | PP_0581 | 3‑oxoacyl‑ACP reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (16/21); minor base G (0/1); total (16/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCATGGCTGCAGTCATGTGGGTTTCGATGAAACCGGGAGCGATGGCGTTGATGCTGCCACCGCGCTCGGCGAGCCGTGGCGCCCAGGCCTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGCCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCGGTGCCTTGAGGTTCACGGCCAGCACGGCGTCCCAGTATTCCGGCGTCATGTT > NC_002947/677807‑678096 | ggCATGGCTGCAGTCATGTGGGTTTCGATGAAACCGGGAGCGATGGCGTTGATGCTGCCACCGCGCTCGGCGAGCCGTGGCGCGCAGGCCTGGGCAAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCg < 1:284904/150‑1 (MQ=255) tGGCTGCAGTCATGTGGGTTTCGATGAAACCGGGAGCGATGGCGTTGATGCTGCCACCGCGCTCGGCGAGCCGTGGCGCCCAGGCCTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCaa < 1:346966/150‑1 (MQ=255) agctgGGTTTCGATGAAACCGGGATGGATGTCTTTGATGCTGCCACCGCGCTCGGCGAGCCGTGGCGCCCAGGCCTGGGCCAGTCCGATCAGCTCGGCCTTGCTGGCGGCATAGTTGGCCTGCCCTCTGTTGTCGGCAATGCCGCTGAcc < 2:202750/147‑1 (MQ=255) aTGTGGGTTTCGATGAAACCGGGAGCGATGGCGTTGATGCTGCCACCGCGCTCGGCGAGCCGTGGCGCCCAGGCCTGGGCCAAACCGATCAGCACGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGAcc > 2:869882/1‑150 (MQ=255) tgtgGGTTTGGATGAAACCGGGAGCGATGGCGTTGATGCTGCCGCCGCGCTCGGCGAGCCGTGGCGCGCAGGCCTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTTCCCGCGCGTGTCGGCAATGCAGCAGACCg > 2:413996/1‑150 (MQ=255) gggTTTCGATGAAACCGGGAGCGATGGCGTTGATGCTGCCACCGCGCTCGGCGAGCCGTGGCGCCCAGGCCTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAgg > 2:360662/1‑150 (MQ=255) aTGAAACCGGAAGCGATGGCGTTGATGCTGCCACCGCGCTCGGCGAGCCGTGGCGCCCAGGCCTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAgg < 1:99488/150‑1 (MQ=255) aCCGGGAGCGATGGCGTTGATGATGCCACCCAGATTGGTAAGCCGTTGCGCCCAGGCCTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGAt < 1:885172/150‑1 (MQ=255) aTGGCGTTGATGCTGCCACCGCGCTCGGCGAGCCGTGGCGCCCAGGCCTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGttt < 2:910224/150‑1 (MQ=255) gTTGATGCTGCCACCGCGCTCGGCGAGCCGTGGCGCCCAGGCCTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTcccc > 1:33374/1‑150 (MQ=255) ttGATGCTGCCACCGCGCTCGGCGAGCCGTGGCGCCCAGGCCTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTccccc < 2:638342/150‑1 (MQ=255) aGCCGTGGCGCCCAGGCCTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGcc < 1:360662/150‑1 (MQ=255) ccGTGGCGCCCAGGCCTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATgcgc > 2:667299/1‑112 (MQ=255) ccGTGGCGCCCAGGCCTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATgcgc < 1:667299/112‑1 (MQ=255) tGGCACCCAGGCCTGGGCCAACCCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGACGCCATCAGGGTGATGCTCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGt < 1:93149/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCAc < 2:171364/150‑1 (MQ=255) gCCTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCTCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCTCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCATTTGc < 1:869882/150‑1 (MQ=255) cTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCgg > 1:39922/1‑150 (MQ=255) cTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCgg > 1:628653/1‑150 (MQ=255) gCCAAACCGTGCAGCCCGGCCTTGCGCGCGGCATAGGTGGCCTGCTCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACGGTTTGCATACAACGCCTGGGTGAGCACGTGCGGTGcc < 2:419110/150‑1 (MQ=255) cAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCGGTGCCtt > 1:361354/1‑150 (MQ=255) cAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGAGGCATAGTTGTCTTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCTAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCGGTGCCtt < 2:347330/150‑1 (MQ=255) aaCCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCGGTGCCTTGa > 1:118833/1‑150 (MQ=255) aCCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCGGTGCCTTGAg > 1:510356/1‑150 (MQ=255) tCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCGGTGCCTTGAGGTTCa < 2:118833/150‑1 (MQ=255) gCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCGCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCGGTGCCTTGAGGTTCACgg < 1:370810/150‑1 (MQ=255) cTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCGGTGCCTTGAGGTTCACGGCCAGCAc < 2:361354/150‑1 (MQ=255) tCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCCGCAGGGTGATGCGCGCGCTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAAGGCGTGGGTGAGCACTTGCGGTGCCTTGATGTTCACGGCCAGCACGGCGt > 1:294626/1‑150 (MQ=255) tCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCGGTGCCTTGAGGTTCACGGCCAGCACGGCGt > 2:673481/1‑150 (MQ=255) ggCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCGGTGCCTTGAGGTTCACGGCCAGCACGGCGTCCCa < 1:367501/150‑1 (MQ=255) gCATAGTTGGACCGTCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCGGTGCCTTGAGGTTCACGGCCAGCACGGCGTCCCAg < 2:510356/150‑1 (MQ=255) tAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCAAGCAGGGTGATGAGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCATTGTCATACACCGCCTGGGTGAGCACTTGCGATGCAATGAGGTTTGCGGCCAGCACGGCCTcgcgggat > 1:192762/1‑143 (MQ=255) tGCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCGGTGCCTTGAGGTTCACGGCCAGCACGGCGTCCCAGTATTCCGGCGTc > 2:565641/1‑150 (MQ=255) gCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGc < 1:897406/101‑1 (MQ=255) gCCCGCGGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGc > 2:897406/1‑101 (MQ=255) gcgGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGt < 2:382734/71‑1 (MQ=255) gcgGTTGTCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGt > 1:382734/1‑71 (MQ=255) gcgGTTGGCGGCAATGCCGCTGACCGACGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTCCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCGGTGCCTTGAGGTTCACGGCCACCACGGCGTCCCAGTATTCCGGCGTCATGtt < 1:413996/150‑1 (MQ=255) | GGCATGGCTGCAGTCATGTGGGTTTCGATGAAACCGGGAGCGATGGCGTTGATGCTGCCACCGCGCTCGGCGAGCCGTGGCGCCCAGGCCTGGGCCAAACCGATCAGCCCGGCCTTGCTCGCGGCATAGTTGGCCTGCCCGCGGTTGCCGGCAATGCCGCTGACCGAGGCCAGCAGGGTGATGCGCGCGTTTTCCCCCAGCGCACCGTTGTCATACAACGCCTGGGTGAGCACTTGCGGTGCCTTGAGGTTCACGGCCAGCACGGCGTCCCAGTATTCCGGCGTCATGTT > NC_002947/677807‑678096 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |