New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1114899 | 105 (1.160) | 17 (0.230) | 17/226 | 4.6 | 16.8% | intergenic (‑88/+91) | rlmF/valS | ribosomal RNA large subunit methyltransferase F/valine‑‑tRNA ligase |
? | NC_002947 | = 1114925 | 83 (1.120) | intergenic (‑114/+65) | rlmF/valS | ribosomal RNA large subunit methyltransferase F/valine‑‑tRNA ligase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGGGTGGGCCTTGATCAGGCTGGGGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1114728‑1114899 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcgacacaaggccgctcccacaggaCGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCATGACCCCGAACAAACCCACCCTGCACCCGCGC < NC_002947/1114925‑1114779 AGGGTGGGCCTTGATCAGGCTGGGGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCG > 1:1069365/1‑150 GGTGGGCCTTGATCAGGCTGGGGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGAC < 1:594115/150‑1 CCTTGATCAGGCTGGGGAAGTCGTAGAGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGG < 1:539943/150‑1 CTTGATCAGGCTGGGGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC > 1:1069739/1‑150 CAGGCTGGGGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCC < 1:1812650/150‑1 CAGGCTGGGGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCC < 1:718417/150‑1 GGCTGGGGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCA < 1:619796/150‑1 GCTGGGGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCAC > 2:804583/1‑150 GCTGGGGAAGTCGTAAACTCCCTAGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGTGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCAC > 2:2168583/1‑150 gGGGGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAG < 2:674859/149‑1 TGGGGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACACGGCCGCTCCCACAG < 2:674464/150‑1 GAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGG < 2:684636/134‑1 GAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGG > 1:684636/1‑134 GTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGC > 2:1486914/1‑122 GTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGC < 1:1486914/122‑1 TCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGC > 2:758901/1‑121 TCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGC < 1:758901/121‑1 TAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCGTTGGGGCCGCTGTACGGCCCTTTCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCA > 1:645313/1‑150 GCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCTAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCGGCCCTTTCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACC > 2:1586820/1‑150 GGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACC > 1:1462579/1‑150 GCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTG > 1:310133/1‑150 GCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTG < 2:1462579/150‑1 GGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGG < 1:628109/150‑1 TGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGA < 2:310133/150‑1 GGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCT < 1:123543/135‑1 GGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCT > 2:123543/1‑135 TTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCC > 2:784619/1‑145 TTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCC < 1:784619/145‑1 TGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTC < 2:1069739/150‑1 TCATGGCAGTGTCTAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCGGCCCTTTCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGG < 1:1586820/150‑1 AGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAG < 2:631549/91‑1 AGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAG > 1:631549/1‑91 C‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTG < 1:208840/83‑1 C‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTG > 2:208840/1‑83 GCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCATGACCCCGAA < 2:696142/150‑1 CACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCATGACCCCGAACAAA < 1:112276/150‑1 ACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCATGACCCCGAACAAAC < 2:910283/150‑1 ACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCATGACCCCGAACAAAC < 1:505563/150‑1 ACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCATGACCCCGAACAAAC < 1:736011/150‑1 ACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCATGACCCCGAACAAAC > 1:910283/1‑150 AAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCCAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCATGACCCCGAACAAACCC > 1:804583/1‑150 AAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCATCCCCAGGGTCTCCAAGCCACCGCTCGTATATGGGTGGACACTGCCATGACCCCGAACAAACCC > 1:923467/1‑150 AAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGC < 1:59229/85‑1 AAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGC > 2:59229/1‑85 GCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCAT < 2:1656111/128‑1 GCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCAT > 1:1656111/1‑128 TCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCATGACCCCGAACAAACCCACCCTGCA > 2:1239754/1‑150 TCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCATGACCCCGAACAAACCCACCCTGCA > 1:1399448/1‑150 TCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCATGACCCCGAACAAACCCACCCTGCA > 2:1214143/1‑150 CCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCATGACCCCGAACAAACCCACCCTGCACC > 1:1305314/1‑150 GGACGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCATGACCCCGAACAAACCCACCCTGCACCCGCGC > 2:1643874/1‑150 AGGGTGGGCCTTGATCAGGCTGGGGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACC‑CTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1114728‑1114899 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcgacacaaggccgctcccacaggaCGGCGCCAACCTTCAAGGCGCCACCCTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCAAAAGGGCTGCGCAGCAGCCCCAGGGTCTTCAAGCCACCGCTCGTATAGGGCTGGACACTGCCATGACCCCGAACAAACCCACCCTGCACCCGCGC < NC_002947/1114925‑1114779 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |