Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 699,725 | 0 | A | G | 37.8% | 98.3 / 113.5 | 119 | intergenic (+115/‑129) | PP_t06/PP_23SD | tRNA‑Ala/23S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/39); new base G (29/16); total (64/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.84e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTC > NC_002947/699577‑699807 | gaggTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGAc < 2:316303/150‑1 (MQ=39) ggTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTg > 2:671604/1‑150 (MQ=38) tCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAGAGACGGATATGTGATAGATATAGACTGaa > 1:1620442/1‑150 (MQ=255) tCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGaa > 1:277583/1‑150 (MQ=255) tCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGCGATAGATATAGGCTGaa > 2:787857/1‑150 (MQ=255) tCAGCGGTTCGATCCAACCAGGCTCCAGCATTTTCGCCGTACGCAGTTAATTGTCAGAAATGAAATCTTGATATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGaa < 1:1657350/150‑1 (MQ=14) aGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAaca < 1:1017317/150‑1 (MQ=38) gCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAacac < 2:1404028/150‑1 (MQ=39) gCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAacac < 2:857223/150‑1 (MQ=38) ttCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGt > 1:2040377/1‑150 (MQ=255) ttCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGt > 2:213299/1‑150 (MQ=39) ttCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGt > 1:703211/1‑150 (MQ=39) ttCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGt > 2:215261/1‑150 (MQ=39) tCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGtt < 2:1883996/150‑1 (MQ=39) gATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAac < 2:1831359/141‑1 (MQ=39) gATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAac > 1:1831359/1‑141 (MQ=39) aTCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAGAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTTAACACCAGTTTCa < 2:663798/150‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCa > 1:256078/1‑144 (MQ=38) aTCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCa < 2:256078/144‑1 (MQ=39) 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tCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGAt > 2:494362/1‑150 (MQ=39) tCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGAt < 1:476568/150‑1 (MQ=37) caccacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCCGTTTCACTGCTGGTGGATCa > 2:654283/1‑150 (MQ=255) caccacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCa > 1:1417200/1‑150 (MQ=39) caccacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCa > 2:1845577/1‑150 (MQ=39) accacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGTATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAg > 2:1677108/1‑150 (MQ=255) ccacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg > 1:1109534/1‑143 (MQ=39) ccacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg < 2:1109534/143‑1 (MQ=38) cacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGc < 1:2052267/150‑1 (MQ=39) tttCGCCGTACGCAGTTACTTGTCCGATCTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGATGGTGGATCAGGCTaa > 1:502517/1‑150 (MQ=255) tttCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTaa > 1:400130/1‑150 (MQ=255) tttCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTaa > 2:640430/1‑150 (MQ=38) tttCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTaa > 1:1241324/1‑150 (MQ=39) ttCGCCGTACTCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAg < 2:2094182/150‑1 (MQ=38) ttCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGACTGTTGCTCTTTCGATCTGATCTTATTGTTCTTTAAAAGTTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAg < 1:482326/150‑1 (MQ=11) 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(MQ=14) gCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGaa > 1:1567237/1‑145 (MQ=14) gCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTc < 1:1974061/150‑1 (MQ=14) gCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTc > 1:2090935/1‑150 (MQ=14) | GAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTC > NC_002947/699577‑699807 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |