| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,844,126 | Δ1 bp | coding (710/2754 nt) | gacS ← | sensor protein GacS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,844,125 | 0 | G | . | 98.1% | 236.4 / ‑3.8 | 53 | coding (711/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base . (28/24); minor base A (1/0); total (29/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCAT > NC_002947/1843976‑1844265 | gACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCAAGGTGGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCg > 1:717690/1‑150 (MQ=255) tGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTATGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGcc > 2:561357/1‑150 (MQ=255) ctTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTc > 1:224839/1‑150 (MQ=255) gcgcCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAg > 2:363708/1‑150 (MQ=255) gcCATGTCCAGCTAGATGTAATGGATTTCGATGGTGGCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGCTTTTTGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCt < 1:258233/150‑1 (MQ=255) ccATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCg > 2:773024/1‑113 (MQ=255) ccATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCg < 1:773024/113‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCg < 1:49249/138‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCg > 2:49249/1‑138 (MQ=255) tCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCa > 1:510020/1‑150 (MQ=255) gTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTc < 2:1385883/150‑1 (MQ=255) aTGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGttctt > 1:380812/1‑150 (MQ=255) aTGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGttctt > 1:1365178/1‑150 (MQ=255) tGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGttcttc > 2:527787/1‑150 (MQ=255) tttCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAg < 2:900269/150‑1 (MQ=255) gcgcACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTg > 1:222706/1‑150 (MQ=255) gcgcACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCACTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTg < 2:1003603/150‑1 (MQ=255) gcACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAg > 2:1299308/1‑150 (MQ=255) cACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATgg > 2:562800/1‑105 (MQ=255) cACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATgg < 1:562800/105‑1 (MQ=255) 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tGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGa < 1:493384/117‑1 (MQ=255) tGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGa > 2:493384/1‑117 (MQ=255) tGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCt < 1:1050259/150‑1 (MQ=255) ggTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCtt < 2:1365178/150‑1 (MQ=255) tCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGa > 2:828353/1‑150 (MQ=255) tGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCg > 2:830707/1‑150 (MQ=255) tgtgTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTc > 1:31903/1‑150 (MQ=255) tgtTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGt < 1:386957/66‑1 (MQ=255) tgtTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGt > 2:386957/1‑66 (MQ=255) gtTGCAGTTTTTCGTGCCCTTTCTGTCGGCTTTC‑GCCATGCGGTTGTTGCCGTGCGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGGCCATGGTCGCCAGGTGTTCCTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCATGAGGCGTTCGAt < 2:717690/150‑1 (MQ=255) gtTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGAt < 2:510020/150‑1 (MQ=255) ttGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCGGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATg > 1:845937/1‑150 (MQ=255) tGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAg < 1:617990/91‑1 (MQ=255) tGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAg > 2:617990/1‑91 (MQ=255) gCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAg < 2:288515/102‑1 (MQ=255) gCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAg > 1:288515/1‑102 (MQ=255) cAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATgggg < 2:31903/150‑1 (MQ=255) aGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGt < 2:329441/140‑1 (MQ=255) aGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGt > 1:329441/1‑140 (MQ=255) tcttcGTGGGCATTGTGGAGGGTTT‑AGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCAAGTTCGTGCAGCTGATGGTTGACGATGGTCGGCAGGCGATCTTAGAGGTGGCCGTCAGTACGCTGATTAAACAGGTGCTGGAAGCGTTCTATggggggag > 2:564150/1‑146 (MQ=255) gTGGGCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATg < 1:527787/150‑1 (MQ=255) ggCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGTGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGcc < 1:1305598/95‑1 (MQ=255) ggCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGcc > 2:1305598/1‑95 (MQ=255) ggCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATgggg > 2:566006/1‑138 (MQ=255) ggCATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATgggg < 1:566006/138‑1 (MQ=255) cATTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCg < 2:224839/150‑1 (MQ=255) aTTCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCgg > 1:443982/1‑150 (MQ=255) tCTGTAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGc < 1:167238/74‑1 (MQ=255) tCTGCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGc > 2:167238/1‑74 (MQ=255) gCAGGGTTTC‑GCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGATCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGAAGAGGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCAt > 1:78126/1‑150 (MQ=255) | GACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCAT > NC_002947/1843976‑1844265 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |