Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,741,283 | C→G | intergenic (+474/+278) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,741,283 | 0 | C | G | 84.2% | 97.6 / 8.8 | 38 | intergenic (+474/+278) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/3); new base G (18/14); total (21/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTC‑C‑GCCAAC‑T‑GC‑ATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTC > NC_002947/4741155‑4741407 | gTCCGGCTGCCACCCGCCTCATTGATGGTCGTAATGTCAAGCACGGAATCACGCGGCGCCACCGGCCATGGCGTATTGCACTGCGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑CTGCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGaatccag < 2:1127634/150‑6 (MQ=255) cGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑C‑TGCGACTT‑GC‑ATTCGTGAA‑GCCAGGCACAGGCCCCGGa < 1:419289/150‑1 (MQ=255) ctcctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGaca < 2:938457/149‑1 (MQ=255) ctcctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGaca > 1:938457/1‑149 (MQ=255) ttGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcc > 2:136508/1‑150 (MQ=255) gATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGtccac < 2:399110/150‑3 (MQ=255) gTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGc > 2:1376183/1‑150 (MQ=255) gTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGc > 1:726210/1‑150 (MQ=255) aCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTg < 2:726210/150‑1 (MQ=255) ggAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGc < 1:148692/150‑1 (MQ=255) aaTCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑CTGCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCa > 1:1481999/1‑150 (MQ=255) aCGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcgg > 1:341101/1‑150 (MQ=255) gcggcgGCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑C‑TGCGACTT‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcggcg > 1:487791/1‑150 (MQ=255) cgTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATCGGCCCAGCTCTGGTAACGATCGTGCGTTAGCAG‑CGTC‑T‑GCC‑AC‑T‑GCGACTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGGCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCtt < 2:1291409/150‑1 (MQ=255) tCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGa > 1:398736/1‑150 (MQ=255) cACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGAt < 1:1217179/150‑1 (MQ=255) aCCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑CTGCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCCGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATc > 2:1047127/1‑150 (MQ=255) cGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCAc > 1:676820/1‑150 (MQ=255) ggCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACg < 2:398736/150‑1 (MQ=255) ggCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACg < 1:1376183/150‑1 (MQ=255) gCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTTCCCTGCGTTCTTGAG‑CA‑GCTT‑C‑TGCGAC‑TAGC‑CTCCGTTAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACgg < 1:333520/150‑1 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 1:516397/1‑150 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑C‑TGCGACTT‑GC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGACCACGGTCACACCGCGATAg > 2:573362/1‑150 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc > 2:1177940/1‑150 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc > 2:1482798/1‑150 (MQ=255) tGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGcc < 1:141914/150‑1 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt < 2:516397/150‑1 (MQ=255) tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACg < 1:63038/128‑1 (MQ=255) tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACg > 2:63038/1‑128 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 2:676820/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg > 1:835451/1‑150 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc > 2:1314342/1‑150 (MQ=255) ctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCCGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc < 1:1047127/150‑1 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGcc > 2:124008/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 2:851584/1‑150 (MQ=255) cACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑C‑TGCGACTT‑GC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCt > 2:1313874/1‑150 (MQ=255) aCCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTCAT‑GTGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTc > 2:1139859/1‑150 (MQ=255) ttCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑CTGCGACT‑T‑GC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcgg < 1:706820/93‑1 (MQ=255) | GTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTC‑C‑GCCAAC‑T‑GC‑ATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTC > NC_002947/4741155‑4741407 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |