| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 874,543 | Δ1 bp | 6.0% | coding (119/840 nt) | PP_0759 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 874,543 | 0 | A | . | 6.0% | 238.8 / 10.0 | 84 | coding (119/840 nt) | PP_0759 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/37); new base . (3/2); total (43/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.83e-01 | |||||||||||
CACTGGCGACTCGGCCTAGGATACGGCGCATGTGGATAGGGAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGATGAGGTCAACCAGATGTACGCGCAGTCGTATCAGCAGACCCTGGGTGAAGCATCGAGCAAGGGTGTGCTCGACAAGTCCAGCGCCGATGCCAAGCGTGTGCAGGCCATTGCCA > NC_002947/874396‑874692 | cACTGGCGACTCGGCCTAGGATACGGCGCATGTGGATAGGGAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAAc < 2:893013/150‑1 (MQ=255)cACTGGCGACTCGGCCTAGGATACGGCGCATGTGGATAGGGAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAAc < 1:1464990/150‑1 (MQ=255)cACTGGCGACTCGGCCTAGGATACGGCGCATGTGGATAGGGAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGATGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAAc < 2:1211796/150‑1 (MQ=255) gCGACTCGGCCTAGGATACGGCGCATGTGGATAGGGAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCaa < 1:625287/150‑1 (MQ=255) gCGACTCGGCCTAGGATACGGCGCATGTGGATAGGGAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCaa < 2:265416/150‑1 (MQ=255) gACTCGGCCTAGGATACGGCGCATGTGGATAGGGAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACa > 2:1919329/1‑150 (MQ=255) tCGGCCTAGGATACGGCGCATGTGGATAGGGAGTGTTTTCGTGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGCATACCACCAGCGGCGGTGCTGTCGGC‑G‑TCGAACGCCACCAGtc > 2:675028/1‑149 (MQ=255) tgtgGATAGGGAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGa < 2:159138/150‑1 (MQ=255) tggcgcgggAGTGTCATCATGCGTAGGCATTGTGGCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCGCCTGCCCGGCTGGCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGAGCTGTGGGC‑G‑GGGAAAGCCAGCAGGACAGGGTCAGCATGCTCGCGAcc > 2:1831968/7‑150 (MQ=255) ggATAGGGAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTACTGGCCGGCTGCCGGTCGGTTAATACTACCAGCTGCGTTGCTGTAGGC‑G‑GCTAAGTCCAACATTACATGATCAGCATTCTCTCGACCg > 2:1841478/1‑150 (MQ=255) gATAGGGAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGa > 2:1027918/1‑150 (MQ=255) aTAGGGAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGAt > 1:1003944/1‑150 (MQ=255) aTAGGGAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGAt < 1:1693946/150‑1 (MQ=255) gggAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCGGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAAGACCGCCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGATGAg < 1:188064/150‑1 (MQ=255) ggAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGATGAgg < 2:619575/150‑1 (MQ=255) gAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGATCAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGATGAGGt < 1:1841478/150‑1 (MQ=255) aGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGATGAGGTc > 1:777906/1‑150 (MQ=255) gtTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGATGAGGTCAAc < 1:299658/150‑1 (MQ=255) 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tcatcaGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGATGAGGTCAACCAGATGTACGCGCAGTCGTATc < 1:313855/150‑1 (MQ=255) tcatcaGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGATGAGGTCAACCAGATGTACGCGCAGTCGTATc < 1:694798/150‑1 (MQ=255) atcaGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGATGAGGTCAACCAGATGTACGCGCAGTCGTATcag > 1:396953/1‑150 (MQ=255) atcaGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGATGAGGTCAACCAGATGTACGCGCAGTCGTATcag < 2:396953/150‑1 (MQ=255) atcaGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGATGAGGTCAACCAGATGTACGCGCAGTCGTATcag < 1:1006738/150‑1 (MQ=255) 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g‑TCGTACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGATGAGGTCAACCAGATGTACGCGCAGTCGTATCAGCTGACCCTGGGTGAAGCATCGAGCAAGGGTGTGCTCGACAAGTCCAGCGCCTATGCCAAGCGTGTGCAGGCCAtt < 2:945018/150‑1 (MQ=255) g‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGATGAGGTCAACCAGATGTACGCGCAGTCGTATCAGCAGACCCTGGGTGAAGCATCGAGCAAGGGTGTGCTCGACAAGTCCAGCGCCGATGCCAAGCGTGTGCAGGCCAtt > 1:1681446/1‑150 (MQ=255) aaCGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGATGAGGTCAACCAGATGTACGCGCAGTCGTATCAGCAGACCCTGGGTGAAGCATCGAGCAAGGGTGTGCTCGACAAGTCCAGCGCCGATGCCAAGCGTGTGCAGGCCATTGCCa > 1:459007/1‑150 (MQ=255) | CACTGGCGACTCGGCCTAGGATACGGCGCATGTGGATAGGGAGTGTTTTCATGCGTAAGTCTTTTGTCATCAGCCTGCTGAGTGCTGGCATCCTGCTGGCCGGCTGCCAGGCGGTGAATACCACCAGCGGCGGTGCTGTTGGC‑G‑TCGAACGCCAACAGTACATGTTCAGCATGCTCTCGACCGATGAGGTCAACCAGATGTACGCGCAGTCGTATCAGCAGACCCTGGGTGAAGCATCGAGCAAGGGTGTGCTCGACAAGTCCAGCGCCGATGCCAAGCGTGTGCAGGCCATTGCCA > NC_002947/874396‑874692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |