| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 337,831 | Δ1 bp | 5.7% | intergenic (‑78/+51) | PP_0279 ← / ← PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 337,831 | 0 | T | . | 5.7% | 216.2 / 6.2 | 70 | intergenic (‑78/+51) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/26); new base . (2/2); total (42/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
CGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCG > NC_002947/337687‑337978 | acctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGgcgc > 1:1911131‑M1/98‑150 (MQ=255) gATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCt > 2:805684/1‑150 (MQ=255) tggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTac > 2:1917866‑M1/95‑150 (MQ=255) tggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTac > 2:760974‑M1/95‑150 (MQ=255) tCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTac < 2:1746191/150‑1 (MQ=255) cAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACa > 2:422154‑M2/1‑149 (MQ=255) cAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACa > 1:1769486‑M2/1‑149 (MQ=255) gtgatcttgttcatgttggtgaaacgtttcaagctgcttgagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTacac > 2:1852716‑M1/93‑150 (MQ=255) gtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTacac > 1:255428‑M1/93‑150 (MQ=255) aGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGgcgc > 2:530291/1‑145 (MQ=255) aGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGgcgc < 1:530291/145‑1 (MQ=255) gatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCt > 2:798020‑M1/91‑150 (MQ=255) aCTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgt > 1:1057667‑M2/1‑144 (MQ=255) cTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtg > 2:53075‑M2/1‑143 (MQ=255) gTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtggga > 1:1208361‑M2/1‑140 (MQ=255) cGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACTCCCGCTACCAACGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagc > 1:805684‑M2/1‑138 (MQ=255) aGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgg > 1:1855747‑M2/1‑136 (MQ=255) aGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTAAacctgtgggcgcgg > 2:1763022‑M2/1‑136 (MQ=255) 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ggCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTa < 1:994754/85‑1 (MQ=255) ggCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTa > 2:994754/1‑85 (MQ=255) ctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCt < 1:563331‑M1/60‑1 (MQ=255) ctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCt > 2:563331‑M1/31‑90 (MQ=255) tgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTacac < 1:1815972‑M1/58‑1 (MQ=255) tgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTacac > 2:1815972‑M1/30‑87 (MQ=255) tgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGt < 1:981977‑M1/74‑1 (MQ=255) tgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGCTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGt > 2:981977‑M1/30‑103 (MQ=255) tcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTacac < 2:1066769‑M1/58‑1 (MQ=255) tcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTacac > 1:1066769‑M1/11‑68 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGgc < 1:1098488/55‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGgc > 2:1098488/1‑55 (MQ=255) gGGGCACGCCCGCTCGCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTg > 1:192815‑M1/2‑150 (MQ=255) ACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCa < 2:1067795‑M1/150‑1 (MQ=255) TCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc < 2:1226273‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCa > 1:807741‑M1/1‑140 (MQ=255) CCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCa < 2:807741‑M1/140‑1 (MQ=255) CCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGTTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga < 2:1070244‑M1/150‑1 (MQ=255) cacaGGTATAGCGCCA‑CATTCCAGGTTGGCCCTACacctgtgcgagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccccagcccccacctaagcccccccttcccggccctcgaccac < 2:501345‑M2/150‑116 (MQ=255) cacaGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaaaacggcacatccttgccatgcccaaccacataaacagccaccacctaagcacccgcttccgggccctcgaccag < 1:329154‑M2/150‑116 (MQ=255) CACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag < 2:1592856‑M1/150‑1 (MQ=255) acaGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaa < 2:1760404‑M2/123‑90 (MQ=255) acaGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaa > 1:1760404‑M2/1‑34 (MQ=255) ACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga < 1:829652‑M1/150‑1 (MQ=255) GGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTTGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTATCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACTCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCa < 2:1654368‑M1/150‑1 (MQ=255) gTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccac < 2:1481080‑M2/115‑86 (MQ=255) gTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccac > 1:1481080‑M2/1‑30 (MQ=255) gTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttg < 2:1195692‑M2/86‑57 (MQ=255) gTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttg > 1:1195692‑M2/1‑30 (MQ=255) TATAGCGCCA‑CCTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTCAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCCGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATGAcc < 2:721155‑M1/150‑1 (MQ=255) ataGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccacca < 2:380131‑M2/74‑47 (MQ=255) ataGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccacca > 1:380131‑M2/1‑28 (MQ=255) agagcGCCA‑CATTCAAGGGGGGCGCTAGacctgggggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatcctggccatgcccaaccacctccacagcccccacctaagcacccgcttccaggccctcgaccagttcctga > 1:501345‑M2/3‑28 (MQ=255) taGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTATacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctc > 1:285004‑M2/1‑27 (MQ=255) taGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTATacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctc < 2:285004‑M2/100‑74 (MQ=255) gcCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcag > 1:44561/1‑81 (MQ=255) gcCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcag < 2:44561/81‑1 (MQ=255) gcCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAg > 1:364407/1‑150 (MQ=255) aTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGAGAGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAacaa > 1:602957/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcaggc < 2:793306/77‑1 (MQ=255) ttCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcaggc > 1:793306/1‑77 (MQ=255) ttCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACg > 1:1742211/1‑150 (MQ=255) aaGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGt < 2:939609/139‑1 (MQ=255) aaGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGt > 1:939609/1‑139 (MQ=255) aaGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCt > 1:1181856/1‑150 (MQ=255) gTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTgcg > 1:481358/1‑150 (MQ=255) | CGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCG > NC_002947/337687‑337978 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |