| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,344,509:1 | +C | 9.8% | intergenic (+36/‑142) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,344,509 | 1 | . | C | 9.8% | 195.4 / 15.9 | 51 | intergenic (+36/‑142) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (20/26); new base C (2/3); total (22/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
GGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTT > NC_002947/5344362‑5344655 | ggagctgggcaaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑cc > 2:301930/1‑150 (MQ=255) gggcaaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAg < 2:840724/150‑1 (MQ=255) gggcaaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAg < 2:623550/150‑1 (MQ=255) ggcaaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAgg < 1:1134234/150‑1 (MQ=255) gcaaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGc < 1:301930/150‑1 (MQ=255) aaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCGGGCaa < 2:1232230/150‑1 (MQ=255) aaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCaa > 1:447672/1‑150 (MQ=255) ggCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAAcgc > 1:937084/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGAAACCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTc > 1:944819/1‑150 (MQ=255) cAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAGCGGCT‑‑CCGACCAGGCAACGCGTTACCTCg > 1:591/1‑150 (MQ=25) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 1:1781051/150‑1 (MQ=255) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 1:652743/150‑1 (MQ=255) tCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCggg < 1:1200561/150‑1 (MQ=255) tAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTa < 1:1411338/150‑1 (MQ=255) aGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTAc < 2:1074843/150‑1 (MQ=255) aaGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 1:1309770/150‑1 (MQ=255) gACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCCGGGTCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 1:941978/150‑1 (MQ=255) gACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 1:774212/150‑1 (MQ=255) aCAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagag < 2:937084/150‑1 (MQ=255) aCAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagag < 2:807165/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAgg < 1:176744/150‑1 (MQ=255) cgcCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAggccg < 1:1794735/150‑1 (MQ=18) cgcCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAggccg < 2:1397170/150‑1 (MQ=18) ccGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 2:1287064/128‑1 (MQ=255) ccGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCgg > 1:1287064/1‑128 (MQ=255) ggTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTCCCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTg > 2:814150/1‑150 (MQ=255) cACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAacac < 2:1753221/150‑1 (MQ=255) aCCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACAcc > 1:730664/1‑150 (MQ=255) tGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCcgc > 1:826637/1‑114 (MQ=14) tGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCcgc < 2:826637/114‑1 (MQ=14) cAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTacac > 2:122179/1‑150 (MQ=255) aaCTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACTACGCAACTCGGTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCCGCTACACt > 1:705596/1‑150 (MQ=38) aaCTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACt > 2:459665/1‑150 (MQ=255) ctTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCtt > 2:262540/1‑150 (MQ=255) ccGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc < 1:459665/150‑1 (MQ=255) gCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATa < 1:122179/150‑1 (MQ=255) gTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTCCCTCGTAGGAGCGGGTTCCACCGAGAAGAGGCCGGCCCAGGATCCACATCCCCCCCTTCTACACGGTCTTATCGAATAGcc < 2:21356/150‑1 (MQ=25) gTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACTCTGTCTTATCGAATAGcc < 2:567164/150‑1 (MQ=255) ctCCGACCTTGTGCCTGCCTCTTCCCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGGTACCCCGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATc < 2:1155643/149‑1 (MQ=38) tCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCg > 2:383651/1‑150 (MQ=255) tgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACaa > 2:981804/1‑150 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTTCCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAagag > 2:1426572/1‑150 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGa > 1:215689/1‑150 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCg > 1:241247/1‑150 (MQ=21) gggTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCg > 1:288522/1‑150 (MQ=255) aaaCCCG‑‑CTTACCAGGCAACGTGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGTTCCCAGCTACCCTGTCTTATCGAATAGCCGTCGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCAt < 2:944819/150‑1 (MQ=39) aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACGCCATAGGAACGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGGCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 1:449230/1‑150 (MQ=255) cccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt > 2:1074882/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGc > 2:1039968/1‑102 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGc < 1:1039968/102‑1 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTg > 2:1662246/1‑107 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTg < 1:1662246/107‑1 (MQ=255) | GGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTT > NC_002947/5344362‑5344655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |