| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,492,607:1 | +C | 5.1% | coding (1457/1698 nt) | cobJ ← | precorrin‑3B C17‑methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,492,607 | 1 | . | C | 5.1% | 318.8 / 10.4 | 78 | coding (1457/1698 nt) | cobJ | precorrin‑3B C17‑methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (35/39); new base C (2/2); total (37/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
CCATGGTGCGCATGTCGACCATTTCTGGCAGCAGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAGGTCCAGGCGCTTTTCAATGATCGACCAGGGCTTGAGGTTGTCCGACAGCGACATCACGCAGAAGTCATGCCCCAG > NC_002947/5492458‑5492746 | ccATGGTGCGCATGTCGACCATTTCTGGCAGCAGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCt > 2:1875662/1‑150 (MQ=255)ccATGGTGCGCATGTCGACCATTTCTGGCAGCAGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCt > 1:1558435/1‑150 (MQ=255) gTGCGCATGTCGACCATTTCTGGCAGCAGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGc > 1:1334374/1‑150 (MQ=255) cgcATGTCGACCATTTCTGGCAGCAGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCggc < 2:1684729/150‑1 (MQ=255) tGTCGACCATTTCTGGCAGCAGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCggcctgg > 2:432954/1‑150 (MQ=255) cGACCATTTCTGGCAGCAGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCggcctggcct < 2:194281/150‑1 (MQ=255) gACCATTTCTGGCAGCAGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTGCTCGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCtt > 1:1861385/1‑150 (MQ=255) gACCATTTCTGGCAGCAGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑g > 2:146916/1‑135 (MQ=255) gACCATTTCTGGCAGCAGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑g < 1:146916/135‑1 (MQ=255) aCCATTTCTGGCAGCAGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGGTGTCGGCGCACAACCTCCAGGGGCACACCGAGCT‑GGTGCggcctggcactg > 1:676378/1‑146 (MQ=255) cATTTCTGGCAGCAGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGTCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGga > 2:1402649/1‑150 (MQ=255) tGGCAGCAGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCgg > 2:30984/1‑150 (MQ=255) ggCAGCAGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCggg < 1:30984/150‑1 (MQ=255) gcagcaGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGt < 2:801911/150‑1 (MQ=255) cagTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTa < 2:1558435/150‑1 (MQ=255) ttCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGaa < 1:502953/150‑1 (MQ=255) tGACTACCCTCAGCGCTGGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGAGTATCGGCACCCCGATGTCGGCCAACAACCTCCCGGGCCAAAAAGCGCT‑GGTTTGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCa < 1:1875662/150‑1 (MQ=255) gACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAg > 1:373283/1‑150 (MQ=255) tACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTc > 2:217130/1‑150 (MQ=255) ttCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGcc > 2:336854/1‑150 (MQ=255) ttCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCCTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGcc > 1:1921671/1‑150 (MQ=255) cAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCggg > 2:1392302/1‑121 (MQ=255) cAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCggg < 1:1392302/121‑1 (MQ=255) aGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTgg < 1:357002/150‑1 (MQ=255) gCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGGT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTggg > 1:313134/1‑150 (MQ=255) gTCTGCCCCGGCCTACCGCTGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCa < 1:1133253/150‑1 (MQ=255) gTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCa < 2:1334374/150‑1 (MQ=255) gTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCCTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCa < 2:1921671/150‑1 (MQ=255) tCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTTTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAg > 1:101997/1‑150 (MQ=255) ccccGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCACGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAg < 2:397193/150‑1 (MQ=255) cccGGCCTGCCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCt > 1:1580244/1‑139 (MQ=255) cccGGCCTGCCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCt < 2:1580244/139‑1 (MQ=255) cccGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAg > 2:1022138/1‑120 (MQ=255) cccGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAg < 1:1022138/120‑1 (MQ=255) cccGGCCTACCAACGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAgg < 1:390302/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAGGt > 1:811974/1‑150 (MQ=255) ccGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAGGt < 1:1402649/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAGGt < 2:664382/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAGGt > 2:812642/1‑150 (MQ=255) ccGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCATGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAGGt > 1:151341/1‑150 (MQ=255) 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gATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAGGTCCAGGCGCtt > 2:353945/1‑150 (MQ=255) aTGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAGGTCCAGGCGCttt < 1:336854/150‑1 (MQ=255) aTGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAGGTCCAGGCGCttt < 1:217130/150‑1 (MQ=255) ccAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAGGTCCAGGCGCTTTTCAATGATc < 2:837427/150‑1 (MQ=255) cAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAGGTCCAGGCGCTTTTCAATGATCg > 2:1433197/1‑150 (MQ=255) 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aGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAGGTCCAGGCGCTTTTCAATGATCGACCAGGGCTTGAGGTTGTCCGACAGCGACATCACGCAGAAGTCATGc < 2:813440/150‑1 (MQ=255) GCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAGGTCCAGGCGCTTTTCAATGATCGACCAGGGCTTGAGGTTGTCCGACAGCGACATCACGACAAAGTCATGcccc < 1:1239917‑M1/150‑1 (MQ=255) CACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAGGTCGGCGCGCTTTTCAATGATCGACCAGGGCTTGAGGTTGTCCGACAGCGACATCACGCAGAAGTCATGCCCCAg < 1:797668‑M1/150‑1 (MQ=255) | CCATGGTGCGCATGTCGACCATTTCTGGCAGCAGTTCGGCCAAGGTGACTACCTTCAGCGTCTGCCCCGGCCTACCGATGTCACGGCCAAGGACTACAGGCGTGTTCCCGTCACGATGTCGGCGCACAACCTCCAGGGCCACACCGAGCT‑GGTGCGGCCTGGCCTTGGAGATCGGGTTGTAGAAGGCCAGCACCAGGTCGGCCTGGGCAGCCAGGTCCAGGCGCTTTTCAATGATCGACCAGGGCTTGAGGTTGTCCGACAGCGACATCACGCAGAAGTCATGCCCCAG > NC_002947/5492458‑5492746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |