| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 564,380:1 | +A | 9.6% | intergenic (+29/‑144) | rplQ → / → katA | 50S ribosomal protein L17/catalase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 564,380 | 1 | . | A | 9.6% | 295.1 / 26.2 | 83 | intergenic (+29/‑144) | rplQ/katA | 50S ribosomal protein L17/catalase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (34/41); new base A (4/4); total (38/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.48e-01 | |||||||||||
CCGTCAGGGCGGCTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCAT > NC_002947/564231‑564525 | ccGTCAGGGCGGCTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGc < 1:196553/150‑1 (MQ=255)ccGTCAGGGCGGCTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGc > 2:75654/1‑150 (MQ=255) tCAGGGCGGCTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTa > 1:922815/1‑150 (MQ=255) gcggcTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGcc > 1:1335200/1‑150 (MQ=255) gcTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCg‑g < 2:1720711/150‑1 (MQ=255) cTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑Gt > 1:1388412/1‑150 (MQ=255) tACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑Gtt < 1:349477/150‑1 (MQ=255) tACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑Gtt < 1:1335509/150‑1 (MQ=255) cTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑Gttttt > 1:1560095/1‑150 (MQ=255) cTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑Gttttt > 2:1274915/1‑150 (MQ=255) tGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑Gtttttt < 1:131600/150‑1 (MQ=255) tGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCG‑Gttttct < 2:1715639/150‑3 (MQ=255) gcgcATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGCC‑CTAGTGCCCG‑Gttgtgtg > 2:873996/1‑145 (MQ=255) cATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGATTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGttt < 2:1810756/150‑1 (MQ=255) tCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCG‑GTTTTCTGtagca < 1:1113147/150‑5 (MQ=38) cTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATAc > 1:1229744/1‑150 (MQ=255) tGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGA‑CTAATACGCG‑CGTTTGTGTTTATACa > 2:1295881/1‑150 (MQ=255) gTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTa < 1:873996/150‑1 (MQ=255) gCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGGGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGTTCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGCCGTTCTGTCTGCTGCAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTAtt < 2:433347/150‑1 (MQ=255) ggTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGt > 2:1678389/1‑150 (MQ=255) tttCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAGACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGttt > 1:1871861/1‑150 (MQ=255) cgcgCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTAttt < 1:1678389/150‑1 (MQ=255) tGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTTGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTCAGACGTTCTGTCTGCTACATAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTGTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTAtt < 2:690241/150‑1 (MQ=255) tGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTAtt < 1:1577758/150‑1 (MQ=255) gACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTAt < 2:800096/145‑1 (MQ=255) gACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTAt > 1:800096/1‑145 (MQ=255) aaCGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTaa < 1:262208/150‑1 (MQ=255) gcgcCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTc > 2:1364282/1‑150 (MQ=255) gcgcCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTc > 1:1217001/1‑150 (MQ=255) gcgcCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGATATGTAGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTc < 1:1453762/150‑1 (MQ=255) gcCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCAt < 2:1217001/150‑1 (MQ=255) cTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGt > 1:1173945/1‑150 (MQ=255) tATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAAtt < 1:1274915/150‑1 (MQ=255) aTGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAAttt < 1:1502777/150‑1 (MQ=255) cGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTcc < 2:1560095/150‑1 (MQ=255) gAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGCACTAG‑GCCCG‑Gtt > 2:628113/1‑90 (MQ=255) gAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGCACTAG‑GCCCG‑Gtt < 1:628113/90‑1 (MQ=255) aGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCt < 1:75654/150‑1 (MQ=255) cTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGt > 1:262261/1‑150 (MQ=255) tGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTa < 2:1229744/150‑1 (MQ=255) gTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAGAACCGGGC‑CTAGGGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTCAt < 1:800163/150‑1 (MQ=255) gTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTa < 2:654438/67‑1 (MQ=255) gTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTa > 1:654438/1‑67 (MQ=255) tCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCg > 1:220645/1‑150 (MQ=255) gTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAGACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCaa < 2:1871861/150‑1 (MQ=255) cggTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAACACCGGGT‑CTAGTTCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTCCAGATTCATGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATActc < 1:1295881/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAAttgcgg < 1:1005564/150‑6 (MQ=255) gTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATActctc > 1:128033/1‑150 (MQ=255) tGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCGTGTAATCTTGCTCGTCAATActctct < 1:991211/150‑1 (MQ=255) tGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATActctct < 2:1173945/150‑1 (MQ=255) tGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTAGAACCTGTAATCTTGCTCGTCAATActctct < 1:990676/150‑1 (MQ=255) gCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATActctctc < 1:1810376/150‑1 (MQ=255) tGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTGTATACAGCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTa > 2:890127/1‑150 (MQ=255) gTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTAc < 2:1335200/150‑1 (MQ=255) gTAGAAGATGATGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACATAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATAGATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTAc > 2:1057492/1‑150 (MQ=255) tAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACa > 1:457001/1‑150 (MQ=255) aaGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGcc > 2:402692/1‑150 (MQ=255) gctgctGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGa < 1:708945/150‑1 (MQ=255) tgctgTGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGAtt > 1:79365/1‑150 (MQ=255) gctgAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTa > 1:1547694/1‑150 (MQ=255) ctgAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGCTTAg > 1:468452/1‑150 (MQ=255) tAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGc < 2:1218631/150‑1 (MQ=255) gaaGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTTATGTAAGTCATGTTATGAATTTTTCCCTTTAATCTTGTTCTTTAATACTCTCTTTATAGCCGATTAGcaagc > 2:398121/2‑146 (MQ=255) aGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTCAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTg > 1:882165/1‑113 (MQ=255) aGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAAt < 1:356792/96‑1 (MQ=255) aGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAAt > 2:356792/1‑96 (MQ=255) aGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTg < 2:882165/113‑1 (MQ=255) gTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGa > 1:376731/1‑150 (MQ=255) ttCTGTCTGCTACAGCAAACCGCGC‑AAAG‑GCTCGTGCTGGTTGTTTAGACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCCCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGaa < 2:958349/150‑1 (MQ=255) ttCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGaa < 1:1364282/150‑1 (MQ=255) ttCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGaa > 1:1242494/1‑150 (MQ=255) tgCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGaa > 1:1752604/1‑150 (MQ=255) aCAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCG‑GTTTTCTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATgg > 2:591205/1‑150 (MQ=255) aCAAAAAACCGGGCACTAG‑GACCG‑GTTTATTATTTATAAAACTATTGTTTATATCTATTGAAGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCACTGTAAACTTGCTCGTCAATCCTCTATCTACAGCCGATTAGACGGCCCTTGAAAACCGAAATgg > 2:1834039/1‑150 (MQ=255) aaaaaaCCGGGCACTAG‑GCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGgag > 1:1370154/3‑150 (MQ=255) aGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGa > 2:503049/1‑139 (MQ=255) aGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGa < 1:503049/139‑1 (MQ=255) aGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGgag < 2:128033/150‑1 (MQ=255) aaaaCCGGGCACTA‑CGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGagag < 1:1834039/150‑1 (MQ=255) aaaaCCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCt > 2:607189/1‑39 (MQ=255) aaaaCCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCt < 1:607189/39‑1 (MQ=255) aaCCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATActctctc > 2:1704597/1‑108 (MQ=255) aaCCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATActctctc < 1:1704597/108‑1 (MQ=255) ggggC‑CTAGTGCCAG‑GTTTTTTGTTTCTACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGCACTATTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCAt < 2:457001/149‑1 (MQ=255) cGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCAt < 2:262261/150‑1 (MQ=255) | CCGTCAGGGCGGCTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCG‑GTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCAT > NC_002947/564231‑564525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |