| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 413997 = | 16 (0.210) | 13 (0.220) | 7/198 | NT | 46.0% | intergenic (+14/‑189) | glnE/waaF | glutamate‑ammonia‑ligase adenylyltransferase/ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase II |
| ? | NC_002947 | 414083 = | 18 (0.310) | intergenic (+100/‑103) | glnE/waaF | glutamate‑ammonia‑ligase adenylyltransferase/ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase II | |||||
AAGTGTACAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCTGAATATAAAGAGGGGAGG > NC_002947/413850‑414136 | caccatgtcgccgacccagctggggccaatgatcagtattctcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTa < 1:1685313‑M1/2‑1 (MQ=255) gtgtACAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTC > 1:441199‑M1/1‑150 (MQ=255) ccatgtcgccgacccagctggggccaatgatcagtattctcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggccccccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTAtt < 2:184119‑M1/4‑1 (MQ=255) gtACAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGC < 1:1085982‑M1/150‑1 (MQ=255) gtACAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGC < 2:731155‑M1/150‑1 (MQ=255) gtACAAACCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCATGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGC < 1:864878‑M1/150‑1 (MQ=255) tACAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCG < 1:1736416‑M1/150‑1 (MQ=255) aCAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCATGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGG < 1:23833‑M1/150‑1 (MQ=255) aCAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGG < 1:737104‑M1/150‑1 (MQ=255) gTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCC < 2:854146‑M1/150‑1 (MQ=255) ttCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCC > 1:20802‑M1/1‑150 (MQ=255) ccGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGC < 2:1521179‑M1/150‑1 (MQ=255) gCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGGCTTGAAGTGCGGCGGATCTGGTGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCTTGCCCGCga < 1:230913‑M1/150‑3 (MQ=255) gCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTC > 2:1566853‑M1/1‑150 (MQ=255) cTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCC < 2:1065985‑M1/150‑1 (MQ=255) ggCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCAC > 2:747929‑M1/1‑150 (MQ=255) ggCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCG > 1:1270648‑M1/1‑143 (MQ=255) ggCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCG < 2:1270648‑M1/143‑1 (MQ=255) gCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACA < 1:452156‑M1/150‑1 (MQ=255) gccaatgatcagtattctcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcaca < 1:564470‑M1/26‑1 (MQ=255) gccaatgatcagtattctcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcaca < 1:1169378‑M1/26‑1 (MQ=255) gccaatgatcagtattctcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcaca < 1:381168‑M1/26‑1 (MQ=255) ccTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGCGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAG < 2:1699880‑M1/150‑1 (MQ=255) tCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGAGCACA‑TGTCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGt > 1:941782/1‑150 (MQ=255) tCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAG > 2:774240‑M1/1‑148 (MQ=255) tCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAG < 1:774240‑M1/148‑1 (MQ=255) caatgatcagtattctcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAgg > 1:1626208‑M1/123‑150 (MQ=255) ccGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGc > 2:1043961/1‑150 (MQ=255) gtattctcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggctTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGcaca < 1:1569420‑M1/37‑1 (MQ=255) ccTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCt < 1:142712/150‑1 (MQ=255) ccTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTAATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCt < 2:511141/150‑1 (MQ=255) tcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAg < 2:1183560‑M1/27‑1 (MQ=255) tcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAg > 1:1183560‑M1/108‑134 (MQ=255) cTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGAGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTg > 1:989771/1‑150 (MQ=255) tGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTGCTGCACAGGCCCTGa < 1:747929/150‑1 (MQ=255) gCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAg < 1:315560/150‑1 (MQ=255) ggaggCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAgtgt < 2:20802/150‑1 (MQ=255) gaggCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGACGATGAACGCCGTGCCGGGCGTCGTAGCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGtgtg < 2:989771/150‑1 (MQ=255) aacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggctTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATcc > 2:1569420‑M1/92‑150 (MQ=255) cgctcggggcggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCt > 1:291021‑M1/90‑150 (MQ=255) cgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCt > 1:485242‑M1/90‑150 (MQ=255) tGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCcctgt > 1:1566853‑M2/1‑145 (MQ=255) ctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggctTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCtgt > 1:462770‑M1/88‑150 (MQ=255) ctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCtgt > 1:657013‑M1/88‑150 (MQ=255) ctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCtgt > 1:1787201‑M1/88‑150 (MQ=255) aTCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGgattgcacactgctcagggcctgtgcagtacctgtgg < 2:1415397‑M1/150‑38 (MQ=255) tCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCcctgtggg > 1:380875‑M2/1‑142 (MQ=255) cGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCcctgtggga > 1:586747‑M2/1‑141 (MQ=255) 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ggcggATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGgattgcacactgctcagggcctgtgcagtacctgtgggagcgggctt > 1:357802‑M1/1‑73 (MQ=255) tCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGca > 1:770167/1‑74 (MQ=255) tCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGca < 2:770167/74‑1 (MQ=255) tCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCg > 2:413516/1‑150 (MQ=255) gggTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCcctgtgggagcgggct > 2:1035607‑M2/1‑93 (MQ=255) gggTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCcctgtgggagcgggct < 1:1035607‑M2/109‑17 (MQ=255) aggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCtgt > 2:971089‑M1/37‑99 (MQ=255) aggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCtgt < 1:971089‑M1/63‑1 (MQ=255) aaGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGt > 1:1113444/1‑118 (MQ=255) aaGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGt < 2:1113444/118‑1 (MQ=255) tACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCcctgtgg > 2:59880‑M2/1‑71 (MQ=255) tACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCcctgtgg < 1:59880‑M2/78‑8 (MQ=255) cGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCTGAATATAAAGAGGGGAgg < 1:413516/150‑1 (MQ=255) gCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCa > 1:177049/1‑51 (MQ=255) gCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCa < 2:177049/51‑1 (MQ=255) | AAGTGTACAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTG‑GCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCTGAATATAAAGAGGGGAGG > NC_002947/413850‑414136 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |