| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2472183 | 25 (0.340) | 10 (0.190) | 8/176 | NT | 37.5% | intergenic (+44/+105) | PP_2166/PP_2167 | anti‑anti‑sigma factor/PhoD‑like phosphatase |
| ? | NC_002947 | = 2472229 | 16 (0.310) | intergenic (+90/+59) | PP_2166/PP_2167 | anti‑anti‑sigma factor/PhoD‑like phosphatase | |||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GGTGCGCTCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCACCCCCGCCAGC > NC_002947/2472037‑2472329 | ggtgCGCTCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTacgac < 1:1247018/150‑1 (MQ=255) ttttgatgaacaggggcggccggcgcgggtgtaccagctggatgctggcgggggtgaggctacagagtttaaaaaccgggcgtagtgagattcagagtttttacAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGcc < 1:1314393‑M1/46‑1 (MQ=255) cgcTCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGcc < 2:1306441/150‑1 (MQ=255) gcTCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCt > 2:1574087/1‑150 (MQ=255) tCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTgc > 1:252373/1‑150 (MQ=255) cAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTgcgc < 2:1352607/150‑1 (MQ=255) cAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTgcgc > 2:710074/1‑150 (MQ=255) ggCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAt < 1:1018175/150‑1 (MQ=255) ggCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAt < 1:40040/150‑1 (MQ=255) cgcACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgt < 2:378784/150‑1 (MQ=255) cgcACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgt < 1:710074/150‑1 (MQ=255) cgcACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgt < 2:796415/150‑1 (MQ=255) cgcACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgt < 1:115955/150‑1 (MQ=255) gcACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattgggggtggacacacattgg > 1:1067089‑M1/1‑123 (MQ=255) cacaAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgtgt < 1:360592/150‑1 (MQ=255) acaAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTACAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattgggggtggacacacattggtg > 2:111109‑M1/1‑121 (MQ=255) gATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCa > 2:715089/1‑150 (MQ=255) cTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCAcccc < 1:1835020/150‑1 (MQ=255) 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cccaACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagag > 1:397887‑M2/2‑141 (MQ=255) gggggtgaggctacagagtttaaaaaccgggcgtagtgagattcagagtttttacAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCgg > 2:1913599‑M1/56‑150 (MQ=255) ccAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgg < 1:275098‑M1/150‑57 (MQ=255) ccAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCCATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgg > 1:721569‑M2/1‑140 (MQ=255) ccAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgg > 2:252373‑M2/1‑140 (MQ=255) ccAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgg > 2:1805078‑M2/1‑140 (MQ=255) cAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcggg < 2:1865157‑M1/150‑58 (MQ=255) cAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattgggggtggacacacatcggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcggg < 2:1067089‑M1/150‑58 (MQ=255) cAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcggg > 2:1885725‑M2/1‑139 (MQ=255) cAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcggg > 1:715089‑M2/1‑139 (MQ=255) 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ccGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgaccagatcatggaaggcttcgcggttgg < 1:275098‑M2/150‑95 (MQ=255) ccGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgaccagatcatggaaggcttcgcggt > 2:501762‑M2/1‑56 (MQ=255) ccGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggtttacccgc > 2:223350‑M2/1‑56 (MQ=255) ccGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggtttacccgc < 1:223350‑M2/76‑21 (MQ=255) CCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCAccccc < 1:136439‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCAccccc < 1:1752454‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCAccccc < 1:1742415‑M1/150‑1 (MQ=255) ctctcCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgaccagatcatggaaggcttcgcggttggg > 1:397887‑M1/3‑9 (MQ=255) cGCTCCTACaccttattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcctaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcatctccgctccagcgcattgaccagatcatggaaggcttcgcggttgga < 1:814957‑M1/150‑142 (MQ=255) cGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgaccagatcatggaaggcttcgcggttgga < 2:1750328‑M2/150‑96 (MQ=255) cGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgaccagatcatggaaggcttcgcggttgga > 1:1750328‑M2/1‑55 (MQ=255) gCTCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttacccgcgaagcgtgcttcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgacccgatcatggaaggcttcgcggttggag > 1:117536‑M1/1‑8 (MQ=255) GCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCACCCCCGc > 2:1742415‑M1/1‑150 (MQ=255) TCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCAAACACACGCTGTAAAAACTCTGGGTCTGACTACGCACGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCACCCCCGCCa < 1:34098‑M1/150‑1 (MQ=255) CTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCACCCCCGCCAGc < 2:4209‑M1/150‑1 (MQ=255) | GGTGCGCTCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCACCCCCGCCAGC > NC_002947/2472037‑2472329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |