| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4593823 | 70 (0.940) | 5 (0.080) | 5/208 | NT | 7.3% | intergenic (+83/+216) | mccA/PP_4068 | methylcrotonyl‑CoA carboxylase biotin‑containing subunit alpha/Cro/CI family transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | = 4593881 | 69 (1.130) | intergenic (+141/+158) | mccA/PP_4068 | methylcrotonyl‑CoA carboxylase biotin‑containing subunit alpha/Cro/CI family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GCGCTGTTTTGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGC > NC_002947/4593675‑4593971 | gcgcTGTTTTGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaaa < 1:807753/150‑1 (MQ=255) gcTGTTTTGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAgg > 2:1133097/1‑150 (MQ=255) tGTTTTGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAtacgg > 2:797979‑M1/1‑145 (MQ=255) tGTTTTGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAgggc > 1:1463938/1‑150 (MQ=255) ttGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAgggccggg < 2:740559/150‑1 (MQ=255) tGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAgggccgggc < 1:273590/150‑1 (MQ=255) ccTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCct > 1:1463935/1‑150 (MQ=255) cTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctg > 1:1130581/1‑150 (MQ=255) tGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACTGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctgc > 1:959922/1‑150 (MQ=255) gggggATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGc > 1:257570/1‑150 (MQ=255) ggATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCaa < 2:1463938/150‑1 (MQ=255) atatGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAAtc > 2:1144775/1‑150 (MQ=255) ggTCAGCGAAGGAACTGAGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTa > 2:274548/1‑150 (MQ=255) gTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTAc < 1:1812066/150‑1 (MQ=255) tCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTAcc < 1:467366/150‑1 (MQ=255) cAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTAccc < 2:336335/150‑1 (MQ=255) aGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACTGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCCCTACCCg > 2:9058/1‑150 (MQ=255) aGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAtacggtagcggcggcaacggtgagcgacggg > 2:1295084‑M1/1‑119 (MQ=255) gCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGt > 1:1329425/1‑150 (MQ=255) gAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAtacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtag > 1:812197‑M1/1‑116 (MQ=255) gAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCg > 1:1770944/1‑150 (MQ=255) gAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCg > 1:1308260/1‑150 (MQ=255) gAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCg > 2:400303/1‑150 (MQ=255) 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gtggAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTa > 1:623767/1‑150 (MQ=255) gAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGc > 1:1895277/1‑124 (MQ=255) gAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGc < 2:1895277/124‑1 (MQ=255) aaTAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTAttcg < 2:1792826‑M2/150‑5 (MQ=255) aTAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAtacggtagcggcagcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctttcgc < 1:1295084‑M1/150‑64 (MQ=255) aTAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTAttcgc < 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tAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCgt < 1:456010/150‑1 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAtacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacgggctgttgcaggggcggccttgtgttgcgttagggccgcaaagcgg < 2:426327‑M1/150‑129 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCgt < 1:828815/150‑1 (MQ=255) ggAGCGGGTTTACCCGCGAAtacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacgggctgttgcaggggcggccttgtgttgcgttagggccgcaaagc < 2:692048‑M1/146‑127 (MQ=255) gAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATc < 1:399921/103‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATc > 2:399921/1‑103 (MQ=255) tttACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTAttcgcgggtatattcgctcctacgggctgttgcaggggcggccttgtgttgcgttagggccgcaaagcggccctccggca < 1:797979‑M2/150‑81 (MQ=255) tttACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTCGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCgg > 1:178903/1‑150 (MQ=255) ttACCCGCGAAtacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacgggctgttgcaggggcggccttgtgttgcgttagggccgcaaagcggccctccggcac < 2:8085‑M1/150‑140 (MQ=255) ttACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCggg < 2:1511269/150‑1 (MQ=255) tACCCGCGAAtacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacgggctgttgcaggggcggccttgtgttgcgttagggccgcaaagcggccctccggcacc < 2:1259951‑M1/150‑141 (MQ=255) cccGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTAttcgcgggtaaacccgctcctacgggctgttgcaggggcggccttgtgttgcgttagggccgcaaagcggccctccggcaccgt < 2:812197‑M2/150‑85 (MQ=255) ccGCGAAtacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacgggctgttgcaggggcggccttgtgttgcgttagggccgcaaagcggccctccg > 1:1137494‑M1/1‑7 (MQ=255) ccGCGAAtacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacgggctgttgcaggggcggccttgtgttgcgttagggccgcaaagcggccctccg < 2:1137494‑M1/142‑136 (MQ=255) ccGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGACCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCcgc < 2:459282/133‑1 (MQ=255) ccGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGACCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCcgc > 1:459282/1‑133 (MQ=255) cgcgAAtacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacgggctgttgcaggggcggccttgtgttgcgttagggccgcaaagcggccctccggcaccgtta < 2:1480944‑M1/150‑145 (MQ=255) gcgAAtacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacgggctgttgcaggggcggccttgtgttgcgttagggccgcaaagcggccctccggcaccgttat > 1:80850‑M1/1‑5 (MQ=255) gcgAAtacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacgggctgttgcaggggcggccttgtgttgcgttagggccgcaaagcggccctccggcaccgttat < 1:838749‑M1/150‑146 (MQ=255) gcgAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTAttcgcgggtaaacccgctcctacgggctgttgcaggggcggccttgtgttgcgttagggccgcaaagcggccctccggcaccgttat < 1:1295084‑M2/150‑88 (MQ=255) cgAAtacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacgggctgttgcaggggcggccttgtgttgcgttagggccgcaaagcggccctccggcaccgttatt < 2:1792826‑M1/150‑147 (MQ=255) gAAtacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacgggctgttgcaggggcggccttgtgttgcgttagggccgcaaagcggccctccggcaccgttattc < 1:252645‑M1/150‑148 (MQ=255) aaaGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGTCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc > 1:2010/1‑150 (MQ=255) aaGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGt < 1:1592569/106‑1 (MQ=255) | GCGCTGTTTTGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGC > NC_002947/4593675‑4593971 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |