New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 726912 | 54 (0.720) | 6 (0.090) | 4/226 | NT | 10.3% | intergenic (‑156/+111) | PP_0620/PP_0621 | GntR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 726971 | 56 (0.840) | intergenic (‑215/+52) | PP_0620/PP_0621 | GntR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
CTGGCGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCAGCGCCCGGTCGTTGGGCAGGTGCACGCCG > NC_002947/726822‑727119 | cgggCGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGCCGCGTAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCaa < 1:1259619/148‑1 (MQ=255) ggCGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGTAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgc > 1:458445‑M2/1‑148 (MQ=255) gggggggggagGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgcc > 2:1062440‑M2/3‑147 (MQ=255) ggggggggaGGGGTGGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgccc > 2:1278431‑M2/2‑146 (MQ=255) cGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgccc > 2:1022313‑M2/1‑146 (MQ=255) cGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgccc > 2:1027861‑M2/1‑146 (MQ=255) gggggggAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgcccg > 1:350689‑M2/1‑145 (MQ=255) gggggggAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGGCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgcccg < 2:1613861‑M2/150‑6 (MQ=255) ggggggAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgcccgc > 2:1735902‑M2/1‑144 (MQ=255) ggggggAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAacccgc < 2:559382‑M2/150‑7 (MQ=255) ggggggggTCGTAAATGGTGTGAAGGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgcccgctcc > 1:1055521‑M2/1‑141 (MQ=255) gTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTc > 2:1593463/1‑150 (MQ=255) tAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCg > 2:315742/1‑150 (MQ=255) aaTGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGaa < 2:512134/150‑1 (MQ=255) aTGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAAt > 1:1159150/1‑150 (MQ=255) ggTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTg < 1:1655504/150‑1 (MQ=255) tgtgAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGTGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGt > 2:1513149/1‑150 (MQ=255) tgtgAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGt > 2:556193/1‑150 (MQ=255) 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ccGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgcccgctcccacagtttttatctgcaatttcgtgttccacatatccctccccgaccctttca > 1:1115679‑M2/1‑55 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgcccgctcccacagtttttatctgcaatttcgtgttccacatatccctccccgaccctttca < 2:1115679‑M2/117‑63 (MQ=255) cgcgAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgcccgctcccacagtttttatctgcaatttcgtgttccacatatccctccccgaccctttcacaccatttacgacccctcccccccgccagcattg < 1:221692‑M2/150‑97 (MQ=255) gAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACGCCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTgg < 2:57489/136‑1 (MQ=255) gAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTgg > 1:57484/1‑136 (MQ=255) gAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTgg > 1:57489/1‑136 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |