| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5382446 = | 8 (0.110) | 4 (0.070) | 3/184 | NT | 31.0% | intergenic (+18/+115) | smpB/pdhR | SsrA‑binding protein/DNA‑binding transcriptional regulator LldR |
| ? | NC_002947 | 5382544 = | 12 (0.220) | intergenic (+116/+17) | smpB/pdhR | SsrA‑binding protein/DNA‑binding transcriptional regulator LldR | |||||
GCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCGCCCTGCCCTCGACAAT > NC_002947/5382465‑5382692 | GCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTgcgc < 2:1635256‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGNTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCACTACCC‑CGCCTTCCCGCTGGGCTTCTTCGTGCgccc < 2:1186246‑M1/150‑2 (MQ=255) CCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCt < 1:1358375‑M1/150‑1 (MQ=255) GCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCa < 2:228175‑M1/150‑1 (MQ=255) CTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCAt < 2:661002‑M1/150‑1 (MQ=255) ccacaggataggcgccgggcttgaatctggtgccattcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATgca > 2:45426‑M2/72‑150 (MQ=255) aaccagaataggcggtgggctggaagctggtggcattcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATgca > 2:118826‑M2/72‑150 (MQ=255) CCANAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATgca < 2:1201265‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATgca < 2:40825‑M1/150‑1 (MQ=255) CACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATgcag < 1:534104‑M1/150‑1 (MQ=255) acaggataggcgccgggcttgaatctggtgccattcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGcc > 2:1809650‑M2/70‑94 (MQ=255) acaggataggcgccgggcttgaatctggtgccattcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGcc < 1:1809650‑M2/25‑1 (MQ=255) AGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCAc < 1:947677‑M1/150‑1 (MQ=255) tGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCAcctcct > 2:1522459/1‑150 (MQ=255) tGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCAcctcct < 1:661002/150‑1 (MQ=255) aCCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGcac > 2:979323/1‑150 (MQ=255) aTTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACa > 2:1581725/1‑150 (MQ=255) cAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACaaaa < 1:40825/150‑1 (MQ=255) aGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCCCCTCCTGCACATACAAAAtg > 1:1462958/1‑150 (MQ=255) cccGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGc < 1:1486031/62‑1 (MQ=255) cccGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGc > 2:1486031/1‑62 (MQ=255) ccGGTGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACaaa < 2:526866/144‑1 (MQ=255) ccGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACaaa > 1:526866/1‑144 (MQ=255) ccGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACACAATGTGc > 1:1342107/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGc > 2:1501831/1‑150 (MQ=255) cTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTgg > 1:784976/1‑150 (MQ=255) tATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTggt > 2:1732162/1‑149 (MQ=255) tcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCt < 1:1547140‑M2/110‑1 (MQ=255) tcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCt > 2:1547140‑M2/36‑145 (MQ=255) ctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACAcc > 1:1192445‑M2/34‑150 (MQ=255) tgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAACGTGCCGGCTGGACACCt > 1:1511707‑M2/33‑150 (MQ=255) gggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCAt > 2:54963‑M2/24‑150 (MQ=255) ccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGcttct < 2:1507511‑M2/63‑1 (MQ=255) ccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGcttct > 1:1507511‑M2/16‑78 (MQ=255) gaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATgc < 2:1611318‑M2/78‑1 (MQ=255) gaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATgc > 1:1611318‑M2/12‑89 (MQ=255) gaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCATCCGCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCAGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGCCACCTCCCGCGCAGCCCCCgccctgc > 2:226744‑M2/12‑150 (MQ=255) aggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCGCCCTGCCCTc < 1:45426‑M2/143‑1 (MQ=255) aggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCGCCCTGCCCTc < 1:1201265‑M2/143‑1 (MQ=255) gccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCGCCCTGCCCTCGa < 1:979323‑M2/145‑1 (MQ=255) ccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAACGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCGCCCTGCCCTCGAc < 2:1511707‑M2/146‑1 (MQ=255) gTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCGCCCTGCCCTCGACAAt > 1:236895‑M2/2‑150 (MQ=255) | GCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCA‑CCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCGCCCTGCCCTCGACAAT > NC_002947/5382465‑5382692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |