| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,051,348 | C→T | 8.0% | intergenic (‑240/+134) | PP_5687 ← / ← PP_4452 | MFS transporter/NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,051,348 | 0 | C | T | 8.0% | 171.1 / 4.9 | 62 | intergenic (‑240/+134) | PP_5687/PP_4452 | MFS transporter/NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/29); new base T (2/3); total (30/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
GGATTAAATCATCTTACCCCTGTATCTAAGGGTGAGAACGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCGCTCAGACTATCGCCCTGCATTACATCAGGTATCAGCTTACGCTGCA > NC_002947/5051204‑5051491 | ggATTAAATCATTTTACCCCTGTATCTAAGGGTGAGAACGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCtat < 1:762589/150‑1 (MQ=255) tcatcTTACCCCTGTATCTAAGGGTGAGAACGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAAt < 1:1891/150‑1 (MQ=255) cTTACCCCTGTATCTAAGGGTGAGAACGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGa < 1:802906/150‑1 (MQ=255) cTGTATCTAAGGGTGAGAACGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGTTAATCTGATGGATcc > 1:452732/1‑150 (MQ=255) cTGTATCTAAGGGTGAGAACGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATcc > 1:402123/1‑150 (MQ=255) tGTATCTAAGGGTGAGAACGAGAGCAAGAGGCGAAAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCa > 1:325357/1‑150 (MQ=255) tCTAAGGGTGAGAACGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCAccgc < 2:613399/150‑1 (MQ=255) aaGGGTGAGAACGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGTTCTATaa < 2:380496/125‑1 (MQ=255) aaGGGTGAGAACGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGTTCTATaa > 1:380496/1‑125 (MQ=255) aGGGTGAGAACGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAg > 1:936860/1‑150 (MQ=255) gggTGAGAACGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGTTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGc > 1:1507694/1‑150 (MQ=255) gggTGAGAACGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGc < 1:531910/150‑1 (MQ=255) tGAGAACGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCgga < 2:1595587/150‑1 (MQ=255) gagaACGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCAACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCggag < 1:1557244/150‑1 (MQ=255) aCGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGTTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGCGCGGTGGaaa < 2:1507694/150‑1 (MQ=255) aaaagCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAata < 2:677953/147‑1 (MQ=255) gagGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGc > 1:1414179/1‑150 (MQ=255) gagGCGACAATGATGTGAGCATGATATCTCCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGc > 1:1296361/1‑150 (MQ=255) gCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGAt > 2:437110/1‑150 (MQ=255) gCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGAt > 1:450867/1‑150 (MQ=255) gCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGAt > 1:1326419/1‑150 (MQ=255) gACAATGATGTGAGCATGTTGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGAt < 1:1664071/111‑1 (MQ=255) gACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGAt > 2:1664071/1‑111 (MQ=255) gACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTc > 1:10975/1‑150 (MQ=255) gACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTc > 2:1278016/1‑150 (MQ=255) aCAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTATGGCATTATCCACCCATGGGATAAAATAAAAATATGCACGTGTTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTcc < 2:65051/150‑1 (MQ=255) tgtgAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCAt > 2:1846994/1‑150 (MQ=255) cATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAatat > 1:666672/1‑150 (MQ=255) gatgTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTg > 1:1284449/1‑150 (MQ=255) ccacATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCa < 2:1127713/147‑1 (MQ=255) cgcATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAg > 2:837838/1‑150 (MQ=255) cATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGcc < 2:402123/150‑1 (MQ=255) ggTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTcccc < 2:1284449/150‑1 (MQ=255) ggTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTcccc < 1:1647693/150‑1 (MQ=255) ggTCTTAATTCTGGAATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTcccc < 2:344132/150‑1 (MQ=255) gTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCa < 2:406754/117‑1 (MQ=255) gTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCa > 1:406754/1‑117 (MQ=255) gTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCg > 2:76971/1‑150 (MQ=255) tCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTg < 1:1727583/68‑1 (MQ=255) tCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTg > 2:1727583/1‑68 (MQ=255) tCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATGCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATaaa > 1:1562576/1‑120 (MQ=255) tCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATaaa < 2:1562576/120‑1 (MQ=255) aaTTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCGCTCAg > 2:603347/1‑150 (MQ=255) ggCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCGCTCAGACTATc < 1:76971/150‑1 (MQ=255) aTTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCGCTCAGACTATCGcc > 2:973518/1‑150 (MQ=255) tATTCACCTATAAAATAAAAGAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTTATGGATCCACCGCCGAGCCGAGGAAATATCAGTGGCCATTCCCTGTCTTAAATATCTGCCATAAACATCAGCCACTCCCCGCTCAGACTATCGcccc < 2:190035/150‑2 (MQ=255) tATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCGCTCAGACTATCGCCCt < 2:185472/150‑1 (MQ=255) tCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCGCTCAGACTATCGCCCTGc < 2:1414179/150‑1 (MQ=255) tCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCGCTCAGACTATCGCCCTGc < 1:973518/150‑1 (MQ=255) ccATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAat > 2:258076/1‑99 (MQ=255) ccATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAat < 1:258076/99‑1 (MQ=255) ccATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGc > 2:1883442/1‑118 (MQ=255) ccATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGc < 1:1883442/118‑1 (MQ=255) ccATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCGCTCAGACTATCGCCCTGCATTAc > 2:1879277/1‑150 (MQ=255) cATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCAt < 2:742912/89‑1 (MQ=255) cATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCAt > 1:742912/1‑89 (MQ=255) gAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATGAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCGCTCAGACTATCGCCCTGCATTACATCAg < 2:1710432/150‑1 (MQ=255) aaaataaaaataTGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCGCTCAGACTATCGCCCTGCATTACATCAGGTAt > 2:164382/1‑150 (MQ=255) aataaaaataCGCACGTGCACTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGAGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCGCTCAGACTATCGCCCTGCATTACATCAGGTATCa < 2:452732/150‑1 (MQ=255) ataaaaataTGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCGCTCAGACTATCGCCCTGCATTACATCAGGTATCAg > 2:1820515/1‑150 (MQ=255) aaaaataTGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCGCTCAGACTATCGCCCTGCATTACATCAGGTATCAGCt < 2:936860/150‑1 (MQ=255) cACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCGCTCAGACTATCGCCCTGCATTACATCAGGTATCAGCTTACGCTGCa < 1:437110/150‑1 (MQ=255) | GGATTAAATCATCTTACCCCTGTATCTAAGGGTGAGAACGAGAGCAAGAGGCGACAATGATGTGAGCATGATGTGACCGCGCCGCATCACAGGTCTTAATTCTGGCATTATCCACCCATGGAATAAAATAAAAATATGCACGTGCTCTATAAGCTAATCTGATGGATCCACCGCCGAGCGGAGGAAATATCAGTGGCGATTCCATGTCATAAATATCTGCCATGGACATCAGCCACTCCCCGCTCAGACTATCGCCCTGCATTACATCAGGTATCAGCTTACGCTGCA > NC_002947/5051204‑5051491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |