| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,258,460 | G→T | 5.5% | L249M (CTG→ATG) | PP_4635 ← | trans‑2‑enoyl‑CoA reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,258,460 | 0 | G | T | 5.5% | 254.2 / 2.6 | 82 | L249M (CTG→ATG) | PP_4635 | trans‑2‑enoyl‑CoA reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/35); new base T (2/3); total (44/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
CATGATCTTGAAGACCATCGACAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGCCACGGTGCGAGCGCCTTCGGCCAGTACATTGGCGCCAGCCAGCGCATCGATCCACAGCTGCCAGTCCTGG > NC_002947/5258311‑5258605 | cATGATCTTGAAGACCATCGACAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAg > 2:85030/1‑150 (MQ=255)cATGATCTTGAAGACCATCGACAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAg < 1:489340/150‑1 (MQ=255) ttGAAGACCATCGACAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGACCACCGCCACATTGGCGCCGCCGCTGACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGc < 1:233030/150‑1 (MQ=255) gAAGACCATCGACAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCtt > 1:112257/1‑150 (MQ=255) gAAGACCATCGACAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCtt > 2:1778397/1‑150 (MQ=255) aGACCATCGACAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCATGTCCTGCTtgg > 1:162058/1‑150 (MQ=255) aGACCATCGACAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCATGTCCTGCTtgg > 1:162442/1‑150 (MQ=255) cATCGACAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTtggcctg > 1:638694/1‑150 (MQ=255) cATCGACAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTtggcctg > 2:1470437/1‑150 (MQ=255) cATCGACAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTtggcctg > 1:1064869/1‑150 (MQ=255) gtCGACAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTtggcctgg < 2:308197/149‑1 (MQ=255) tCGACAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTTGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTtggcctggc > 2:1808796/1‑150 (MQ=255) gACAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGccc < 1:1267517/150‑1 (MQ=255) aCAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCa < 2:683971/150‑1 (MQ=255) aCAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCa < 2:813944/150‑1 (MQ=255) gTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGc > 1:325894/1‑150 (MQ=255) tGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTtggc > 1:641163/1‑132 (MQ=255) tGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTtggc < 2:641163/132‑1 (MQ=255) ggCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGc < 2:1342968/150‑1 (MQ=255) cATCCCCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCa < 1:85030/150‑1 (MQ=255) tCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTAAGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGt > 2:537213/1‑150 (MQ=255) aCCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAg > 2:1876306/1‑150 (MQ=255) aCCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAg > 2:201865/1‑150 (MQ=255) aCCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAg > 1:667065/1‑150 (MQ=255) 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tGGCCTGGATAATCACCGACTTGAGCAGCGCCACATTGGCGCCGCCTGTCACTTCACCGGCCAGCTTCCGGATCCGCCGCCGACCGGTTTCGCCAACGGCCTGCATGGCCAGGCACAGAGCACCGCGCCGGGACATCGGCCAGGTGctat > 2:414225/1‑150 (MQ=255) ggCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCAACATTGGCGCCGCCGTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATc < 2:1754210/150‑1 (MQ=255) ccTGGGTAACCGTCCACTTTAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTATACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGAAGAAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGc < 1:407597/150‑1 (MQ=255) cTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCt > 2:1539336/1‑150 (MQ=255) cTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCt > 1:713540/1‑150 (MQ=255) cTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCt > 1:759609/1‑150 (MQ=255) gggTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCACGCCCGTTTAATACCGGTCCGGTTTGCGGGTCCCCAGTCTATCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGc < 1:1470437/150‑1 (MQ=255) ggTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTtggcctg < 1:1351733/105‑1 (MQ=255) ggTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTtggcctg > 2:1351733/1‑105 (MQ=255) ggTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGACGGTAGAGAGCGCTGcc > 2:1481885/1‑150 (MQ=255) caccGACTTGAGCTCCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGAtata < 2:1029490/150‑1 (MQ=255) caccGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGAtata > 1:885329/1‑150 (MQ=255) caccGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGAtata > 1:1914476/1‑150 (MQ=255) accGACTTGAGCACCGCCTCATCGGCGACGCCGGGCTCTGCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGATAAAGATTTTGTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAg < 1:329779/150‑1 (MQ=255) accGACTTGAGCACCGCCACATGGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTCGCCTGGCCCAGTGCAACGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAg > 1:632902/1‑150 (MQ=255) cGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTtgg > 1:793361/1‑92 (MQ=255) cGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTtgg < 2:793361/92‑1 (MQ=255) cTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGaa < 1:77636/150‑1 (MQ=255) ttGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCGTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTTCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCGAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGCGCTAGCGCTGCCGATATCGCTGCAg > 1:826996/1‑150 (MQ=255) gAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCATGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGc < 2:162058/150‑1 (MQ=255) gAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCATGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGc < 2:162442/150‑1 (MQ=255) cACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGAGCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGCCAc > 1:6742/1‑150 (MQ=255) 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acttcacCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGCCACGGTGCGAGCGCCTTCGGCCAGTACa > 2:1489000/1‑150 (MQ=255) ttcacCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGCCATGGTGCGAGCGCCTTCGGCCAGTACAtt < 2:112257/150‑1 (MQ=255) ttcacCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGCCACGGTGCGAGCGCCTTCGGCCAGTACAtt > 2:12224/1‑150 (MQ=255) ttcacCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGCCACGGTGCGAGCGCCTTCGGCCAGTACAtt > 1:1243916/1‑150 (MQ=255) acCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGCCACGGTGCGAGCGCCTTCGGCCAGTACATTGgc < 2:733019/150‑1 (MQ=255) 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gTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGCCACGGTGCGAGCGCCTTCGGCCAGTACATTGGCGCCAGCCAGCGCATc > 1:1144613/1‑150 (MQ=255) ttCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGCCACGGTGCGAGCGCCTTCGGCCAGTACATTGGCGCCAGCCAGCGCATCg > 2:63132/1‑150 (MQ=255) tttCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGCCACGGTGCGAGCGCCTTCGGCCAGTACATTGGCGCCAGCCAGCGCATCGATCCACAGCTGCCAGt > 2:1669348/1‑150 (MQ=255) ttCCATGTCCTGCTTGGCCTGGTCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGCCACGGTGCGAGCGCCTTCGGCCAGTACATTGGCGCCAGCCAGCGCATCGATCCACAGCTGCCAGTCCTg < 2:189393/149‑1 (MQ=255) gTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGGCCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGCCACGGTGCGCGCGCACTAAGCCAGTACATTGGCGCCAGCCAGCGCATCGATCCACAGCTGCCAGTCCTg < 1:1481885/150‑1 (MQ=255) cccAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGCCACGGTGCGAGCGCCTTCGGCCAGTACATTGGCGCCAGCCAGCGCATCGATCCACAGCTGCCAGTCCTgg < 1:1363353/149‑1 (MQ=255) | CATGATCTTGAAGACCATCGACAGGTACAGTGGCATCACCGGGATGGCCGAGCTGGCCTGGGTAACCACCGACTTGAGCACCGCCACATTGGCGCCGCCTTTCACTTCACCGGCCAGCTTCTGGTTCAGACGCAGGGCGGTTTCGTCCAGGTCCTGCTTGGCCTGGCCCAGTGCACCGTGCCAGTAGATCGGCCAGGTGATATCGCTGCCGATATAGCTGAAGGCCACGGTGCGAGCGCCTTCGGCCAGTACATTGGCGCCAGCCAGCGCATCGATCCACAGCTGCCAGTCCTGG > NC_002947/5258311‑5258605 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |