| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,464,990 | A→T | 8.9% | L59Q (CTG→CAG) | lipB ← | octanoyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,464,990 | 0 | A | T | 8.9% | 304.4 / 16.8 | 102 | L59Q (CTG→CAG) | lipB | octanoyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/49); new base T (4/5); total (48/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GGGCCAGCTCGATACGGCTGACCAGCTCACGCACGCCAAAGCCCAGCCGGCGCACATCCAGCAGCAGGTAGGCCACCAGCTGCCCGGGGCCATGGTAGGTGACCTGGCCGCCGCGGTCGGTCTGCACCACCGGAATGTCGCCCGGCACCAGCAGGTGCTCGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGCTCGACCAGCCAGATTTCATCCTGGCTGTCCGGGCTGCGCTGCTCGGTAAAACGACGCATGGCCTCCAGCACCGGTTCATAGGGCTGCAGGCCAAGCTCG > NC_002947/5464841‑5465139 | gggCCAGCTCGATACGGCTGACCAGCTCACGCACGCCAAAGCCCAGCCGGCGCACATCCAGCAGCAGGTAGGCCACCAGCTGCCCGGGGCCATGGTAGGTGACCTGGCCGCCGCGGTCGGTCTGCACCACCGGAATGTCGCCCGGCACca < 1:934358/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCTCGATACGGCTGACCAGCTCACGCACGCCAAAGCCCAGCCGGCGCACATCCAGCAGCAGGTAGGCCACCAGCTGCCCGGGGCCATGGTAGGTGACCTGGCCGCCGCGGTCGGTCTGCACCACCGGAATGTCGCCCGGCANcag < 2:1201302/150‑1 (MQ=255) cAGCTCGATACGGCTGACCAGCTCACGCACGCCAAAGCCCAGCCGGCGCACATCCAGCAGCAGGTAGGCCACCAGCTGCCCGGGGCCATGGTAGGTGACCTGGCCGCCGCGGTCGGTCTGCACCACCGGAATGTCGCCCGGCACcagcag > 2:1171217/1‑150 (MQ=255) 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accaccGGAATGTCGCCCGGCACCAGCAGGTGCTCGGCCtt < 1:75391/41‑1 (MQ=255) accaccGGAATGTCGCCCGGCACCAGCAGGTGCTCGGCCtt > 2:1016330/1‑41 (MQ=255) accGGAATGTCGCCCGGCACCAGCAGGTGCTCGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGCTCGAccagcca < 1:218901/83‑1 (MQ=255) accGGAATGTCGCCCGGCACCAGCAGGTGCTCGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGCTCGAccagcca > 2:218901/1‑83 (MQ=255) cGGAATGTCGCCCGGCACCAGCAGGTGCTCGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGCTCGACCAGCCAGATTTCATCCTGGCTGTCCGGGCTGCGCTGCTCGGTAAAACGACGCATGGCCTCCAGCACCGGTTCATa < 2:492921/150‑1 (MQ=255) cGGAATGTCGCCCGGCACCAGCAGGTGCTCGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGATCAATTGTCCAGATTTCATCATCGCTAACCATACAGCGCATGTTTTTAAAACGACGCATGGCCTCCAGCACCGGTTCATa > 1:425361/1‑150 (MQ=255) ggAATGTCGCCCGGCACCAGCAGGTGCTCGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGCTCGACCAGCCAGATTTCATCCTGGCTGTCCGGGCTGCGCTGCTCGGTAAAACGACGCATGGCCTCCAGCACCGGTTCATAg < 2:1827009/150‑1 (MQ=255) ggAATGTCGCCCGGCACCAGCAGGTGCTCGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGCTCGACCAGCCAGATTTCATCCTGGCTGTCCGGGCTGCGCTGCTCGGTAAAACGACGCATGGCCTCCAGCACCGGTTCATAg < 2:1512888/150‑1 (MQ=255) tCGCCCGGCACCAGCAGGTGCTCGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGCTCGACCAGCCAGATTTCATCCTGGCTGTCCGGGCTGCGCTGCTCGGTAAAACGACGCATGGCCTCCAGCACCGGTTCATAGGGCTGc < 1:721852/150‑1 (MQ=255) gCCCGGCACCAGCAGGTGCTCGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGCTCGACCAGCCAGATTTCATCCTGGCTGTCCGGGCTGCGCTGCTCGGTAAAACGACGCATGGCCTCCAGCACCGGTTCATAGGGCTGCAg > 1:1487813/1‑150 (MQ=255) gCACCTGCTGGTGC‑CGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGCTCGACCAGCCAGATTTCATCCTGGCTGTCCGGGCTGCGCTGCTCGGTAAAACGACGCATGGCCTCCAGCACCGGTTCATAGGGCTGCAgg < 1:1817857/145‑1 (MQ=255) gCACCTGCTGGTGC‑CGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGCTCGACCAGCCAGATTTCATCCTGGCTGTCCGGGCTGCGCTGCTCGGTAAAACGACGCATGGCCTCCAGCACCGGTTCATAGGGCTGCAgg > 2:1817857/1‑145 (MQ=255) gCACCAGCAGGTGCTCGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGCTCGACCAGCCAGATTTCATCCTGGCTGTCCGGGCTGCGCTGCTCGGTAAAACGACGCATGGCCTCCAGCACCGGTTCATAGGGCTGCAGGCCaa > 1:954959/1‑150 (MQ=255) aCCAGCAGGTGCTCGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGCTCGACCAGCCAGATTTCATCCTGGCTGTCCGGGCTGCGCTGCTCGGTAAAACGACGCATGGCCTCCAGCACCGGTTCATAGGGCTGCAGGCCAAGc < 1:674664/150‑1 (MQ=255) ccAGCAGGTGCTCGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGCTCGACCAGCCAGATTTCATCCTGGCTGTCCGGGCTGCGCTGCTCGGTAAAACGACGCATGGCCTCCAGCACCGGTTCATAGGGCTGCAGGCCAAGCt < 2:954959/150‑1 (MQ=255) agcagGTGCTCGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGCTCGACCAGCCAGATTTACTCCTATCTGGCCGGGCTGCGCTGCTCGGTAAAACGACGCATGGCCTCCAGCACCGGTTCATAGGGCTGCAGGCCAAGCTcg > 2:1807975/1‑150 (MQ=255) | GGGCCAGCTCGATACGGCTGACCAGCTCACGCACGCCAAAGCCCAGCCGGCGCACATCCAGCAGCAGGTAGGCCACCAGCTGCCCGGGGCCATGGTAGGTGACCTGGCCGCCGCGGTCGGTCTGCACCACCGGAATGTCGCCCGGCACCAGCAGGTGCTCGGCCTTGCCGGCCTGCCCCTGGGTGAAGACCGCAGGGTGCTCGACCAGCCAGATTTCATCCTGGCTGTCCGGGCTGCGCTGCTCGGTAAAACGACGCATGGCCTCCAGCACCGGTTCATAGGGCTGCAGGCCAAGCTCG > NC_002947/5464841‑5465139 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |