| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,614,754 | A→C | 5.3% | I273M (ATT→ATG) | hldE ← | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,614,754 | 0 | A | C | 5.3% | 324.1 / 5.9 | 111 | I273M (ATT→ATG) | hldE | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/53); new base C (2/4); total (54/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CAGCACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAGGCGCCCA > NC_002947/5614607‑5614902 | ccgCACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTAAGGAGAGATTATTGATTTTTCACCCAAATTACCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAAt < 1:134640/148‑1 (MQ=255)cAGCACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGTTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAAt < 2:333082/150‑1 (MQ=255)cAGCACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAAt > 2:1738665/1‑150 (MQ=255) 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ttCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAAt < 1:1738665/150‑1 (MQ=255) ccTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGTTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCCCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGa < 1:438393/150‑1 (MQ=255) ccTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCACGGCAAGGGTGGAAATGa < 2:1832864/150‑1 (MQ=255) tCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACa > 1:608181/1‑150 (MQ=255) tCAAGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACa > 2:796698/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |