Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,634,508 | T→G | 12.7% | intergenic (+33/+350) | putA → / ← PP_5718 | proline dehydrogenase/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase/membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,634,508 | 0 | T | G | 12.7% | 164.2 / 18.2 | 71 | intergenic (+33/+350) | putA/PP_5718 | proline dehydrogenase/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase/membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/34); new base G (4/5); total (32/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.58e-01 |
GCTGTCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCG > NC_002947/5634364‑5634651 | gCTGTCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGct > 1:389882/1‑150 (MQ=255) tGTCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGctct > 1:588156/1‑150 (MQ=255) tGTCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGctct > 2:1656716/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCGAGGCTCTcc < 1:700953/150‑1 (MQ=255) tCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGACTGATGACTATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCGAGGCTCTcc < 1:233719/150‑1 (MQ=255) aGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCGAGGCTCTCCttc < 1:621665/150‑2 (MQ=255) aTCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGc < 2:1311691/150‑1 (MQ=255) cACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGt < 2:15022/150‑1 (MQ=255) aGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGTGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCAt < 2:1175840/150‑1 (MQ=255) ttGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTc < 2:1742824/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTcc < 1:1656716/150‑1 (MQ=255) tGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGAGTGCATGTACTgcaa > 2:478530/1‑147 (MQ=255) tGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCGAGGCTCTcc < 2:1899948/125‑1 (MQ=255) tGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCGAGGCTCTcc > 1:1899948/1‑125 (MQ=255) ggAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGc < 2:1478895/150‑1 (MQ=255) gAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCCCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCa > 1:1347871/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAgg < 1:587712/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑GGCTGTGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAgg < 1:1152648/150‑1 (MQ=255) ccTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCGAGGCtctc > 2:1132193/1‑117 (MQ=255) ccTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCGAGGCtctc < 1:1132193/117‑1 (MQ=255) tGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTACCGCCTTCCGGAGGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTg < 1:1377190/150‑1 (MQ=255) tGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTg < 1:1542021/150‑1 (MQ=255) ggTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTgg < 2:343644/150‑1 (MQ=255) tCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGAc > 1:824911/1‑150 (MQ=255) 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1:813704/1‑124 (MQ=255) gcgcgGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTg < 2:181282/150‑1 (MQ=255) gggAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCATTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCAc < 2:267187/148‑1 (MQ=255) gAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCa < 1:622573/150‑1 (MQ=255) tGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACg > 1:316102/1‑150 (MQ=255) gAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGt > 2:1857368/1‑150 (MQ=255) 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tAACTCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGCAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTg > 2:505185/1‑150 (MQ=255) aaCGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTgg < 2:454222/150‑1 (MQ=255) aaCGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTgg > 2:147065/1‑150 (MQ=255) aaCGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTCGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTgg < 2:389882/150‑1 (MQ=255) aCGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTggg < 2:316591/150‑1 (MQ=255) aGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTACTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGtct > 1:1116190/1‑150 (MQ=255) gatgaCCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTCCtgt > 2:885107/1‑150 (MQ=255) atgaCCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCtgtt < 1:147065/150‑1 (MQ=255) aTTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTAcc > 2:1429917/1‑150 (MQ=255) aTTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTAcc < 2:824911/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttgAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTCTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGATGTTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTGCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCg < 1:312618/150‑1 (MQ=255) gaagaagaaGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAACAGGCGCAGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGAGTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGc > 2:366097/1‑150 (MQ=255) agaagaagGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATtctc > 2:1416014/1‑145 (MQ=255) agaagaagGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATtctc > 2:1415920/1‑145 (MQ=255) agaagaagGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATtctc < 1:1415920/145‑1 (MQ=255) agaagaagGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATtctc < 1:1416014/145‑1 (MQ=255) gaagaagGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGc > 2:1430819/1‑150 (MQ=255) aagaagGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGt < 1:177504/85‑1 (MQ=255) aagaagGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGt > 2:177504/1‑85 (MQ=255) aaaagGAGAGCCGAGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCt > 1:258445/3‑150 (MQ=255) aagGAGAGCCGAGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTgg > 1:459681/1‑150 (MQ=255) agGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTggg > 1:1094497/1‑150 (MQ=255) ggAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTgg < 2:343249/99‑1 (MQ=255) ggAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTgg > 1:343249/1‑99 (MQ=255) agagCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACCTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATCCTCGGCCGCCTGGGCCg > 2:235870/1‑150 (MQ=255) | GCTGTCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGCGGGTG‑GTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAAGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCG > NC_002947/5634364‑5634651 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |