| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,641,511 | C→G | 7.4% | Q375E (CAG→GAG) | PP_4951 → | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,641,511 | 0 | C | G | 7.4% | 320.7 / 12.5 | 104 | Q375E (CAG→GAG) | PP_4951 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/37); new base G (5/3); total (63/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
ATCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTACTGCGGC > NC_002947/5641364‑5641659 | aTCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAg < 1:984826/150‑1 (MQ=255) tCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGCACATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGt < 1:593544/150‑1 (MQ=255) cGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACt < 2:1274379/150‑1 (MQ=255) 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ttcatcgcAGTGAACTGCATGGAGTTCACTGCGCTGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGTGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGa > 1:746213/6‑121 (MQ=38) ttcatcgcAGTGAACTGCATGGAGTTCACTGCGCTGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGTGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGa < 2:746213/116‑1 (MQ=38) gggCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCt < 2:1733880/134‑1 (MQ=255) gggCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCt > 1:1733880/1‑134 (MQ=255) gcgcAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTgg < 2:90109/150‑1 (MQ=255) gcgcAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTgg < 1:518625/150‑1 (MQ=255) 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gTGAACTGCATGGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGggcggc > 1:1336712/1‑150 (MQ=255) tGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCt > 1:1379312/1‑150 (MQ=255) cTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTAc > 2:1276340/1‑150 (MQ=255) ccATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTACTg < 1:1623244/150‑1 (MQ=255) cATGGAGTTCACTGCGCTGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTACTGc < 1:811053/150‑1 (MQ=255) cATGGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTACTGc > 2:1345625/1‑150 (MQ=255) cATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGTTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTggg < 1:1068935/138‑1 (MQ=255) cATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTggg < 1:332216/138‑1 (MQ=255) cATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTggg > 2:332216/1‑138 (MQ=255) cATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTggg > 2:1068935/1‑138 (MQ=255) tGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGc > 1:1079323/1‑99 (MQ=255) gCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTACTGCggc > 1:1833570/1‑150 (MQ=255) | ATCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTACTGCGGC > NC_002947/5641364‑5641659 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |