| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,689,782 | A→T | 6.0% | P56P (CCT→CCA) | pilH ← | twitching motility protein PilH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,689,782 | 0 | A | T | 6.0% | 255.7 / 6.4 | 85 | P56P (CCT→CCA) | pilH | twitching motility protein PilH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/38); new base T (3/2); total (44/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
ACCGGTTTGGTCAGGAAGTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTCGGTCAATCTGTACATCTCTGTCGGCGAGTCGTCGA > NC_002947/5689633‑5689930 | aCCGGTTTGGTCAGGAAGTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCa > 1:301612/1‑150 (MQ=255) gTCAGGAAGTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACg > 2:64659/1‑150 (MQ=255) gTCAGGAAGTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACg > 2:893072/1‑150 (MQ=255) tCAGGAAGTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCTGGCATGaacg < 2:1605153/150‑4 (MQ=255) tCAGGAAGTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCTGGCATGaacg > 1:1605153/1‑147 (MQ=255) tCAGGAAGTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCAt < 2:688739/145‑1 (MQ=255) tCAGGAAGTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCAt > 1:688739/1‑145 (MQ=255) tCAGGAAGTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGa > 2:1777046/1‑150 (MQ=255) tCAGGAAGTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGa > 2:219362/1‑150 (MQ=255) tCAGGAAGTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGa > 2:828485/1‑150 (MQ=255) aGGAAGTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCCCGATCACTGGAATAGCGCTCGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGCAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATg > 1:878801/1‑150 (MQ=255) aGGAAGTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTCGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATg > 2:1790182/1‑150 (MQ=255) ggAAGTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGt < 1:828485/150‑1 (MQ=255) gtccccggCACCCTGGCGCGTGGCCCCGCTCCGGTCGGTTTTCTGGCCCTTGGCGGTTACCACGATCCCTGGAACAGCGCTGGTGTCGGGGTCCTTGCTGCGCTGGCGGGCGGACTCGAAGCCGTTCATCCCCGCCATGACGATGTCCAt < 2:384455/144‑1 (MQ=255) gTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCAt < 1:1263111/150‑1 (MQ=255) aCGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAg > 1:1503666/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGt > 2:1517775/1‑150 (MQ=255) tGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCg < 2:1398581/150‑1 (MQ=255) tGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCg < 2:396538/150‑1 (MQ=255) cgcgTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGc < 1:1226612/150‑1 (MQ=255) cgTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCtt < 1:893072/150‑1 (MQ=255) gCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTcc < 1:199871/150‑1 (MQ=255) cAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGa < 2:1124442/115‑1 (MQ=255) cAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGa > 1:1124442/1‑115 (MQ=255) gtcggtTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCTCGATCACTGGAATAGCGCTGTTGTGCGTGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCgggttcc < 1:1500128/150‑5 (MQ=255) gtcggtTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCgggccag < 2:1106571/150‑1 (MQ=255) tcggtTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCgggccagg > 1:1194548/1‑150 (MQ=255) tcggtTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCgggccagg < 1:299780/150‑1 (MQ=255) ttGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCa > 1:645093/1‑88 (MQ=255) ttGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCa < 2:645093/88‑1 (MQ=255) ggtTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGtt < 1:1777046/150‑1 (MQ=255) gtTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTg > 2:1250568/1‑150 (MQ=255) gtTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTg < 1:1359813/150‑1 (MQ=255) cACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCCCGACGTCGGCACCGTTGC‑TGGc > 1:110948/1‑150 (MQ=255) aCGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TNGcc < 2:1194548/150‑1 (MQ=255) cGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCt < 1:1517775/150‑1 (MQ=255) gATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTTCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCtt > 1:523427/1‑150 (MQ=255) gATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCtt > 2:401131/1‑150 (MQ=255) tCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGa < 1:64659/150‑1 (MQ=255) gcACTGGAGTGGCGGTGGTGGCCGGGTGCGTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCGGGAAGCCGTTCAGGCCAGGCATGAGGATGTCCATCGGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGa < 2:878801/149‑1 (MQ=255) tGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCAt > 1:959734/1‑81 (MQ=255) tGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCAt < 2:959734/81‑1 (MQ=255) ggAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGACCCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCAcc < 1:415659/150‑1 (MQ=255) gAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCt < 1:1250568/150‑1 (MQ=255) aTAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTgg < 2:301612/150‑1 (MQ=255) aTAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTgg < 2:1310022/150‑1 (MQ=255) tAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCAACAAGCACGGCGTCGGGCGTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGt > 1:1668775/1‑150 (MQ=255) gcgcTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGGGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAg < 2:1144408/150‑1 (MQ=255) gcTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGcc > 1:1622034/1‑150 (MQ=255) tGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGNCGt < 2:1189779/150‑1 (MQ=255) gtgtCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCtt > 1:1221071/1‑86 (MQ=255) gtgtCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCtt < 2:1221071/86‑1 (MQ=255) tCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCAcc < 2:1434818/135‑1 (MQ=255) tCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCGTGAGCAcc > 1:1434818/1‑135 (MQ=255) cGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGGCTATCACACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTc < 2:1418328/150‑1 (MQ=255) ggTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCCCCTGGTAGCCGTGCTTTTCCa < 1:43796/150‑1 (MQ=255) gTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAg > 1:668629/1‑150 (MQ=255) cTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCCGGCATGACATAGTCGATCAGCACCGCGGCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTGTCCAGCCa > 2:737901/1‑150 (MQ=255) gCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTc < 1:219362/150‑1 (MQ=255) gCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTc > 1:263273/1‑150 (MQ=255) gCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTc > 1:1660772/1‑150 (MQ=255) tGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTCGGTCaag > 1:303826/1‑149 (MQ=255) tGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTCGGTCAAt > 2:160331/1‑150 (MQ=255) ggCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTCGGTCAATc > 2:1132662/1‑150 (MQ=255) gggTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTCGGTCAATCTGt > 1:1637278/1‑150 (MQ=255) gCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAg < 2:1793605/104‑1 (MQ=255) gCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAg > 1:1793605/1‑104 (MQ=255) ccTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGa > 2:1715412/1‑102 (MQ=255) ccTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGa < 1:1715412/102‑1 (MQ=255) ccTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTCGGTCAATCTGTACAtct > 1:451398/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGt > 1:1101342/1‑80 (MQ=255) cTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGt < 2:1101342/80‑1 (MQ=255) cTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCACCCATTCGGTCCATCTGTACAtctc > 2:773739/1‑150 (MQ=255) tGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGTCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTCGGTCAATCTGTACATctct > 2:1898038/1‑150 (MQ=255) tGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTCGGTCAATCTGTACATctct > 2:127292/1‑150 (MQ=255) gAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGc > 1:968868/1‑100 (MQ=255) gAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGc < 2:968868/100‑1 (MQ=255) acatcgtCATGCCTGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTCGGTCAATCTGTACATCTCTGTCg > 1:1638625/7‑150 (MQ=255) atcgtCATGCCTGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑Tg < 2:763827/83‑1 (MQ=255) atcgtCATGCCTGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑Tg > 1:763827/5‑87 (MQ=255) gTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTCGGTCAATCTGTACATCTCTGTCGGCGa < 1:401131/150‑1 (MQ=255) tGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTCGGTCAATCTGTACATCTCTGTCGGCGAgtcgt < 2:668629/150‑1 (MQ=255) tGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTACTTGAAATAGGGTAACGAG‑ACGCTTTCGTGTCCAGCCATTCGGTCAATCTCTACATCTCTGTCGGCGAgtcgt > 1:697671/1‑150 (MQ=255) cAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTTGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCg < 1:1676956/71‑1 (MQ=255) cAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTTGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCg > 2:1676956/1‑71 (MQ=255) cAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTCGGTCAATCTGTACATCTCTGTCGGCGAGTCGTCGa > 2:909127/1‑150 (MQ=255) | ACCGGTTTGGTCAGGAAGTCACGGGCACCCTGGCGCGTGGCCCAGATACGGTCGGTTTCCTGGTCCTTGGTGGTTACCACGATCACTGGAATAGCGCTGGTGTCCGGGTCCTTGCTGAGCTGGCGGGTGGCCTGGAAGCCGTTCATGCCAGGCATGACGATGTCCATCAGCACCGCGTCGGGCTTGTCCTGCCGGGCCAGGGCCACGCCGTCGGCACCGTTGC‑TGGCCTTGAGCACCTGGTAGCCGTGCTTTTCCAGCCATTCGGTCAATCTGTACATCTCTGTCGGCGAGTCGTCGA > NC_002947/5689633‑5689930 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |