| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,748,358 | G→T | 5.9% | P560T (CCA→ACA) | typA ← | ribosome associated GTPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,748,358 | 0 | G | T | 5.9% | 321.4 / 5.5 | 100 | P560T (CCA→ACA) | typA | ribosome associated GTPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/52); new base T (3/3); total (45/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TAACTCAGTTCTTGGCTTTCTTGGCTGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCGGTACCAGGGCGATGACTTCGTCTTTGCCCGAAGCACGCATGTTGTCGAGCTTCTTGCCTTTGGTCGGGTTCACGCCCAGGTCGTTGTCACGGCTGTTCAGGCCGATGATCTGACCGTTGTAGATCTCCTGGCCGTGTTCAACGAA > NC_002947/5748211‑5748505 | tAACTCAGTTCTTGGCTTTCTTGGCTGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCg > 2:788346/1‑150 (MQ=255)tAACTCAGTTCTTGGCTTTCTTGGCTGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCg < 1:788346/150‑1 (MQ=255) aaCTCAGTTCTTGGCTTTCTTGGCTGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCgg < 1:1114290/150‑1 (MQ=255) aCTCAGTTCTTGGCTTTCTTGGCTGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCGGt > 1:1924913/1‑150 (MQ=255) cTCAGTTCTTGGCTTTCTTGGCTGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCGGTa > 1:1831807/1‑150 (MQ=255) tCAGTTCTTGGCTTTCTTGGCTGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGTGGTAc > 2:1438535/1‑150 (MQ=255) tCAGTTCTTGGCTTTCTTGGCTGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCGGTAc > 2:561947/1‑150 (MQ=255) tCAGTTCTTGGCTTTCTTGGCTGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCGGTAc > 2:1523560/1‑150 (MQ=255) ttcttggctttcttggctGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCGGTACCAgg > 2:259123/1‑150 (MQ=255) ttcttggctttcttggctGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCGGTACCAgg < 1:898693/150‑1 (MQ=255) cttggctttcttggctGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCGGTACCAGGGc > 1:53199/1‑150 (MQ=255) ttggctttcttggctGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCGGTACCAGGGCg > 2:141524/1‑150 (MQ=255) ggctttcttggctGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCGGTACCAGGGCGAt < 1:1047547/150‑1 (MQ=255) ggctttcttggctGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCGGTACCAGGGCGAt < 1:1695466/150‑1 (MQ=255) ctttcttggctGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACCGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGACGGCGTGGCGAACTGGCGGTACCAGGGCGATGa > 2:241322/1‑150 (MQ=255) ttcttggctGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCGGTACCAGGGCGATGACt > 2:1636066/1‑150 (MQ=255) cttggctGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCGGTACCAGGGCGATGACTTc < 2:1464229/150‑1 (MQ=255) cttggctGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCGGTACCAGGGCGATGACTTc > 2:688568/1‑150 (MQ=255) 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tGGCGGTACCAGGGCGATGACTTCGTCTTTGCCCGAAGCACGCATGTTGTCGAGCTTCTTGCCTTTGGTCGGGTTCACGCCCAGGTCGTTGTCACGGCTGTTCAGGCCGATGATCTGACCGTTGTAGATCTCCTGGCCGTGTTCAACGaa < 1:1335823/150‑1 (MQ=255) | TAACTCAGTTCTTGGCTTTCTTGGCTGCGCGGGTACGCTCGCCTTCGTCCAGGATCTTCTTGCGCAGACGGATCGACTTAGGAGTCACTTCGCACAGCTCGTCGTCCTGGATGAATTCCAGGGCCTGCTCGAGGGTGTGGCGAACTGGCGGTACCAGGGCGATGACTTCGTCTTTGCCCGAAGCACGCATGTTGTCGAGCTTCTTGCCTTTGGTCGGGTTCACGCCCAGGTCGTTGTCACGGCTGTTCAGGCCGATGATCTGACCGTTGTAGATCTCCTGGCCGTGTTCAACGAA > NC_002947/5748211‑5748505 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |