Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,761,357 | T→A | 6.9% | L118Q (CTG→CAG) | gpmI → | 2,3‑bisphosphoglycerate‑independent phosphoglycerate mutase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,761,357 | 0 | T | A | 6.9% | 269.0 / 9.3 | 87 | L118Q (CTG→CAG) | gpmI | 2,3‑bisphosphoglycerate‑independent phosphoglycerate mutase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/41); new base A (3/3); total (43/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.50e-01 |
GAACCTCGGCGCAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTG‑‑GTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCATCGAA > NC_002947/5761211‑5761505 | gAACCTCGGCGCAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGActgct > 2:119443/1‑150 (MQ=255) aCCTCGGCGCAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGt < 2:270682/150‑1 (MQ=255) tCGGCGCAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCg > 2:430549/1‑150 (MQ=255) ggCGCAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGAt < 1:1044717/150‑1 (MQ=255) ggCGCAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGAt < 1:1047139/150‑1 (MQ=255) gcgcAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGAtg < 1:1608595/150‑1 (MQ=255) cAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGAtggtg < 1:584370/150‑1 (MQ=255) cAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGAtggtg < 1:1035363/150‑1 (MQ=255) cAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAACGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGAtggtg < 1:346544/150‑1 (MQ=255) ggTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATggtggt < 1:1215550/150‑1 (MQ=255) tCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGgtgt > 1:45550/1‑150 (MQ=255) cgtcgtGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTaca < 1:181521/150‑1 (MQ=255) tcgtGTATCCGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCGATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCGCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTAcaca > 2:1454986/1‑150 (MQ=255) tcgtGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTAcaca < 1:1080869/150‑1 (MQ=255) tcgtGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTAcaca < 2:45550/150‑1 (MQ=255) gtATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGcca > 2:2220/1‑150 (MQ=255) tCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGccacca > 1:564229/1‑150 (MQ=255) tCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGccacca > 1:902624/1‑150 (MQ=255) tCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGccacca > 1:1300977/1‑150 (MQ=255) tCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCATCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGccacca > 2:740485/1‑150 (MQ=255) aGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACAGCAGTCCGag < 1:192537/128‑2 (MQ=255) aGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACAGCAGTCCGag > 2:192537/1‑127 (MQ=255) gACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCCTCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGAc < 2:714424/150‑1 (MQ=255) gACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGccac > 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aTCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTG‑‑GTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGTCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCa < 1:1898497/146‑1 (MQ=255) aTCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTG‑‑GTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGTCCGAGACACCCCGCCACGCAGCGCGCa > 2:1898497/1‑146 (MQ=255) aTCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTG‑‑GTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGcc < 2:1701975/121‑1 (MQ=255) aTCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTG‑‑GTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGcc > 1:1701975/1‑121 (MQ=255) aTCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTG‑‑GTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAgtcg > 2:513359/1‑150 (MQ=255) ccTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCAGCAGGACCACTTG‑‑GTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAgtcgtc < 1:1051214/150‑1 (MQ=255) cTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTG‑‑GTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTcc > 1:1910097/1‑150 (MQ=255) tCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTG‑‑GTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCa < 1:1530583/150‑1 (MQ=255) ggACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTG‑‑GTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCATc < 1:1658132/150‑1 (MQ=255) ggACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTG‑‑GTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCATc < 2:636490/150‑1 (MQ=255) ctgctgTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTG‑‑GTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCATCGaa < 1:1821181/150‑1 (MQ=255) | GAACCTCGGCGCAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTG‑‑GTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCATCGAA > NC_002947/5761211‑5761505 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |