| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,928,771 | G→A | 5.9% | R112C (CGC→TGC) | fbpA ← | iron ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,928,771 | 0 | G | A | 5.9% | 246.4 / 4.6 | 84 | R112C (CGC→TGC) | fbpA | iron ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/38); new base A (3/2); total (44/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
CGCAGGCACAGACGGCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGC > NC_002947/5928632‑5928916 | cgcAGGCACAGACGGCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGTTAATTGGAGTAGATGCTGACGCGGATCTCGTATGC‑CGTGTCGTGCTAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGcc > 1:1375310/1‑150 (MQ=255) gcAGGCACAGACGGCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCg > 2:1557884/1‑150 (MQ=255) ggCACAGACGGCCTTCCCAGCGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGa < 2:125034/150‑1 (MQ=255) gCACAGACGGCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGAGCGG‑GCGAGCAGGCTGAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGAt > 1:881813/1‑150 (MQ=255) acaGACGGCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTgc > 1:189105/1‑140 (MQ=255) acaGACGGCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTgc < 2:189105/140‑1 (MQ=255) cGGCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTgg < 2:1832156/150‑1 (MQ=255) ggCCTTCCCCTTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCACCTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGt < 2:54385/150‑1 (MQ=255) ggCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCt > 1:1607297/1‑147 (MQ=255) ggCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGt > 2:777766/1‑150 (MQ=255) ggCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGt < 1:402063/150‑1 (MQ=255) ggCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGt > 2:1144946/1‑150 (MQ=255) ggCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGt > 2:402063/1‑150 (MQ=255) ggCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGGACTGCGCCGGGATGTTCt < 2:1607297/147‑1 (MQ=255) gCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTc < 2:418102/150‑1 (MQ=255) cTTCCCCCTGTTTGACAGCTAGGGTTTCGGAGGTGCTGAACTCCTCGGGTTTGAGCTGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGa < 2:116460/150‑1 (MQ=255) cTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTa < 2:1702449/127‑1 (MQ=255) cTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTa > 1:1702449/1‑127 (MQ=255) cTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGa > 2:350583/1‑150 (MQ=255) cTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGa < 2:1061502/150‑1 (MQ=255) ttCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGAt < 1:665382/150‑1 (MQ=255) ccACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGAc < 1:1144946/150‑1 (MQ=255) ccACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGAc < 1:1899171/150‑1 (MQ=255) cACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACg > 2:1874453/1‑150 (MQ=255) 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tAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGATCCGG‑TCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATg < 1:1057880/150‑1 (MQ=255) gCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCAt < 2:1375310/150‑1 (MQ=255) cTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATc > 2:1617809/1‑150 (MQ=255) tCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCt > 2:577516/1‑150 (MQ=255) tcctcGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGAt > 2:1910229/1‑125 (MQ=255) tcctcGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGAt < 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tcGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCAGTACCGCGcctcgt > 2:1478245/1‑90 (MQ=255) cGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCt < 2:813427/150‑1 (MQ=255) tttGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGa > 2:1682141/1‑101 (MQ=255) tttGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGa < 1:1682141/101‑1 (MQ=255) taCCTGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAg > 2:968259/2‑150 (MQ=255) gACCCGCTCGGTGGAGGAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCGGCTCGGCCGGCCACAg > 2:974514/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) tGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCg > 1:1578877/1‑144 (MQ=255) ggACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGAt > 1:75639/1‑150 (MQ=255) gACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATg > 1:1724462/1‑150 (MQ=255) gAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATgcgc > 1:1154153/1‑150 (MQ=255) gAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATgcgc < 2:75639/150‑1 (MQ=255) ccggCGCAGTACCGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATgcgc > 2:1770607/3‑150 (MQ=255) ggCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTg > 2:1688844/1‑150 (MQ=255) gcgcGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGc > 1:689117/1‑150 (MQ=255) | CGCAGGCACAGACGGCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGG‑GCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGC > NC_002947/5928632‑5928916 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |