| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,963,907 | C→A | 9.4% | I217I (ATC→ATA) | PP_5229 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,963,907 | 0 | C | A | 9.4% | 250.6 / 9.9 | 85 | I217I (ATC→ATA) | PP_5229 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/38); new base A (3/5); total (42/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 | |||||||||||
CTGTTCGGTGAAGAACAGCGCCGGGAAGTAGGCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCTATATCGCCGAGGTGCTTGGCCGCGTTGTGCCACGCGTCACCCAGACCCTGCGCCCGGTACGCTGATGAAACGCCAGCTGGAGGCTTATTGCGCACACCTGCGCAACGAGCGCCAGGTGTCGGAGCACACCTCGCAGGGCTACCGTCGCGACCTG > NC_002947/5963761‑5964056 | cTGTTCGGTGAAGAACAGCGCCGGGAAGTAGGCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCTATATCGcc < 2:1008030/150‑1 (MQ=255) gTTCGGTGAAGAACAGCGCCGGGAAGTAGGCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCTATATCGCCGa > 2:85018/1‑150 (MQ=255) ggTGAAGAACAGCGCCGGGAAGTAGGCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCTATATCGCCGAGGTg < 1:756900/150‑1 (MQ=255) ggTGAAGAACAGCGCCGGGAAGTAGGCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCGATATAGCCGAggaa > 2:270995/1‑148 (MQ=255) tGAAGAACAGCGCCGGGAAGTAGGCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCTATATCGCCGAGGTGCt > 1:1119147/1‑150 (MQ=255) tGAAGAACAGCGCCGGGAAGTAGGCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCGATATAGCCGAggaaaa < 1:1546108/150‑5 (MQ=255) gaagaaCAGCGCCGGGAAGTAGGCTCCAGCGCCGTGGGAGCTCTTGAGTACCAACGGCTAAATGGGGGTCTGGACACCGGCAGCCGCGACACGCTACACCACACGATCAGCATCGGTACCCTTTTCCTCACATACATCGACGAgaccctt > 2:679599/1‑144 (MQ=255) gaagaaCAGCGCCGGGAAGTAGGCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCGATATAGCCGAggaaaag < 1:1494092/150‑6 (MQ=255) gaagaaCAGCGCCGGGAAGTAGGCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCGATATAGCCGAggaaaag < 1:270995/150‑6 (MQ=255) aagaaCAGCGCCGGGAAGTAGGCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCTATATCGCCGAGGTGCTTg > 1:587774/1‑150 (MQ=255) aaCAGCGCCGGGAAGTAGGCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCTATATCGCCGAGGTGCTTGGcc < 1:1734284/150‑1 (MQ=255) gcgcCGGGAAGTAGGCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCTATATCGCCGAGGTGCTTGGCCGCGt < 1:1092167/150‑1 (MQ=255) gcgcCGGGAAGTAGGCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCTATATCGCCGAGGTGCTTGGCCGCGt > 2:23518/1‑150 (MQ=255) ccGGGAAGTAGGCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCTATATCGCCGAGGTGCTTGGCCGCGTtgt < 2:587774/150‑1 (MQ=255) aGGCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCTATATCGCCGAGGTGCTTGGCCGCGTTGTGCCACGCGt < 1:822484/150‑1 (MQ=255) ggCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCTATATCGCCGAGGTGCTTGGCCGCGTTGTGCCACGCGTc > 2:1169435/1‑150 (MQ=255) ggCTCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGCTATATCGCCGAGGTGCTTGGCCGCGTTGTGCCACGCGTc > 2:1504269/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGCCGTGGCAGCTCTTGAGTACCAGGGGCTGCATGGGGTTCTGGCCATCGGCAGCCGCGACCCGCAACACTACAAGAGCAGCGTCGGTACCCTTTTCCTCGGATATATCGCCGAGGTGCTTGGCCGCGTTGTGCCACGCGTCAcc < 2:716854/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |