| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,125,913 | G→T | 9.9% | G218W (GGG→TGG) | PP_5374 → | choline/carnitine/betaine transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,125,913 | 0 | G | T | 9.9% | 234.3 / 10.1 | 80 | G218W (GGG→TGG) | PP_5374 | choline/carnitine/betaine transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/31); new base T (4/4); total (45/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
CGCTGAGCATGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGT > NC_002947/6125767‑6126061 | cGCTGAGCATGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGc > 2:1903128/1‑150 (MQ=255) cTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGtt < 1:694774/150‑1 (MQ=255) cTCGATCCTTTACCCGCTGACTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTCCCGGGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTGGCTGGGCCTGGGCGTGGTTCAAATGAACCCCGGGCGGAGCCAGGTGtt > 2:815503/1‑150 (MQ=255) tCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGttt < 2:1567438/150‑1 (MQ=255) gATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTAGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGa < 1:1530668/150‑1 (MQ=255) aTCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCTGGCTCAGCCCGGTGttcatt < 2:1640167/150‑5 (MQ=255) tCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCTGGCTCAGCCCGGTGttcattt < 2:184051/150‑6 (MQ=255) ccGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATc > 2:720823/1‑150 (MQ=255) ccGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATc < 2:1363611/150‑1 (MQ=255) cGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCa > 1:1914837/1‑150 (MQ=255) gCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCTGGCTCAGCCCGGTGttc < 2:1907438/136‑2 (MQ=255) gCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCTGGCTCAGCCCGGTGttc > 1:1907438/1‑135 (MQ=255) gCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAg < 1:1903128/150‑1 (MQ=255) cTGATTGGTGCGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGc < 2:782294/126‑1 (MQ=255) cTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGc > 1:782294/1‑126 (MQ=255) ttGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTgg < 1:790510/150‑1 (MQ=255) tgggTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACACGTGGTGGACATCCTCGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTgg < 1:244097/148‑1 (MQ=255) tGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCCGGGCCTGGGCGTTGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTggg < 1:1288954/150‑1 (MQ=255) ggTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTgggg < 2:1666683/150‑1 (MQ=255) gAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTg < 1:996398/150‑1 (MQ=255) aGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCTGGCTCAGCCCGGTGttcat > 2:914963/1‑124 (MQ=255) aGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCTGGCTCAGCCCGGTGttcat < 1:914963/127‑4 (MQ=255) cgcATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGa > 2:1802363/1‑112 (MQ=255) cgcATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGa < 1:1802363/112‑1 (MQ=255) gcATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGa > 2:1539363/1‑150 (MQ=255) gcATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGa > 1:362824/1‑150 (MQ=255) aTCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATc > 1:522979/1‑150 (MQ=255) aTCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATc > 1:565656/1‑150 (MQ=255) tGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCtt < 1:914365/150‑1 (MQ=255) cccATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATc < 1:1225347/150‑1 (MQ=255) ggACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTc > 2:1738922/1‑150 (MQ=255) aTGTAGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATCAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCCGATCACCTTGATCGTGCTCATTa < 2:947654/150‑1 (MQ=255) gtggACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTc > 1:208204/1‑150 (MQ=255) gtggACATACTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTc > 1:1836913/1‑150 (MQ=255) ggACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGt > 2:106855/1‑150 (MQ=255) 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tggtgATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATc > 1:1213266/1‑92 (MQ=255) tggtgATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATc < 2:1213266/92‑1 (MQ=255) tggtgATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCgg > 2:425775/1‑150 (MQ=255) aCCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAAGTGCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGcc > 1:1295602/1‑150 (MQ=255) aCCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGcc < 2:1879811/150‑1 (MQ=255) gcgTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGCTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGc > 1:693744/1‑150 (MQ=255) 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ccGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCgg > 1:796443/1‑150 (MQ=255) gggCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCggt > 2:1018666/1‑149 (MQ=255) gggCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCggt < 1:1018666/149‑1 (MQ=255) | CGCTGAGCATGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGT > NC_002947/6125767‑6126061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |