| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 77,500 | A→T | 10.8% | L15H (CTC→CAC) | rsmB ← | ribosomal RNA small subunit methyltransferase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 77,500 | 0 | A | T | 10.8% | 226.5 / 15.7 | 85 | L15H (CTC→CAC) | rsmB | ribosomal RNA small subunit methyltransferase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/37); new base T (6/3); total (44/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.56e-01 | |||||||||||
GCTTTTGCAGCAGCTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCAGGCTCAGG > NC_002947/77351‑77648 | gCTTTTGCAGCAGCTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGa < 2:751298/150‑1 (MQ=255) agcagcTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCg < 2:1636650/150‑1 (MQ=255) gcTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCa < 1:102333/150‑1 (MQ=255) gcTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCa > 1:158795/1‑150 (MQ=255) tgCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAgcgc > 2:1750679/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACg < 2:158795/150‑1 (MQ=255) gCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACgg < 1:1240974/150‑1 (MQ=255) ccAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGGCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACggg > 2:742256/1‑150 (MQ=255) cagcagGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGggc > 1:279410/1‑150 (MQ=255) cagcagGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGGCAGGCCGCGGTCGCGCTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCACCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGggc > 2:1267893/1‑150 (MQ=255) gTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCg > 2:589362/1‑130 (MQ=255) gTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCg < 1:589362/130‑1 (MQ=255) gAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAg < 1:984014/150‑1 (MQ=255) gAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTCTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAg < 1:1877650/150‑1 (MQ=255) aGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAgg < 2:1460717/150‑1 (MQ=255) cGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGTGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGt < 1:1632004/150‑1 (MQ=255) gTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTg > 2:1800650/1‑150 (MQ=255) tGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACCGCGGCCCGCGCACGGGCGGCGGCGGGGCGTGGGTTc > 1:950057/1‑150 (MQ=255) tGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTc > 1:1070288/1‑150 (MQ=255) aGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTg < 1:1546293/150‑1 (MQ=255) aGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATC‑ACCTCCTTGCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTg < 1:19273/150‑1 (MQ=255) gCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTgg > 1:1740172/1‑150 (MQ=255) gttcGGTACCGCACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGcc > 1:666996/4‑150 (MQ=255) ggTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGc > 2:1327579/1‑150 (MQ=255) tACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCAc > 1:1549536/1‑150 (MQ=255) gAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCAGCTTg > 1:755308/1‑150 (MQ=255) aCGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGcc < 1:1327579/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCcggc < 2:1549536/150‑1 (MQ=255) cTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAAc > 2:1692472/1‑150 (MQ=255) cTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAAc > 2:1692328/1‑150 (MQ=255) gTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCg > 1:1351186/1‑84 (MQ=255) gTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCg < 2:1351186/84‑1 (MQ=255) tCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGCGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTtctc < 1:808461/150‑1 (MQ=255) gCCGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGTCATA‑CATCCATCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCgcgg > 2:543444/1‑150 (MQ=255) ccGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCgcggc < 1:156136/150‑1 (MQ=255) ccGCGGTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCgcggc < 1:755933/150‑1 (MQ=255) gTCGCGTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTg < 2:484080/150‑1 (MQ=255) tCGCGTTCATCTACCT‑TGTCAAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGt > 2:691321/1‑150 (MQ=255) cgcgTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGtt < 2:279410/150‑1 (MQ=255) gTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGaa > 1:1511045/1‑150 (MQ=255) gTTCATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGaa < 1:194047/150‑1 (MQ=255) cATCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAg < 2:1740172/150‑1 (MQ=255) aTCTACCT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAgg > 2:109301/1‑150 (MQ=255) ccT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACt > 1:545460/1‑150 (MQ=255) ccT‑TGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGGGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACt > 1:76284/1‑150 (MQ=255) t‑tGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGa > 2:703080/1‑150 (MQ=255) t‑tGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTAACtaa > 1:789657/1‑148 (MQ=255) t‑tGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTACCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGa > 1:903909/1‑150 (MQ=255) tGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGaa < 2:1070288/150‑1 (MQ=255) tGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGaa < 1:1762181/150‑1 (MQ=255) aGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGTG‑CTCAGCGGcaa > 1:1046581/1‑53 (MQ=37) aGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGTG‑CTCAGCGGcaa < 2:1046581/55‑3 (MQ=37) aGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGt > 2:201665/1‑129 (MQ=255) aGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGt < 1:201665/129‑1 (MQ=255) aGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCa > 2:1573236/1‑150 (MQ=255) gcCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAG‑CACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |