| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 476,666 | 0 | G | C | 5.2% | 360.4 / 9.3 | 115 | A319P (GCC→CCC) | tsaD | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/58); new base C (2/4); total (53/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TCGCGGGTGGCGTGAGTGCCAACAAGGCCCTGCGCGCGTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACG‑CGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCC > NC_002947/476517‑476810 | tatcgGGTGGCGTGAGTGCCAACAAGGCCCTGCGCGCGTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACG‑CGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTgg > 1:833676/4‑150 (MQ=255)tCGCGGGTGGCGTGAGTGCCAACAAGGCCCTGCGCGCGTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACG‑CGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTgg > 2:341124/1‑150 (MQ=255) cgGGTGGCGTGAGTGCCAACAAGGCCCTGCGCGCGTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACG‑CGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCg < 2:393802/150‑1 (MQ=255) 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ctaaggcGGTTGAAAGCGACAGATGGACGGGGAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCAACATGGAAGATGGAAGAGTTGCAGCCACGGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACACGGcgcg > 2:363028/7‑150 (MQ=255) cTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCTATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTcgcg < 1:63045/150‑1 (MQ=255) cTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTcgcg > 2:343266/1‑150 (MQ=255) gTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGgttgt > 1:821495/1‑150 (MQ=255) ttGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGgttgtt < 2:473319/150‑1 (MQ=255) tGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGttgttg < 1:696190/150‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGc < 1:1448224/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCg > 2:1245312/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCa < 2:1895138/139‑1 (MQ=255) cAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCa > 1:1895138/1‑139 (MQ=255) gcCTTCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTCTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACATGTCGCGCAGGTTGTTGcccttga < 2:946595/150‑7 (MQ=255) ctgctgGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGGAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGgcgc < 2:856731/150‑1 (MQ=255) tgctgGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTTCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCCGCCGCGcc > 2:1349923/1‑150 (MQ=255) | TCGCGGGTGGCGTGAGTGCCAACAAGGCCCTGCGCGCGTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACG‑CGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCC > NC_002947/476517‑476810 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |