| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 660,596 | G→A | 6.8% | A547T (GCC→ACC) | speA → | biosynthetic arginine decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 660,596 | 0 | G | A | 6.8% | 253.3 / 6.2 | 88 | A547T (GCC→ACC) | speA | biosynthetic arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/39); new base A (3/3); total (46/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 | |||||||||||
CGGTATTGCAGGACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACCAGAATGCCGACGGCAGCGTGTACCACGCCGGTATCGAAACCCACGACACCATCGAAGACATGCTGCGCTACGTGCACCTGTCG > NC_002947/660459‑660745 | cGGTATTTCAGGACCTAACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTCGGCACCCACCAGGaac < 2:975338/150‑2 (MQ=255) ttGCAGGACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTg < 2:121675/150‑1 (MQ=255) ttGCAGGACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATAAACCCGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTCGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTg < 2:899812/150‑1 (MQ=255) gCAGGACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTggg > 1:1228789/1‑150 (MQ=255) ggACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGa > 2:1638193/1‑150 (MQ=255) gACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGAAGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGAc > 1:38737/1‑150 (MQ=255) aCCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACa > 1:900001/1‑150 (MQ=255) aCCGGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGATTTCCTggtaggca < 2:764398/150‑7 (MQ=255) ccTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACAt < 2:1531958/150‑1 (MQ=255) ccTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACAt > 2:428759/1‑150 (MQ=255) tGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGc > 2:995193/1‑150 (MQ=255) gACTGGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGca > 2:507164/1‑150 (MQ=255) ttGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTggg < 2:1326022/138‑1 (MQ=255) ttGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTggg > 1:1326022/1‑138 (MQ=255) ttGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACaa > 2:695909/1‑150 (MQ=255) ttGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACaa > 1:1362502/1‑150 (MQ=255) ttGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACaa > 2:153433/1‑150 (MQ=255) tGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGCCGAGACGAGTCTCTTCCGCTCTGAGGCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTCCCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAAc < 2:988725/150‑1 (MQ=255) tGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAAc < 2:1228789/150‑1 (MQ=255) 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tCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTc < 1:1004434/150‑1 (MQ=255) tCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTc < 2:14393/150‑1 (MQ=255) tCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTc < 2:582977/150‑1 (MQ=255) ccGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGCGCCGAGATTCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCg < 2:1893423/150‑1 (MQ=255) ccGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCg < 1:9714/150‑1 (MQ=255) gACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGt < 2:1817453/150‑1 (MQ=255) gACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTCAGGCGCCCAGGCAGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGACTAATAGGACATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGt > 1:34985/1‑150 (MQ=255) cAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGa < 1:503521/126‑1 (MQ=255) cAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGa > 2:503521/1‑126 (MQ=255) gATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCGTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGa > 2:991520/1‑150 (MQ=255) ttaaCGAGTTCGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGAtt < 2:404726/148‑1 (MQ=255) tCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTAGGCACCCACCAGGaa < 2:1447184/110‑1 (MQ=255) tCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTAGGCACCCACCAGGaa > 1:1447184/1‑110 (MQ=255) ccAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGt > 1:6457/1‑150 (MQ=255) cAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAGGGGGGCACCGCATTACTGTCGGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCCGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTg < 1:224389/150‑1 (MQ=255) gTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGaa < 2:1211330/150‑1 (MQ=255) gTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATc > 2:855568/1‑150 (MQ=255) gTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATc > 2:120553/1‑150 (MQ=255) gACGAGCAGAGCATCGAAACCAGGTTGCCGTGTCAGGCGTTGAACGAGGGTGCGGATTACCTGTCAGCTATCGTTCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTAc < 1:975544/150‑1 (MQ=255) gACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTAc < 2:1139855/150‑1 (MQ=255) gagcagagcaTCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGaa < 1:1270500/140‑1 (MQ=255) gagcagagcaTCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGaa > 2:1270500/1‑140 (MQ=255) gcagagcaTCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACCAGaa > 1:850024/1‑150 (MQ=255) cagagcaTCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACCAGAAt > 1:1839911/1‑150 (MQ=255) gagcaTCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGa < 2:69470/120‑1 (MQ=255) gagcaTCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGa > 1:69470/1‑120 (MQ=255) agcaTCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTgg < 1:1570554/94‑1 (MQ=255) agcaTCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTgg > 2:1570554/1‑94 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |