| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 726,947 | 0 | A | C | 7.4% | 239.5 / 9.8 | 90 | intergenic (‑191/+76) | PP_0620/PP_0621 | GntR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/36); new base C (5/2); total (51/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.49e-01 | |||||||||||
TTGCCCGGACGGGTCAATGCTGGCGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCAGCGCCC > NC_002947/726803‑727096 | ttGCCCGGACGGGTCAATGCTGGCGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCgtg < 2:1141097/150‑1 (MQ=255)ttGCCCGGACGGGTCAATGCTGGCGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCgtg < 1:1216210/150‑1 (MQ=255)ttGCCCGGACGGGTCAATGCTGGCGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCgtg < 1:181513/150‑1 (MQ=255) 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ccATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCa < 1:1657131/150‑1 (MQ=255) ccATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCa < 1:1310283/150‑1 (MQ=255) aTACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCAgc > 1:936903/1‑150 (MQ=255) aTACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCAgc > 1:290727/1‑150 (MQ=255) acacCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCAgcgc > 2:1856335/1‑150 (MQ=255) acCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCAGCGccc < 1:1719514/150‑1 (MQ=255) | TTGCCCGGACGGGTCAATGCTGGCGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCAGCGCCC > NC_002947/726803‑727096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |