| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 726,953 | G→T | 6.7% | intergenic (‑197/+70) | PP_0620 ← / ← PP_0621 | GntR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 726,953 | 0 | G | T | 6.7% | 288.8 / 6.7 | 89 | intergenic (‑197/+70) | PP_0620/PP_0621 | GntR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/35); new base T (4/2); total (52/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 | |||||||||||
CCGGACGGGTCAATGCTGGCGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCAGCGCCCGGTC > NC_002947/726807‑727100 | ccGGACGGGTCAATGCTGGCGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGc > 2:1702552/1‑150 (MQ=255)ccGGACGGGTCAATGCTGGCGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAACAACAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCAGCAAACACCGCGGAACTCGGAGTTATTCACCGTGGTGc > 1:512134/1‑150 (MQ=255) gTCAATGCTGGCGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTcg > 1:1899752/1‑150 (MQ=255) 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cGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgccc > 2:1022313‑M2/1‑146 (MQ=255) gggggggAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgcccg > 1:350689‑M2/1‑145 (MQ=255) gggggggAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGGCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgcccg < 2:1613861‑M2/150‑6 (MQ=255) ggggggAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgcccgc > 2:1735902‑M2/1‑144 (MQ=255) ggggggAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAacccgc < 2:559382‑M2/150‑7 (MQ=255) 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ggTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAgcccgctcccacagtttttatctgcaatttcgtgttccacatatccctccccgaccctttcacaccatttacgacccctcccccccgccagcattgacccgtccgggcaaaattc > 2:1464863‑M2/1‑35 (MQ=255) gTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCctgct < 2:124975/150‑1 (MQ=255) ccATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCa < 1:1657131/150‑1 (MQ=255) ccATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCa < 1:1310283/150‑1 (MQ=255) aTACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCAgc > 1:290727/1‑150 (MQ=255) aTACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCAgc > 1:936903/1‑150 (MQ=255) acacCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCAgcgc > 2:1856335/1‑150 (MQ=255) acCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCAGCGccc < 1:1719514/150‑1 (MQ=255) tggggCCTGCTTGGCGGGCAAGACCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGACCAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGGGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCAGCGCCCGGTc < 2:801564/150‑1 (MQ=255) | CCGGACGGGTCAATGCTGGCGGGGGGGAGGGGTCGTAAATGGTGTGAAAGGGTCGGGGAGGGATATGTGGAACACGAAATTGCAGATAAAAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATACACCGTGGTGCCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGATTTCGAATTGGTTTCAGGATTGAACAGACATCGTGTTCAGC‑CTTGGTGGCCAGGGCCCTGCTGCAGGTGGGCCTGGCTGCAATACCACTCATTGCCCTGCTGCAGCGCCCGGTC > NC_002947/726807‑727100 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |